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万見
- PDB-6dxm: NMR structure for Sp1 transcription factor duplex 5'-d(TGGGCGGGG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dxm
タイトルNMR structure for Sp1 transcription factor duplex 5'-d(TGGGCGGGG)
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*G)-3')
キーワードDNA / Sp1 Consensus Sequence
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Davis, E.V. / Hennig, M. / Arya, D.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM097917 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: An NMR Structure Determination and Analysis of Four Sp1 Consensus Sequences
著者: Davis, E.V. / Hennig, M. / Arya, D.P.
履歴
登録2018年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4752
ポリマ－5,4752
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: UV Thermal Denaturation, CD spectroscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area900 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area3640 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 2852.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Watson-Crick DNA duplex chain A / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*CP*A)-3')


分子量: 2621.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Watson-Crick DNA duplex chain B / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D DQF-COSY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-13C HSQC
141isotropic12D 1H-1H NOESY
152isotropic22D 1H-1H NOESY
161isotropic22D ECOSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.0 mM DNA, 25 mM sodium chloride, 5 mM Na Phosphate, 0.5 mM EDTA, 100% D2Oequal molar eq. d(TGGGCGGGG).d(CCCCGCCCA) 100% D2O 25 mM NaCl, 5.0 mM Na Phosphate, 0.5 mM EDTA pH 7.0non-exchange100% D2O
solution2900 uM DNA, 25 mM sodium chloride, 5 mM Na Phosphate, 0.5 mM EDTA, 90% H2O/10% D2Oequal molar eq. d(TGGGCGGGG).d(CCCCGCCCA) 90% H2O /10% D2O 25 mM NaCl, 5.0 mM Na Phosphate, 0.5 mM EDTA pH 7.0exchange90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMDNAnatural abundance1
25 mMsodium chloridenatural abundance1
5 mMNa Phosphatenatural abundance1
0.5 mMEDTAnatural abundance1
900 uMDNAnatural abundance2
25 mMsodium chloridenatural abundance2
5 mMNa Phosphatenatural abundance2
0.5 mMEDTAnatural abundance2
試料状態詳細: all nmr experiments / イオン強度: 30 mM Na+ mM / Label: general / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
3DNALuデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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