PDB-6dri: NMR solution structure of Acan1 from the Ancylostoma caninum hookworm

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dri

タイトル

NMR solution structure of Acan1 from the Ancylostoma caninum hookworm

要素

Acan1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / DISULFIDE-RICH PEPTIDE

機能・相同性

ShK domain-like / ShKT domain / ShKT domain profile. / ShKT domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Ancylostoma caninum (いぬこうちゅう)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Smallwood, T.B. / Rosengren, K.J. / Clark, R.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR solution structure of Acan1 from the Ancylostoma caninum hookworm
著者: Smallwood, T.B. / Rosengren, K.J. / Clak, R.J.

履歴

登録	2018年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dri.cif.gz	235.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dri.ent.gz	195.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dri.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dri_validation.pdf.gz	384.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dri_full_validation.pdf.gz	481 KB	表示
XML形式データ	6dri_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	6dri_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/6dri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/6dri	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1q8h-d 2mij-d 2gl1-d 1woe-d 1bub-d 1qdf-d 2idh-4 1qcv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30479NMR solution structure of Acan1 from the Ancylostoma caninum hookworm

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acan1

4.64 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Acan1 分子量: 4641.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Ancylostoma caninum (いぬこうちゅう) 参照: UniProt: A0A368FHQ4*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	4	1	isotropic	1	2D DQF-COSY
1	5	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 1 mg/mL Acan1, 90% H2O/10% D2O / Label: Acan1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mg/mL / 構成要素: Acan1 / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: NA Not defined / Label: condition_1 / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CARA	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	Keller and Wuthrich	peak picking
TopSpin	Bruker Biospin	collection
TopSpin	Bruker Biospin	解析
TALOS	Cornilescu, Delaglio and Bax	データ解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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