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- PDB-6e4r: Crystal Structure of the Drosophila Melanogaster Polypeptide N-Ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e4r
タイトルCrystal Structure of the Drosophila Melanogaster Polypeptide N-Acetylgalactosaminyl Transferase PGANT9B
要素polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 9
キーワードTRANSFERASE / O-Glycosyltransferase / GT-A fold catalytic domain / Ricin B-type lectin domain / metal-dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / Golgi cisterna / sexual reproduction / protein O-linked glycosylation / carbohydrate binding / Golgi membrane / Golgi apparatus / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Putative polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.061 Å
データ登録者Samara, N.L. / Tabak, L.A. / Ten Hagen, K.G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A molecular switch orchestrates enzyme specificity and secretory granule morphology.
著者: Ji, S. / Samara, N.L. / Revoredo, L. / Zhang, L. / Tran, D.T. / Muirhead, K. / Tabak, L.A. / Ten Hagen, K.G.
履歴
登録2018年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 9
B: polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,63620
ポリマ－115,8722
非ポリマー1,76418
水12,791710
1
A: polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,89210
ポリマ－57,9361
非ポリマー9569
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,74410
ポリマ－57,9361
非ポリマー8089
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.913, 48.440, 232.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 143 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 143 and (name O or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLY(chain A and ((resid 143 and (name N or name...AA1433
12LEULEU(chain A and ((resid 143 and (name N or name...AA143 - 6473 - 507
13LEULEU(chain A and ((resid 143 and (name N or name...AA143 - 6473 - 507
21GLYGLY(chain B and ((resid 143 and (name O or name...BB1433
22LEULEU(chain B and ((resid 143 and (name O or name...BB143 - 6473 - 507
23LEULEU(chain B and ((resid 143 and (name O or name...BB143 - 6473 - 507

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 9 / pp-GaNTase 9 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 9 / UDP-GalNAc:polypeptide N- ...pp-GaNTase 9 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 9 / UDP-GalNAc:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 9


分子量: 57936.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: pgant9, CG30463 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168
参照: UniProt: Q8MRC9, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 726分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.46 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350 and 0.18 M ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→20.07 Å / Num. obs: 76401 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 27.84 Å2 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 76401
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.06-2.113479173.7
10.31-20.071549179.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XHB

1xhb


解像度: 2.061→20.07 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 3758 4.92 %
Rwork0.1644 --
obs0.1665 76401 97.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 144.89 Å2 / Biso mean: 37.1941 Å2 / Biso min: 11.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.061→20.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8034 0 114 711 8859
Biso mean--57.46 40.8 -
残基数----999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078424
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97311391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7595017
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4363X-RAY DIFFRACTION12.385TORSIONAL
12B4363X-RAY DIFFRACTION12.385TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0615-2.08490.31091340.25272588272254
2.0849-2.10940.34382580.25974838509698
2.1094-2.13510.28442450.249248025047100
2.1351-2.16210.2952660.240247885054100
2.1621-2.19050.27342790.235748715150100
2.1905-2.22050.25632450.23374758500399
2.2205-2.25220.32172670.24564786505399
2.2522-2.28570.26092570.230848805137100
2.2857-2.32140.25662710.2084751502299
2.3214-2.35940.24372450.195647494994100
2.3594-2.40.24012200.196448915111100
2.4-2.44360.29482520.20884831508399
2.4436-2.49050.27242180.19074855507399
2.4905-2.54120.21952390.18254850508999
2.5412-2.59640.22932270.17894756498399
2.5964-2.65660.2392730.1844825509899
2.6566-2.72290.23341990.17674844504399
2.7229-2.79640.21781830.16964846502999
2.7964-2.87840.21312340.16134856509099
2.8784-2.9710.21423160.16044612492899
2.971-3.07690.19082920.16174779507199
3.0769-3.19960.18292770.1584743502098
3.1996-3.34460.19322770.14794721499898
3.3446-3.520.20562240.14314731495598
3.52-3.73920.16822370.14044818505598
3.7392-4.02580.16152280.12874728495697
4.0258-4.4270.15152280.11694686491497
4.427-5.05860.14632440.12164613485796
5.0586-6.33980.20442160.14974674489096
6.3398-20.07160.16042390.14954557479694
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.52310.10970.45440.82-0.29261.5704-0.0205-0.0419-0.1168-0.01860.07710.05710.1043-0.093-0.04110.153-0.0080.01730.12580.02760.164311.58970.471773.6425
25.48221.1335-1.15031.70830.08871.4418-0.0122-0.17010.230.073-0.06390.4003-0.16040.17340.08350.2638-0.0218-0.06830.15580.00520.2424-13.6493-1.059460.5924
32.54780.97840.34434.2916-0.25791.8443-0.1348-0.27630.15330.0595-0.04951.09180.0083-0.20950.13830.3003-0.0205-0.0450.1209-0.02960.5446-27.8788-9.284461.8156
41.20670.28810.58850.84940.39873.45710.0222-0.03510.0661-0.04040.0177-0.0135-0.24340.1182-0.03710.1882-0.0040.03950.21920.03260.152228.25588.4609114.7045
51.766-0.4539-1.33191.35660.85153.2174-0.2201-0.2669-0.2420.15610.07210.14070.44040.23590.11710.2683-0.01030.0460.28570.06850.216425.28222.9578137.0661
65.3798-0.0458-1.06184.2183-0.85423.39910.03890.48950.3665-0.538-0.02780.1486-0.417-0.0963-0.00710.3177-0.0282-0.030.21110.02130.19537.667223.5471147.5048
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 143 through 496 )A143 - 496
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 497 through 572 )A497 - 572
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 573 through 647 )A573 - 647
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 143 through 398 )B143 - 398
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 399 through 523 )B399 - 523
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 524 through 647 )B524 - 647

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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