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万見
- PDB-6du5: Crystal structure of hMettl16 catalytic domain in complex with MA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6du5
タイトルCrystal structure of hMettl16 catalytic domain in complex with MAT2A 3'UTR hairpin 6
要素
  • U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
  • hp6-RNA (25-MER)
キーワードTransferase/RNA / m6a methylation / Methyltransferase / Protein-RNA structure / m6a / N6-methyladenosine / Transferase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA (adenine-N6)-methylation / U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / U6 snRNA 3'-end binding / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / rRNA base methylation / regulation of mRNA splicing, via spliceosome ...snRNA (adenine-N6)-methylation / U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / U6 snRNA 3'-end binding / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / rRNA base methylation / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / RNA stem-loop binding / mRNA processing / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase METTL16/PsiM / RNA methyltransferase / METTL16/RlmF family / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA N(6)-adenosine-methyltransferase METTL16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.006 Å
データ登録者Doxtader, K. / Wang, P. / Nam, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for Regulation of METTL16, an S-Adenosylmethionine Homeostasis Factor.
著者: Doxtader, K.A. / Wang, P. / Scarborough, A.M. / Seo, D. / Conrad, N.K. / Nam, Y.
履歴
登録2018年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
B: hp6-RNA (25-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9132
ポリマ－44,9132
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.918, 134.918, 76.208
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase / Methyltransferase 10 domain-containing protein / Methyltransferase-like protein 16 / N6-adenosine- ...Methyltransferase 10 domain-containing protein / Methyltransferase-like protein 16 / N6-adenosine-methyltransferase METTL16


分子量: 36129.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL16, METT10D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86W50, U6 snRNA m6A methyltransferase, mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase
#2: RNA鎖 hp6-RNA (25-MER)


分子量: 8783.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Tris (pH 8.5), 20% glycerol, and 19% polyethylene (PEG) 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 14533 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 46
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 1.226 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1417 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.006→38.731 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2648 644 4.81 %
Rwork0.2476 --
obs0.2485 13402 92.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.006→38.731 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2239 542 0 0 2781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042900
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7944052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.121687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0058-3.23780.40811270.37032607X-RAY DIFFRACTION96
3.2378-3.56340.30481210.31962518X-RAY DIFFRACTION93
3.5634-4.07860.33191220.28082533X-RAY DIFFRACTION92
4.0786-5.13670.23911260.23312525X-RAY DIFFRACTION92
5.1367-38.73460.23631480.21262575X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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