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- PDB-6dz0: Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dz0
タイトルCrystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with (3R,4S)-1-((4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl)-4-((pent-4-yn-1-ylthio)methyl)pyrrolidin-3-ol
要素S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / MTAP enzyme / cancer / phosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


Methionine salvage pathway / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / nucleobase-containing compound metabolic process / purine ribonucleoside salvage / response to testosterone / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / methylation ...Methionine salvage pathway / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / nucleobase-containing compound metabolic process / purine ribonucleoside salvage / response to testosterone / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / methylation / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylthioadenosine phosphorylase (MTAP) / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OS3 / PHOSPHATE ION / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Harijan, R.K. / Ducati, R.G. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Selective Inhibitors of Helicobacter pylori Methylthioadenosine Nucleosidase and Human Methylthioadenosine Phosphorylase.
著者: Harijan, R.K. / Hoff, O. / Ducati, R.G. / Firestone, R.S. / Hirsch, B.M. / Evans, G.B. / Schramm, V.L. / Tyler, P.C.
履歴
登録2018年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9059
ポリマ－33,1191
非ポリマー7868
水4,432246
1
A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 102 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,71627
ポリマ－99,3573
非ポリマー2,35924
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area9930 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area30250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.812, 121.812, 44.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-308-

CL

21A-499-

HOH

31A-606-

HOH

41A-609-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 5'-methylthioadenosine phosphorylase / MTAPase


分子量: 33119.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTAP, MSAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13126, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

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非ポリマー , 5種, 254分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-OS3 / (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-{[(pent-4-yn-1-yl)sulfanyl]methyl}pyrrolidin-3-ol


分子量: 345.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N5OS
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.0, 10% w/v PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月14日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→105.49 Å / Num. obs: 48221 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / Num. measured obs: 27711 / CC1/2: 0.714

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5TC6

5tc6


解像度: 1.62→105.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.353 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17569 2484 5.2 %RANDOM
Rwork0.15533 ---
obs0.15641 45734 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.645 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.62→105.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2113 0 50 246 2409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192221
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5781.9753002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96934902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1995281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.81924.0786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.55415392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8811513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02421
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4962.0321105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4952.031104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.43.041384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.43.0431385
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.452.3621115
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4492.3631116
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8143.4011616
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.31926.1662537
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.31826.1712538
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 162 -
Rwork0.233 3356 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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