PDB-6dwh: Crystal structure of complex of BBKI and Bovine Trypsin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dwh

タイトル

Crystal structure of complex of BBKI and Bovine Trypsin

要素

Cationic trypsin
Kunitz-type inihibitor

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase inhibitor activity / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bauhinia bauhinioides (マメ科)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Li, M. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of the complex of a kallikrein inhibitor from Bauhinia bauhinioides with trypsin and modeling of kallikrein complexes.
著者: Li, M. / Srp, J. / Gustchina, A. / Dauter, Z. / Mares, M. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2018年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dwh.cif.gz	864.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dwh.ent.gz	721.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dwh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dwh_validation.pdf.gz	520.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dwh_full_validation.pdf.gz	540.9 KB	表示
XML形式データ	6dwh_validation.xml.gz	85.8 KB	表示
CIF形式データ	6dwh_validation.cif.gz	121.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dwfSC 6dwuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3o8b-1 2ntl-d 4m8q-3 5b3j-2 7bv4-d 3evt-1 5b3j-1 5wdx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

G: Kunitz-type inihibitor

B: Cationic trypsin

C: Cationic trypsin

D: Cationic trypsin

E: Cationic trypsin

F: Cationic trypsin

H: Kunitz-type inihibitor

I: Kunitz-type inihibitor

J: Kunitz-type inihibitor

K: Kunitz-type inihibitor

L: Kunitz-type inihibitor

ヘテロ分子

255 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Cationic trypsin

J: Kunitz-type inihibitor

ヘテロ分子

A: Cationic trypsin

G: Kunitz-type inihibitor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
84.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Cationic trypsin

I: Kunitz-type inihibitor

ヘテロ分子

B: Cationic trypsin

H: Kunitz-type inihibitor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

F: Cationic trypsin

L: Kunitz-type inihibitor

ヘテロ分子

E: Cationic trypsin

K: Kunitz-type inihibitor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	207.809, 207.809, 107.167
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 24-246 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質	Kunitz-type inihibitor 分子量: 19118.688 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 19-193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bauhinia bauhinioides (マメ科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VEQ7
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 810 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6M Ammonium Sulfate 0.1M Sodium Citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.479
1	1	-K, -H, -L	2	0.521

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 169571 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 5.6 % / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.108 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 6265 / R_pim(I) all: 0.893 / R_rim(I) all: 1.43 / R_sym value: 1.105 / % possible all: 71.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: 6DWF

6dwf

解像度: 2→49.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 6.628 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22282	1397	1 %	RANDOM
R_work	0.18991	-	-	-
obs	0.19024	140125	80.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.436 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.22 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-5.22 Å²	-0 Å²
3-	-	-	10.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→49.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17334	0	10	810	18154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	17772
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	16212
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.382	1.956	24096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.129	3	37884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.914	5	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.272	25	684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.104	15	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.929	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	19698
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.923	2.2	9234
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.923	2.199	9233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.727	3.295	11472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.727	3.295	11473
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.555	2.255	8536
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.555	2.255	8537
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.07	3.355	12618
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.361	26.035	19224
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.361	26.037	19225
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.005→2.057 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	8	-
R_work	0.258	567	-
obs	-	-	4.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5737	0.3454	0.1029	0.5721	-0.1583	0.2702	-0.1089	-0.0846	0.0234	-0.1566	0.0631	0.0334	0.0346	-0.0053	0.0458	0.1342	-0.0232	0.0363	0.0998	0.0306	0.0474	91.862	84.6833	81.0128
2	0.8617	0.7858	0.4529	2.9768	-0.1675	0.6196	0.19	-0.0053	-0.0749	-0.0138	-0.1881	-0.1213	0.0532	0.0353	-0.0019	0.1136	-0.0051	-0.0181	0.0954	-0.0254	0.0228	131.0979	60.9229	87.2667
3	0.4949	0.5253	-0.0242	0.6923	-0.0101	0.214	-0.1348	-0.063	0.0269	-0.192	0.0704	0.0043	-0.0203	-0.0116	0.0644	0.1523	-0.0177	-0.0461	0.1489	-0.0409	0.0436	115.9993	35.6775	80.9564
4	0.7875	0.6082	-0.3871	1.7152	-0.1233	0.5697	0.1565	-0.0233	0.1053	0.0653	-0.1124	0.1302	0.0003	-0.0044	-0.0441	0.1106	-0.032	0.0171	0.0678	0.018	0.0292	76.9908	59.2865	87.2933
5	0.3775	0.3965	0.4448	1.5597	0.0979	0.8409	0.1414	-0.0662	0.0359	0.1575	-0.2283	-0.0418	0.0346	-0.0438	0.0868	0.1458	-0.0463	0.0157	0.1119	-0.0304	0.0254	27.2789	2.0421	85.0087
6	0.8315	0.9454	0.0289	2.5371	-0.4564	0.9338	-0.0887	-0.0506	0.1307	-0.1936	0.0986	0.1561	0.0132	0.0236	-0.0099	0.1002	-0.0318	-0.0088	0.0778	0.0071	0.0279	-12.7745	23.5946	78.7599
7	0.9509	0.0738	0.0384	1.5456	0.3608	0.1976	-0.0679	-0.0881	0.0469	-0.0742	0.0606	-0.0946	0.0196	0.0407	0.0073	0.1309	-0.0001	0.019	0.0496	-0.0002	0.0163	112.7846	107.3166	82.0668
8	1.1583	0.8857	-0.7764	1.299	-0.8137	1.0619	0.1085	-0.0027	0.1483	0.1143	-0.0665	0.0259	-0.0517	-0.0402	-0.042	0.0716	0.0044	-0.0003	0.1048	-0.0077	0.0363	140.1265	90.2455	85.0475
9	0.9525	-0.0357	-0.0502	2.1678	-0.5556	0.2461	-0.1265	-0.1354	-0.1256	-0.0469	0.1268	0.1308	-0.0063	-0.0041	-0.0003	0.1299	0.0137	-0.0056	0.0952	0.0082	0.0388	95.2464	12.9795	82.5267
10	1.1596	0.5909	0.3652	0.9177	0.6214	0.8813	0.0737	-0.0215	-0.1445	0.1291	-0.0413	-0.0482	0.0824	0.0516	-0.0324	0.0747	-0.0244	-0.0043	0.0811	0.0174	0.027	67.7887	30.0155	84.7446
11	1.4416	0.2907	-0.1986	1.5434	-0.2223	0.2988	0.0684	0.021	0.1642	0.0097	-0.1175	-0.0578	0.0192	-0.0265	0.0491	0.0629	-0.0494	0.0135	0.1284	-0.0075	0.0398	36.4957	31.4432	84.0752
12	0.4244	0.239	0.4532	1.7585	0.3438	1.004	-0.0605	0.0488	0.0401	-0.0983	0.0493	-0.1419	0.0142	0.0856	0.0112	0.1006	-0.0002	0.0041	0.0561	0.0009	0.022	7.8745	46.2599	81.43

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 245
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	16 - 245
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	16 - 245
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	16 - 245
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	16 - 245
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	16 - 245
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 163
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 163
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 163
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 163
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 163
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 163

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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