PDB-6dwf: Crystal structure of complex of BBKI mutant, L55R with Bovine Trypsin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dwf

タイトル

Crystal structure of complex of BBKI mutant, L55R with Bovine Trypsin

要素

Cationic trypsin
Kunitz-type inihibitor

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase inhibitor activity / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bauhinia bauhinioides (マメ科)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Li, M. / Wlodawer, A. / Gustchina, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of the complex of a kallikrein inhibitor from Bauhinia bauhinioides with trypsin and modeling of kallikrein complexes.
著者: Li, M. / Srp, J. / Gustchina, A. / Dauter, Z. / Mares, M. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2018年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dwf.cif.gz	885.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dwf.ent.gz	738 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6dwf_validation.pdf.gz	509.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dwf_full_validation.pdf.gz	530.5 KB	表示
XML形式データ	6dwf_validation.xml.gz	96.8 KB	表示
CIF形式データ	6dwf_validation.cif.gz	138.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6dwhC 6dwuC 4na1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dwu-14 6dwu-37 6dwu-25 6dwu-9 6dwu-15 6dwu-42 6dwu-1 6dwu-33 6dwu-38 6dwu-44 6dwu-36 5jkq-1 1ori-d 6dwu-24 6dwu-18 6dwu-21 1or8-d 6dwu-41 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

G: Kunitz-type inihibitor

B: Cationic trypsin

C: Cationic trypsin

D: Cationic trypsin

E: Cationic trypsin

F: Cationic trypsin

H: Kunitz-type inihibitor

I: Kunitz-type inihibitor

J: Kunitz-type inihibitor

K: Kunitz-type inihibitor

L: Kunitz-type inihibitor

252 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Cationic trypsin

G: Kunitz-type inihibitor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The peak coressponding to 43 K
42 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Cationic trypsin

H: Kunitz-type inihibitor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Cationic trypsin

I: Kunitz-type inihibitor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Cationic trypsin

J: Kunitz-type inihibitor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 2 ポリマー
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5

E: Cationic trypsin

K: Kunitz-type inihibitor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 2 ポリマー
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6

F: Cationic trypsin

L: Kunitz-type inihibitor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	207.303, 207.303, 107.167
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	ASN	ASN	A	A	16 - 245	1 - 223
2	1	ILE	ILE	ASN	ASN	B	C	16 - 245	1 - 223
1	2	ILE	ILE	ASN	ASN	A	A	16 - 245	1 - 223
2	2	ILE	ILE	ASN	ASN	C	D	16 - 245	1 - 223
1	3	ILE	ILE	ASN	ASN	A	A	16 - 245	1 - 223
2	3	ILE	ILE	ASN	ASN	D	E	16 - 245	1 - 223
1	4	ILE	ILE	ASN	ASN	A	A	16 - 245	1 - 223
2	4	ILE	ILE	ASN	ASN	E	F	16 - 245	1 - 223
1	5	ILE	ILE	ASN	ASN	A	A	16 - 245	1 - 223
2	5	ILE	ILE	ASN	ASN	F	G	16 - 245	1 - 223
1	6	SER	SER	THR	THR	G	B	1 - 163	7 - 169
2	6	SER	SER	THR	THR	H	H	1 - 163	7 - 169
1	7	SER	SER	THR	THR	G	B	1 - 163	7 - 169
2	7	SER	SER	THR	THR	I	I	1 - 163	7 - 169
1	8	SER	SER	THR	THR	G	B	1 - 163	7 - 169
2	8	SER	SER	THR	THR	J	J	1 - 163	7 - 169
1	9	SER	SER	THR	THR	G	B	1 - 163	7 - 169
2	9	SER	SER	THR	THR	K	K	1 - 163	7 - 169
1	10	SER	SER	THR	THR	G	B	1 - 163	7 - 169
2	10	SER	SER	THR	THR	L	L	1 - 163	7 - 169
1	11	ILE	ILE	ASN	ASN	B	C	16 - 245	1 - 223
2	11	ILE	ILE	ASN	ASN	C	D	16 - 245	1 - 223
1	12	ILE	ILE	ASN	ASN	B	C	16 - 245	1 - 223
2	12	ILE	ILE	ASN	ASN	D	E	16 - 245	1 - 223
1	13	ILE	ILE	ASN	ASN	B	C	16 - 245	1 - 223
2	13	ILE	ILE	ASN	ASN	E	F	16 - 245	1 - 223
1	14	ILE	ILE	ASN	ASN	B	C	16 - 245	1 - 223
2	14	ILE	ILE	ASN	ASN	F	G	16 - 245	1 - 223
1	15	ILE	ILE	ASN	ASN	C	D	16 - 245	1 - 223
2	15	ILE	ILE	ASN	ASN	D	E	16 - 245	1 - 223
1	16	ILE	ILE	ASN	ASN	C	D	16 - 245	1 - 223
2	16	ILE	ILE	ASN	ASN	E	F	16 - 245	1 - 223
1	17	ILE	ILE	ASN	ASN	C	D	16 - 245	1 - 223
2	17	ILE	ILE	ASN	ASN	F	G	16 - 245	1 - 223
1	18	ILE	ILE	ASN	ASN	D	E	16 - 245	1 - 223
2	18	ILE	ILE	ASN	ASN	E	F	16 - 245	1 - 223
1	19	ILE	ILE	ASN	ASN	D	E	16 - 245	1 - 223
2	19	ILE	ILE	ASN	ASN	F	G	16 - 245	1 - 223
1	20	ILE	ILE	ASN	ASN	E	F	16 - 245	1 - 223
2	20	ILE	ILE	ASN	ASN	F	G	16 - 245	1 - 223
1	21	SER	SER	THR	THR	H	H	1 - 163	7 - 169
2	21	SER	SER	THR	THR	I	I	1 - 163	7 - 169
1	22	SER	SER	THR	THR	H	H	1 - 163	7 - 169
2	22	SER	SER	THR	THR	J	J	1 - 163	7 - 169
1	23	SER	SER	THR	THR	H	H	1 - 163	7 - 169
2	23	SER	SER	THR	THR	K	K	1 - 163	7 - 169
1	24	SER	SER	THR	THR	H	H	1 - 163	7 - 169
2	24	SER	SER	THR	THR	L	L	1 - 163	7 - 169
1	25	SER	SER	THR	THR	I	I	1 - 163	7 - 169
2	25	SER	SER	THR	THR	J	J	1 - 163	7 - 169
1	26	SER	SER	THR	THR	I	I	1 - 163	7 - 169
2	26	SER	SER	THR	THR	K	K	1 - 163	7 - 169
1	27	SER	SER	THR	THR	I	I	1 - 163	7 - 169
2	27	SER	SER	THR	THR	L	L	1 - 163	7 - 169
1	28	SER	SER	THR	THR	J	J	1 - 163	7 - 169
2	28	SER	SER	THR	THR	K	K	1 - 163	7 - 169
1	29	SER	SER	THR	THR	J	J	1 - 163	7 - 169
2	29	SER	SER	THR	THR	L	L	1 - 163	7 - 169
1	30	SER	SER	THR	THR	K	K	1 - 163	7 - 169
2	30	SER	SER	THR	THR	L	L	1 - 163	7 - 169

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 24-246 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質	Kunitz-type inihibitor 分子量: 18712.182 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 19-181 / Mutation: L55R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bauhinia bauhinioides (マメ科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VEQ7
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate at pH 4.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.492
1	1	-K, -H, -L	2	0.508

反射

解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 189147 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / CC_1/2: 0.9545 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.081 / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 26.5

反射シェル

解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 1.183 / Num. unique all: 15175 / Num. unique obs: 7121 / R_pim(I) all: 0.795 / R_rim(I) all: 1.412 / R_sym value: 1.151 / % possible all: 74.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NA1

4na1

解像度: 1.94→49.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 4.825 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22294	1622	1 %	RANDOM
R_work	0.19636	-	-	-
obs	0.19662	168232	88.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.142 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.52 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.52 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.94→49.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17352	0	0	1636	18988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	17790
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	16224
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.439	1.955	24114
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.139	3	37902
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.827	5	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.104	24.87	690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.707	15	2910
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.696	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	19728
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.169	1.522	9234
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.168	1.522	9233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.109	2.277	11472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.109	2.277	11473
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.929	1.632	8555
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.929	1.632	8556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.621	2.403	12636
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.427	18.746	19771
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.426	18.748	19772
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13932	0.01
1	2	B	13932	0.01
2	1	A	13934	0.03
2	2	C	13934	0.03
3	1	A	13942	0.02
3	2	D	13942	0.02
4	1	A	13950	0.01
4	2	E	13950	0.01
5	1	A	13918	0.02
5	2	F	13918	0.02
6	1	G	10118	0.02
6	2	H	10118	0.02
7	1	G	10138	0.02
7	2	I	10138	0.02
8	1	G	10102	0.02
8	2	J	10102	0.02
9	1	G	10124	0.02
9	2	K	10124	0.02
10	1	G	10128	0.02
10	2	L	10128	0.02
11	1	B	13928	0.02
11	2	C	13928	0.02
12	1	B	13978	0
12	2	D	13978	0
13	1	B	13946	0.01
13	2	E	13946	0.01
14	1	B	13976	0.01
14	2	F	13976	0.01
15	1	C	13950	0.02
15	2	D	13950	0.02
16	1	C	13956	0.02
16	2	E	13956	0.02
17	1	C	13940	0.02
17	2	F	13940	0.02
18	1	D	13954	0.01
18	2	E	13954	0.01
19	1	D	13988	0
19	2	F	13988	0
20	1	E	13938	0.01
20	2	F	13938	0.01
21	1	H	10116	0.02
21	2	I	10116	0.02
22	1	H	10124	0.02
22	2	J	10124	0.02
23	1	H	10086	0.02
23	2	K	10086	0.02
24	1	H	10150	0.02
24	2	L	10150	0.02
25	1	I	10092	0.02
25	2	J	10092	0.02
26	1	I	10116	0.02
26	2	K	10116	0.02
27	1	I	10120	0.02
27	2	L	10120	0.02
28	1	J	10108	0.02
28	2	K	10108	0.02
29	1	J	10122	0.02
29	2	L	10122	0.02
30	1	K	10090	0.02
30	2	L	10090	0.02

LS精密化シェル

解像度: 1.943→1.994 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.405	4	-
R_work	0.266	332	-
obs	-	-	2.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6748	0.3745	0.1106	0.6825	-0.1653	0.4992	-0.1033	-0.1126	0.048	-0.1581	0.046	0.0738	0.0687	0.0036	0.0573	0.1165	-0.0088	0.0409	0.0612	0.0152	0.0747	91.5108	84.402	80.7363
2	0.8244	0.5324	0.4172	3.3911	-0.2126	0.5678	0.2013	0.0003	-0.1222	-0.0741	-0.2366	-0.2023	0.072	0.0021	0.0353	0.1018	-0.012	-0.0144	0.073	-0.0341	0.0673	130.8404	60.9316	87.1032
3	1.0077	0.4458	-0.2035	0.5843	0.1694	0.4524	-0.1413	-0.1248	0.0248	-0.1921	0.0618	-0.0174	-0.0732	0.0056	0.0795	0.1436	-0.0289	-0.0447	0.0925	-0.0456	0.0712	115.845	35.6215	80.723
4	0.571	0.2394	-0.1549	2.2338	0.1616	0.3508	0.1468	0.0197	0.0576	-0.0626	-0.1372	0.1536	-0.0337	0.0009	-0.0096	0.1042	-0.0263	0.0031	0.0575	0.0211	0.0567	76.7231	59.0213	87.0571
5	0.2055	0.4661	0.2184	1.6225	0.2212	0.8003	0.1303	-0.0876	0.0237	0.1814	-0.2487	-0.036	0.068	-0.0867	0.1184	0.1254	-0.0433	0.0229	0.0964	-0.0425	0.0506	27.2469	1.8685	85.4658
6	1.7299	1.7285	0.3485	2.7441	-0.3825	0.9822	-0.0734	-0.1263	0.218	-0.2001	0.0699	0.2371	0.0229	-0.0416	0.0035	0.0794	-0.0365	0.0062	0.0869	-0.0211	0.0335	-12.7039	23.6617	79.1517
7	0.6859	0.2093	-0.1298	1.5736	0.4195	0.3315	-0.0668	-0.0899	0.0541	-0.0755	0.1042	-0.0587	0.0183	0.0603	-0.0374	0.1067	-0.0017	0.0199	0.0346	0.0012	0.0399	112.4596	106.9238	82.0236
8	1.425	0.8974	-0.7542	1.4685	-0.5514	0.898	0.093	0.0166	0.1515	0.096	-0.0522	-0.0516	-0.049	0.0046	-0.0408	0.0502	-0.0178	-0.0028	0.0614	0.0016	0.094	139.799	90.2185	85.008
9	0.772	0.3188	0.0717	1.7593	-0.5811	0.5149	-0.1176	-0.1067	-0.0929	-0.0779	0.1381	0.0605	0.0255	-0.033	-0.0205	0.1102	0.0014	-0.0048	0.0619	0.0042	0.0723	95.0519	13.0121	82.3477
10	1.1767	0.7259	0.6944	0.8394	0.556	0.9897	0.1152	0.0024	-0.0919	0.155	-0.0492	-0.0153	0.0379	-0.0118	-0.066	0.0455	-0.0288	0.0004	0.0493	0.0058	0.078	67.6179	29.7614	84.6691
11	1.2486	0.4868	-0.15	1.3258	-0.0731	0.045	0.0706	0.031	0.0504	0.029	-0.0851	-0.1207	0.0277	-0.0317	0.0145	0.0579	-0.0449	0.02	0.1041	-0.01	0.0331	36.3723	31.2127	84.2793
12	0.6216	0.5509	0.1258	2.0901	0.3944	0.6469	-0.0744	0.0497	0.0534	-0.0733	0.0509	-0.0523	-0.0182	-0.0247	0.0236	0.09	-0.0117	-0.0024	0.0071	0.0031	0.0309	7.9758	46.2373	81.6604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 245
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	16 - 245
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	16 - 245
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	16 - 245
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	16 - 245
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	16 - 245
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 163
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 163
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 163
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 163
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 163
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 163

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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