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- PDB-6e3e: Structure of RORgt in complex with a novel inverse agonist. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e3e
タイトルStructure of RORgt in complex with a novel inverse agonist.
要素Nuclear receptor ROR-gamma
キーワードnuclear protein/agonist / Nuclear hormone receptor / inverse agonist / nuclear protein-agonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / adipose tissue development / lymph node development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HQ7 / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Skene, R.J. / Hoffman, I.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Retinoic Acid-Related Orphan Receptor gamma t (ROR gamma t) Agonist Structure-Based Functionality Switching Approach from In House ROR ...タイトル: Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Retinoic Acid-Related Orphan Receptor gamma t (ROR gamma t) Agonist Structure-Based Functionality Switching Approach from In House ROR gamma t Inverse Agonist to ROR gamma t Agonist.
著者: Yukawa, T. / Nara, Y. / Kono, M. / Sato, A. / Oda, T. / Takagi, T. / Sato, T. / Banno, Y. / Taya, N. / Imada, T. / Shiokawa, Z. / Negoro, N. / Kawamoto, T. / Koyama, R. / Uchiyama, N. / ...著者: Yukawa, T. / Nara, Y. / Kono, M. / Sato, A. / Oda, T. / Takagi, T. / Sato, T. / Banno, Y. / Taya, N. / Imada, T. / Shiokawa, Z. / Negoro, N. / Kawamoto, T. / Koyama, R. / Uchiyama, N. / Skene, R. / Hoffman, I. / Chen, C.H. / Sang, B. / Snell, G. / Katsuyama, R. / Yamamoto, S. / Shirai, J.
履歴
登録2018年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
B: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8548
ポリマ－50,4582
非ポリマー1,3966
水1,982110
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9274
ポリマ－25,2291
非ポリマー6983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9274
ポリマ－25,2291
非ポリマー6983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.661, 99.661, 125.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 25229.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-HQ7 / 5-[(5R)-5-[(7-fluoro-1,1-dimethyl-2,3-dihydro-1H-inden-5-yl)carbamoyl]-2-methoxy-7,8-dihydro-1,6-naphthyridin-6(5H)-yl]-5-oxopentanoic acid


分子量: 483.532 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H30FN3O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2%MPD, 1.2M NaFormate, 0.1M Hepes 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→50 Å / Num. obs: 25214 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 237220
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.47-2.519.60.95912390.978199.4
2.51-2.569.60.82912780.996199.5
2.56-2.619.60.7112411.012199.7
2.61-2.669.60.56212540.997199.5
2.66-2.729.60.45112471.001199.6
2.72-2.789.60.35712491.01199.6
2.78-2.859.60.27412690.997199.6
2.85-2.939.60.22912681.015199.7
2.93-3.019.60.16912561.011199.8
3.01-3.119.50.13812521199.8
3.11-3.229.50.11512600.994199.7
3.22-3.359.50.08612491.009199.8
3.35-3.59.50.06512671.002199.7
3.5-3.699.40.05312670.985199.8
3.69-3.929.40.04712581.015199.8
3.92-4.229.30.04412771.005199.8
4.22-4.659.20.04412600.999199.8
4.65-5.3290.04412750.979199.9
5.32-6.78.60.04112731.03199.8
6.7-508.80.0312750.985197.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.47→43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.2258 / WRfactor Rwork: 0.1828 / FOM work R set: 0.8397 / SU B: 15.381 / SU ML: 0.165 / SU R Cruickshank DPI: 0.2806 / SU Rfree: 0.2126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2135 1288 5.1 %RANDOM
Rwork0.1725 ---
obs0.1746 23909 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 183.63 Å2 / Biso mean: 77.298 Å2 / Biso min: 46.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.47→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3532 0 96 110 3738
Biso mean--77.01 74.2 -
残基数----434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193698
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.984984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94938032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7915432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.87823.111180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.16115676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4231532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2740.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02894
LS精密化 シェル解像度: 2.472→2.536 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 97 -
Rwork0.248 1768 -
all-1865 -
obs--99.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2458-0.13362.14141.6470.72242.0479-0.0866-0.01480.0970.0048-0.13350.1798-0.001-0.18490.22010.0374-0.02840.0110.0792-0.03290.0359-19.058-32.373-2.695
21.4272-1.57760.7214.2241-2.18141.6883-0.01770.08230.0604-0.1918-0.0738-0.14420.0674-0.02790.09150.0782-0.0017-0.02430.15360.03480.0273-22.486-30.22131.652
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A265 - 481
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 503
3X-RAY DIFFRACTION2B265 - 481
4X-RAY DIFFRACTION2B501 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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