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万見
- PDB-6e35: Crystal structure of human indoleamime 2,3-dioxygenase (IDO1) in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+35
タイトルCrystal structure of human indoleamime 2,3-dioxygenase (IDO1) in complex with L-Trp and cyanide, Northeast Structural Genomics Target HR6160
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2 / 3-dioxygenate / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / tryptophan catabolic process to kynurenine / stereocilium bundle / positive regulation of type 2 immune response ... indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / tryptophan catabolic process to kynurenine / stereocilium bundle / positive regulation of type 2 immune response / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / swimming behavior / negative regulation of interleukin-10 production / multicellular organismal response to stress / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / inflammatory response / heme binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / TRYPTOPHAN / 2-(1H-indol-3-yl)ethanol / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.411 Å
データ登録者Forouhar, F. / Lewis-Ballester, A. / Lew, S. / Karkashon, S. / Seetharaman, J. / Lu, C. / Hussain, M. / Yeh, S.-R. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)P50 GM62413 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)U54 GM074958 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human indoleamime 2,3-dioxygenase (IDO1) in complex with L-Trp and cyanide, Northeast Structural Genomics Target HR6160
著者: Forouhar, F. / Lewis-Ballester, A. / Lew, S. / Karkashon, S. / Seetharaman, J. / Lu, C. / Hussain, M. / Yeh, S.-R. / Tong, L.
履歴
登録2018年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4389
ポリマ－95,5842
非ポリマー1,8557
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area31130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.770, 90.302, 136.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Human IDO1 is monomer when Cys-308 is reduced. It becomes dimer when Cys-308 is oxidized.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 47791.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / プラスミド: BL21(DE3) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase

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非ポリマー , 5種, 240分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#5: 化合物 ChemComp-ZCW / 2-(1H-indol-3-yl)ethanol / トリプトホ-ル


分子量: 161.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11NO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5
詳細: Protein solution: IDO1 (45 mg/ml), 10 mM IDE, 1.5 mM L-Trp, 5 mM KCN in 10 mM MES (pH 6.5), and 25 mM NaCl. Precipitation Reagent: 20% (W/V) PEG 4000, 0.1 M Sodium Acetate (pH 5), and 0.1 M Ammonium chloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97885 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.411→40.697 Å / Num. obs: 38956 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 0.98 / Net I/av σ(I): 27.4 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 2.411→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 4088 / Χ2: 0.44 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D0T

2d0t


解像度: 2.411→40.697 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 3882 9.97 %
Rwork0.1821 --
obs0.1876 38956 93.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.411→40.697 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5781 0 132 233 6146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1598219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0783604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059887
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071039
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4105-2.43990.35791290.27791212X-RAY DIFFRACTION91
2.4399-2.47080.30731440.23561291X-RAY DIFFRACTION99
2.4708-2.50330.28681320.2141332X-RAY DIFFRACTION100
2.5033-2.53760.31611570.21231321X-RAY DIFFRACTION100
2.5376-2.57380.27251250.20861334X-RAY DIFFRACTION100
2.5738-2.61220.29291430.21351322X-RAY DIFFRACTION100
2.6122-2.65310.3281580.24191328X-RAY DIFFRACTION100
2.6531-2.69650.31181510.22851308X-RAY DIFFRACTION100
2.6965-2.7430.26691370.22641330X-RAY DIFFRACTION99
2.743-2.79290.27851580.20981294X-RAY DIFFRACTION100
2.7929-2.84660.22021160.19761365X-RAY DIFFRACTION100
2.8466-2.90470.29361570.20921324X-RAY DIFFRACTION100
2.9047-2.96780.25521430.19341334X-RAY DIFFRACTION100
2.9678-3.03680.28911270.20311372X-RAY DIFFRACTION100
3.0368-3.11280.29651390.21311324X-RAY DIFFRACTION100
3.1128-3.19690.31541700.21441309X-RAY DIFFRACTION100
3.1969-3.29090.30441320.22571342X-RAY DIFFRACTION100
3.2909-3.39710.24671620.22581276X-RAY DIFFRACTION98
3.3971-3.51850.29611460.22231247X-RAY DIFFRACTION94
3.5185-3.65920.332540.2148492X-RAY DIFFRACTION39
3.6592-3.82570.2455800.2064627X-RAY DIFFRACTION49
3.8257-4.02720.2585860.1819748X-RAY DIFFRACTION55
4.0272-4.27920.20971690.15521318X-RAY DIFFRACTION99
4.2792-4.60920.17541410.13931359X-RAY DIFFRACTION100
4.6092-5.07230.18111510.13251369X-RAY DIFFRACTION100
5.0723-5.80450.17441590.14371360X-RAY DIFFRACTION100
5.8045-7.30610.20891490.15631400X-RAY DIFFRACTION100
7.3061-40.70230.15951670.14481436X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.4232 Å / Origin y: 12.441 Å / Origin z: -21.6877 Å
111213212223313233
T0.1995 Å2-0.0069 Å2-0.0153 Å2-0.2632 Å2-0.0363 Å2--0.1988 Å2
L0.4993 °2-0.3263 °2-0.3728 °2-0.7607 °2-0.0095 °2--0.7671 °2
S0.0547 Å °0.0962 Å °-0.0696 Å °-0.0321 Å °-0.1451 Å °0.0411 Å °-0.0405 Å °-0.2093 Å °-0.0741 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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