+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dy4 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Fe(II)-bound structure of the engineered cyt cb562 variant, CH2E | |||||||||
要素 | Soluble cytochrome b562 | |||||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Designed protein / 4-helix bundle / electron transport | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Rittle, J. / Tezcan, F.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2019 タイトル: An efficient, step-economical strategy for the design of functional metalloproteins. 著者: Rittle, J. / Field, M.J. / Green, M.T. / Tezcan, F.A. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dy4.cif.gz | 65.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6dy4.ent.gz | 45.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dy4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/6dy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/6dy4 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 6dy6C 6dy8C 6dybC 6dycC 6dydC 6dyeC 6dyfC 6dygC 6dyhC 6dyiC 6dyjC 6dykC 6dylC 2bc5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11807.246 Da / 分子数: 2 / 変異: K59W, I67H, G70Y, Q71H, T96C, T97E, R98C, Y101C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Drop consists of 2 uL of 25% PEG 1500, and 0.1 M Tris (pH 8.5) mixed with 2 uL of 4 mM protein and 2.5 mM Iron(II) Sulfate (Anaerobic crystal growth) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→37.24 Å / Num. obs: 16520 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.9559 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Num. unique obs: 1614 / CC1/2: 0.923 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2bc5 解像度: 1.9→37.24 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.88
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.24 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|