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- PDB-6e3k: Interferon gamma signalling complex with IFNGR1 and IFNGR2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e3k
タイトルInterferon gamma signalling complex with IFNGR1 and IFNGR2
要素
  • (Interferon gamma receptor ...) x 2
  • Interferon gamma
キーワードCYTOKINE / cytokine receptor / protein complex / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


type II interferon receptor activity / : / positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / type II interferon receptor binding / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation involved in immune response / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of protein deacetylation ...type II interferon receptor activity / : / positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / type II interferon receptor binding / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation involved in immune response / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of protein deacetylation / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of cellular respiration / type III interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / : / negative regulation of amyloid-beta clearance / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / positive regulation of core promoter binding / neuroinflammatory response / positive regulation of exosomal secretion / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cytokine receptor activity / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of metabolic process / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of amyloid-beta formation / IFNG signaling activates MAPKs / negative regulation of epithelial cell differentiation / cytokine binding / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / humoral immune response / macrophage differentiation / positive regulation of epithelial cell migration / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / type II interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / Regulation of IFNG signaling / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of autophagy / positive regulation of interleukin-12 production / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / regulation of insulin secretion / cytoplasmic vesicle membrane / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of protein localization to plasma membrane / astrocyte activation / positive regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / cytokine-mediated signaling pathway / response to virus / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of inflammatory response / Interferon gamma signaling / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / defense response to virus / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / cell surface receptor signaling pathway / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interferon gamma receptor 1, transmembrane region / Interferon gamma receptor, D2 domain, poxvirus/mammal / Interferon gamma receptor (IFNGR1), D2 domain / Interferon gamma receptor alpha subunit / Interferon gamma / Interferon gamma / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor ...Interferon gamma receptor 1, transmembrane region / Interferon gamma receptor, D2 domain, poxvirus/mammal / Interferon gamma receptor (IFNGR1), D2 domain / Interferon gamma receptor alpha subunit / Interferon gamma / Interferon gamma / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / Interferon gamma / Interferon gamma receptor 1 / Interferon gamma receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Jude, K.M. / Mendoza, J.L. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1-AI51321 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)K01CA175127 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of the IFN gamma receptor complex guides design of biased agonists.
著者: Mendoza, J.L. / Escalante, N.K. / Jude, K.M. / Sotolongo Bellon, J. / Su, L. / Horton, T.M. / Tsutsumi, N. / Berardinelli, S.J. / Haltiwanger, R.S. / Piehler, J. / Engleman, E.G. / Garcia, K.C.
履歴
登録2018年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon gamma
B: Interferon gamma
C: Interferon gamma receptor 1
D: Interferon gamma receptor 1
E: Interferon gamma receptor 2
I: Interferon gamma receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,38628
ポリマ－141,7826
非ポリマー4,60422
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.284, 151.464, 211.301
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Interferon gamma / IFN-gamma / Immune interferon


分子量: 17216.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNG / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01579

-
Interferon gamma receptor ... , 2種, 4分子 CDEI

#2: タンパク質 Interferon gamma receptor 1 / IFN-gamma-R1 / CDw119 / Interferon gamma receptor alpha-chain / IFN-gamma-R-alpha


分子量: 27363.729 Da / 分子数: 2 / Mutation: T149I, M161K, Q167K, K174N, Q182R, H205N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNGR1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15260
#3: タンパク質 Interferon gamma receptor 2 / IFN-gamma-R2 / Interferon gamma receptor accessory factor 1 / AF-1 / Interferon gamma receptor beta- ...IFN-gamma-R2 / Interferon gamma receptor accessory factor 1 / AF-1 / Interferon gamma receptor beta-chain / IFN-gamma-R-beta / Interferon gamma transducer 1


分子量: 26310.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNGR2, IFNGT1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P38484

-
糖 , 3種, 14分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 16分子

#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM Bis Tris Propane pH 7.0, 2 M sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→49.49 Å / Num. obs: 40393 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3.25→3.38 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.454 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4469 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.594 / Rrim(I) all: 1.573 / Χ2: 0.87 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3211精密化
XDSJune 1, 2017データ削減
Aimless0.5.3.2データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1fg9, 5eh1

1fg9

5eh1


解像度: 3.25→37.188 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.28
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2321 1783 4.53 %random
Rwork0.1904 ---
obs0.1923 39329 97.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→37.188 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8663 0 295 8 8966
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039194
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58912517
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2825486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.25-3.33780.36271370.33832903X-RAY DIFFRACTION100
3.3378-3.4360.32691340.28772825X-RAY DIFFRACTION97
3.436-3.54680.30991250.2672624X-RAY DIFFRACTION90
3.5468-3.67350.30951230.24272618X-RAY DIFFRACTION90
3.6735-3.82040.32051390.23812930X-RAY DIFFRACTION100
3.8204-3.99410.27181320.20392729X-RAY DIFFRACTION92
3.9941-4.20440.20581380.18182912X-RAY DIFFRACTION100
4.2044-4.46740.20941400.17072944X-RAY DIFFRACTION100
4.4674-4.81170.21451410.14972953X-RAY DIFFRACTION100
4.8117-5.29470.18541410.15272966X-RAY DIFFRACTION100
5.2947-6.05790.25491410.18092998X-RAY DIFFRACTION100
6.0579-7.62160.22281440.19663010X-RAY DIFFRACTION100
7.6216-37.190.20751480.18113134X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.45010.4536-1.93199.14815.07343.33470.00310.99410.1498-0.4072-0.1369-0.88390.33871.8161-0.20371.00510.25730.04331.39250.04850.8226-16.77817.0825-14.41
27.94691.599-1.00733.2375-3.61776.8416-0.08220.7775-0.3269-0.4269-0.0292-0.18790.81580.37390.02530.99610.3324-0.06240.9642-0.020.8318-19.761-2.2961-0.174
32.54843.5912-3.62697.8736-2.14598.504-0.7027-0.4264-0.16110.16550.8421-0.3738-0.41080.1669-0.28321.04510.1685-0.15460.8527-0.0760.8614-17.127114.6186-4.1778
46.4516-4.30154.95772.975-2.82995.432-0.13650.6341.48050.5472-0.79110.502-0.5829-0.3870.76851.06420.2487-0.05451.10460.00190.9762-23.249910.18739.5192
54.61230.78910.61878.40892.25852.8818-0.74620.74230.19890.14631.1825-0.1450.67291.7144-0.80441.31370.15630.07591.35360.15810.9268-15.60240.272123.0835
61.99992.000121.99992212.0388-40.08217.201712.9179-6.66682.894510.56181.4606-5.40483.2645-0.051-0.80942.0676-0.55821.152-35.5899-6.809719.2969
79.33871.9978-4.1119.2966-3.38329.80440.1603-1.529-0.53012.2501-0.16550.6433-0.27130.9867-0.37891.87050.3498-0.03691.28910.18511.2451-16.1411-10.540330.7046
82.88190.1820.77227.6035-1.01158.23710.123-1.60980.05220.5038-0.057-0.541-0.3556-0.4282-0.10311.1163-0.02830.12641.17880.06240.8466-18.54731.57419.729
97.44175.6353-1.67195.33060.18444.8047-0.51330.6658-0.0374-0.05080.8692-0.0790.64770.4836-0.31921.72580.4086-0.05350.8879-0.00991.1173-11.0482-12.711921.3091
101.30873.4113-1.21978.8555-3.13767.22990.31990.3303-0.5250.70280.0479-0.63430.91230.733-0.14341.43070.3538-0.22351.38890.08181.2783-15.8815-9.06695.5583
116.5458-1.84784.49136.6266-0.02438.01340.7620.3361-0.2785-1.0126-0.34540.33030.08040.1684-0.56481.00410.257-0.01050.8621-0.08230.6239-17.73941.0561-7.4759
126.55912.70693.47672.27151.37573.9698-1.23590.67420.583-2.2808-1.0797-0.6685-1.54690.2842.58274.31120.2099-0.4333.27070.02891.053-37.6397-1.6997-2.9916
136.5075-1.2855-4.4181.90612.62114.49320.01240.8760.0085-0.3286-0.0417-0.46750.7060.25660.0551.31610.3620.03931.3395-0.02740.896-15.3456-7.5216-30.7912
147.9274-2.9414-0.82035.321.40223.0676-0.57060.1598-0.71590.1859-0.07221.1280.5413-0.54550.56461.0803-0.16140.0491.1427-0.27621.2124-48.7262.4011-20.2911
159.2373-0.30746.28694.50750.36616.9473-0.0268-0.13-0.0464-0.307-0.17630.61040.4299-0.37090.18880.9830.15850.14241.2917-0.15461.2285-44.85265.3426-26.6093
161.99982.000121.99981.99991.9997-8.14721.0786-2.3823-27.85653.3511-13.44710.67890.38354.6992.3329-0.74060.19741.6788-0.00922.0535-71.89918.5101-29.1298
175.21071.81381.49354.96015.11915.04120.0046-0.57080.03220.36060.3149-0.1259-0.3909-0.9969-0.19451.52540.2023-0.02491.47390.25321.0065-18.27349.522748.1573
187.91214.40081.26338.98051.26474.8036-0.8838-0.7739-0.0339-1.04540.19951.83810.5145-1.5710.55511.3386-0.1122-0.14512.01630.17461.3219-42.1584-10.454638.1175
190.83290.96830.56861.05460.18870.57170.26020.0990.19030.1810.07290.63440.1432-0.801-0.51191.9215-0.3884-0.26291.97780.31491.7254-43.8556-18.05938.4182
204.0739-1.2109-2.12083.76590.33211.41020.19550.692-0.97560.26050.1817-0.59810.66240.137-0.31442.61180.325-0.55632.05620.10452.4949-12.3066-32.914823.9104
214.9053-1.7682-0.41941.45090.3521.86740.340.0774-2.28221.0761-0.52210.25310.89590.0305-0.17092.4264-0.5126-0.23561.69280.32422.2798-46.9876-33.999826.0083
229.85198.89565.66039.25944.47116.2152-0.40960.25221.443-0.4957-0.04691.0852-0.154-0.25240.5340.61460.0782-0.11290.91970.00630.9864-30.93936.273-4.5428
237.03611.6521-0.42054.50590.03855.821-0.12530.71690.7124-0.90710.18110.7196-0.03510.2998-0.11970.84790.05280.01271.07930.0770.9442-22.75233.7981-9.3043
244.38320.42330.30532.72530.3752.54250.0285-0.1016-0.6829-0.0759-0.23910.57820.3877-0.5670.09160.5022-0.01620.04740.9744-0.08960.8692-48.388221.8421-7.3079
252.89512.38644.30215.6332.95096.8979-0.924-0.30161.44030.318-0.65780.59890.1979-0.64211.19070.77410.01680.40881.2258-0.00570.9495-56.624421.2561-7.273
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 23 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 60 through 80 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 81 through 97 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 98 through 122 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 123 through 123 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid -1 through 14 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 15 through 59 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 60 through 80 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 81 through 102 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 103 through 122 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 123 through 124 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 11 through 113 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 114 through 204 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 205 through 222 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 223 through 223 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 11 through 103 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 104 through 161 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 162 through 221 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 28 through 146 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 147 through 240 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'I' and (resid 28 through 48 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'I' and (resid 49 through 105 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'I' and (resid 106 through 218 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'I' and (resid 219 through 240 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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