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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6e1r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Acinetobacter phage vB_ApiP_P1 tailspike protein | ||||||
要素 | Tailspike protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Acinetobacter phage vB_ApiP_P1 / tailspike / Acinetobacter baumannii | ||||||
機能・相同性 | Tailspike protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter phage vB_ApiP_P1 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.693 Å | ||||||
データ登録者 | Plattner, M. / Shneider, M.M. / Oliveira, H. / Azeredo, J. / Leiman, P.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the Acinetobacter phage vB_ApiP_P1 tailspike protein 著者: Plattner, M. / Shneider, M.M. / Oliveira, H. / Azeredo, J. / Leiman, P.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6e1r.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6e1r.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6e1r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6e1r_validation.pdf.gz | 479.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6e1r_full_validation.pdf.gz | 519 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6e1r_validation.xml.gz | 115.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6e1r_validation.cif.gz | 159.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/6e1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/6e1r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59409.586 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter phage vB_ApiP_P1 (ファージ) 遺伝子: P1_43 / プラスミド: pTSL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: A0A221SBY4 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 100mM sodium Citrate pH 5.5, 2.8M NaCl, 10mM KSCN |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 197955 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 9.93 |
反射 シェル | 解像度: 2.69→2.86 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.879 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 31287 / CC1/2: 0.908 / Rrim(I) all: 0.95 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.693→49.115 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.8
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.693→49.115 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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