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万見
- PDB-6dxl: Linked amidobenzimidazole STING agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dxl
タイトルLinked amidobenzimidazole STING agonist
要素Stimulator of interferon protein
キーワードimmune system/agonist / agonist / DNA-sensor / cGAS / TBK1 / IMMUNE SYSTEM / immune system-agonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / serine/threonine protein kinase complex / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / STING mediated induction of host immune responses / cyclic-di-GMP binding / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / serine/threonine protein kinase complex / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / STING mediated induction of host immune responses / cyclic-di-GMP binding / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / pattern recognition receptor signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / autophagosome membrane / antiviral innate immune response / positive regulation of macroautophagy / cellular response to organic cyclic compound / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of interferon-beta production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / secretory granule membrane / cytoplasmic vesicle membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / peroxisome / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / protein complex oligomerization / regulation of inflammatory response / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Stimulator of interferon genes protein / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HG4 / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Concha, N.O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Design of amidobenzimidazole STING receptor agonists with systemic activity.
著者: Ramanjulu, J.M. / Pesiridis, G.S. / Yang, J. / Concha, N. / Singhaus, R. / Zhang, S.Y. / Tran, J.L. / Moore, P. / Lehmann, S. / Eberl, H.C. / Muelbaier, M. / Schneck, J.L. / Clemens, J. / ...著者: Ramanjulu, J.M. / Pesiridis, G.S. / Yang, J. / Concha, N. / Singhaus, R. / Zhang, S.Y. / Tran, J.L. / Moore, P. / Lehmann, S. / Eberl, H.C. / Muelbaier, M. / Schneck, J.L. / Clemens, J. / Adam, M. / Mehlmann, J. / Romano, J. / Morales, A. / Kang, J. / Leister, L. / Graybill, T.L. / Charnley, A.K. / Ye, G. / Nevins, N. / Behnia, K. / Wolf, A.I. / Kasparcova, V. / Nurse, K. / Wang, L. / Li, Y. / Klein, M. / Hopson, C.B. / Guss, J. / Bantscheff, M. / Bergamini, G. / Reilly, M.A. / Lian, Y. / Duffy, K.J. / Adams, J. / Foley, K.P. / Gough, P.J. / Marquis, R.W. / Smothers, J. / Hoos, A. / Bertin, J.
履歴
登録2018年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon protein
B: Stimulator of interferon protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5945
ポリマ－43,8352
非ポリマー7593
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.140, 73.034, 60.275
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon protein


分子量: 21917.639 Da / 分子数: 2 / 変異: H232R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING, LOC340061, hCG_1782396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21start(DE3) / 参照: UniProt: A0A2R3XZB7, UniProt: Q86WV6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HG4 / 1,1'-(butane-1,4-diyl)bis{2-[(1-ethyl-3-methyl-1H-pyrazole-5-carbonyl)amino]-1H-benzimidazole-5-carboxamide}


分子量: 678.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H38N12O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 13-15% PEG8000, 0.07M cacodylate, pH 6.8, 0.8M calcium acetate, and 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 18949 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 59.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.999 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 65567
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.45-2.543.20.89115940.6520.5671.0610.99981.3
2.54-2.643.30.918090.6520.5761.0741.00992.7
2.64-2.763.40.71218800.7620.4440.8431.02198.6
2.76-2.93.60.54519340.8250.3350.6421.01999.7
2.9-3.093.60.28519370.9480.1750.3350.99499.7
3.09-3.323.50.16719360.9790.1030.1970.99199.9
3.32-3.663.50.09919480.9910.0610.1170.98699.9
3.66-4.193.60.07119460.9930.0430.0830.98299.9
4.19-5.283.50.0619760.9930.0370.0710.99999.7
5.28-503.40.03819890.9980.0230.0450.99299.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→40.255 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 937 4.96 %
Rwork0.249 --
obs0.2508 18909 96.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 291.41 Å2 / Biso mean: 88.9903 Å2 / Biso min: 39.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→40.255 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2719 0 90 15 2824
Biso mean--125.16 70.34 -
残基数----356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6943857
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004502
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0921687
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4331-2.56140.41351130.36222092220580
2.5614-2.72180.36021320.3562576270897
2.7218-2.93190.31611400.318526202760100
2.9319-3.22690.31181360.275726622798100
3.2269-3.69350.28571360.247226382774100
3.6935-4.65230.20281440.211626832827100
4.6523-40.26010.32341360.23362701283799
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 66.1175 Å / Origin y: -13.9711 Å / Origin z: 75.7574 Å
111213212223313233
T0.5029 Å20.0348 Å2-0.0711 Å2-0.4629 Å20.0403 Å2--0.4739 Å2
L0.9326 °21.0416 °20.5001 °2-2.3414 °21.1268 °2--1.0724 °2
S-0.0152 Å °-0.0521 Å °0.0042 Å °-0.0725 Å °0.0062 Å °-0.0278 Å °0.0221 Å °-0.0703 Å °0.0293 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA153 - 343
2X-RAY DIFFRACTION1allB153 - 343
3X-RAY DIFFRACTION1allL1
4X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
5X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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