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万見
- PDB-6dya: WDR5 in complex with a WIN site inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dya
タイトルWDR5 in complex with a WIN site inhibitor
要素WD repeat-containing protein 5
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / WD40 repeat / epigenetics / MLL binding / WIN site inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / methylated histone binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / skeletal system development / gluconeogenesis / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / mitotic spindle / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats ...YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HHM / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Phan, J. / Wang, F. / Fesik, S.W.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HHSN261200800001E 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA68485 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
Michigan Economic Development Corporation and the Michigan Technology Tri-Corridor085P100817 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Displacement of WDR5 from Chromatin by a WIN Site Inhibitor with Picomolar Affinity.
著者: Aho, E.R. / Wang, J. / Gogliotti, R.D. / Howard, G.C. / Phan, J. / Acharya, P. / Macdonald, J.D. / Cheng, K. / Lorey, S.L. / Lu, B. / Wenzel, S. / Foshage, A.M. / Alvarado, J. / Wang, F. / ...著者: Aho, E.R. / Wang, J. / Gogliotti, R.D. / Howard, G.C. / Phan, J. / Acharya, P. / Macdonald, J.D. / Cheng, K. / Lorey, S.L. / Lu, B. / Wenzel, S. / Foshage, A.M. / Alvarado, J. / Wang, F. / Shaw, J.G. / Zhao, B. / Weissmiller, A.M. / Thomas, L.R. / Vakoc, C.R. / Hall, M.D. / Hiebert, S.W. / Liu, Q. / Stauffer, S.R. / Fesik, S.W. / Tansey, W.P.
履歴
登録2018年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2025
ポリマ－33,5891
非ポリマー6134
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.909, 86.793, 41.985
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 33589.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: 化合物 ChemComp-HHM / N-[(3,5-dichlorophenyl)methyl]-3-[(1H-imidazol-1-yl)methyl]benzamide


分子量: 360.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15Cl2N3O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.2 M ammonium acetate, 28% to 32% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→50 Å / Num. obs: 9905 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 46.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 0.924 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.53-2.575.60.5094730.9060.2360.5630.882100
2.57-2.625.70.4264820.9140.1980.4720.932100
2.62-2.675.70.3534770.9460.1610.3890.9399.4
2.67-2.735.60.3374870.9310.1550.3721.0199.4
2.73-2.785.60.2684830.9660.1230.2961.023100
2.78-2.855.70.2424870.9730.1110.2671.002100
2.85-2.925.50.2214880.9740.1020.2440.944100
2.92-35.60.1994780.9720.0920.221.168100
3-3.095.60.1694930.9870.0790.1870.96399.8
3.09-3.195.60.1424920.9840.0650.1560.985100
3.19-3.35.70.134790.9850.060.1441.031100
3.3-3.435.60.1154910.9890.0520.1270.9899.8
3.43-3.595.50.1034960.9930.0480.1140.909100
3.59-3.785.60.0844960.9950.0390.0931.009100
3.78-4.025.50.085020.9930.0370.0880.915100
4.02-4.335.40.0634950.9960.0290.0690.99999.8
4.33-4.765.50.065130.9950.0280.0660.82499.8
4.76-5.455.30.0535050.9970.0250.0590.89499.6
5.45-6.865.20.0535250.9970.0250.0580.64499.6
6.86-504.70.055630.9970.0250.0560.39598.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_1760精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.56→43.396 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2303 980 9.94 %
Rwork0.1819 --
obs0.1867 9862 97.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.86 Å2 / Biso mean: 50.2793 Å2 / Biso min: 26.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.56→43.396 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2364 0 37 38 2439
Biso mean--55.3 44.01 -
残基数----305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7733391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.283884
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5597-2.69460.2791150.25261024113981
2.6946-2.86340.31941380.257812801418100
2.8634-3.08440.33211420.243212741416100
3.0844-3.39470.23041440.221912861430100
3.3947-3.88560.23891410.189313091450100
3.8856-4.89440.17531470.134513161463100
4.8944-43.40270.21211530.15211393154699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1579-0.05880.37031.1581.37022.066-0.04610.0248-0.093-0.2756-0.08240.16910.0282-0.27050.10820.413-0.0639-0.05130.41880.03850.39580.042617.76429.176
22.8380.5521.10711.550.59971.96350.06890.1945-0.25130.02310.0962-0.13750.05180.2215-0.13830.3695-0.0110.01560.39670.00040.367319.89810.622112.4945
33.2024-0.0429-0.59022.7562-0.37972.8394-0.25610.01160.3906-0.12510.1399-0.6782-0.20180.539-0.00770.4662-0.0617-0.04410.5040.02880.465623.06828.482514.2297
43.2307-0.55540.32942.28490.27692.2108-0.1528-0.05830.6512-0.18450.06590.0881-0.44140.0780.05690.4529-0.034-0.0850.30490.02820.41399.161530.653213.3828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 83 )A30 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 84 through 209 )A84 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 210 through 233 )A210 - 233
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 234 through 334 )A234 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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