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万見
- PDB-6drg: NMR solution structure of wild type hFABP1 with GW7647 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6drg
タイトルNMR solution structure of wild type hFABP1 with GW7647
要素Fatty acid-binding protein, liver
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / hLFABP / GW7647
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular detoxification / Heme degradation / Triglyceride catabolism / antioxidant activity / peroxisomal matrix / fatty acid transport / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / fatty acid binding / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 ...cellular detoxification / Heme degradation / Triglyceride catabolism / antioxidant activity / peroxisomal matrix / fatty acid transport / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / fatty acid binding / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to hypoxia / chromatin binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2VN / Fatty acid-binding protein, liver
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / restraint energy minimization
データ登録者Scanlon, M.J. / Mohanty, B. / Doak, B.C. / Patil, R.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP120102930 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP150102587 オーストラリア
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: A ligand-induced structural change in fatty acid-binding protein 1 is associated with potentiation of peroxisome proliferator-activated receptor alpha agonists.
著者: Patil, R. / Mohanty, B. / Liu, B. / Chandrashekaran, I.R. / Headey, S.J. / Williams, M.L. / Clements, C.S. / Ilyichova, O. / Doak, B.C. / Genissel, P. / Weaver, R.J. / Vuillard, L. / Halls, M. ...著者: Patil, R. / Mohanty, B. / Liu, B. / Chandrashekaran, I.R. / Headey, S.J. / Williams, M.L. / Clements, C.S. / Ilyichova, O. / Doak, B.C. / Genissel, P. / Weaver, R.J. / Vuillard, L. / Halls, M.L. / Porter, C.J.H. / Scanlon, M.J.
履歴
登録2018年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7282
ポリマ－15,2251
非ポリマー5031
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8310 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 40structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, liver / Fatty acid-binding protein 1 / Liver-type fatty acid-binding protein / L-FABP


分子量: 15225.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP1, FABPL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07148
#2: 化合物 ChemComp-2VN / 2-[(4-{2-[(4-cyclohexylbutyl)(cyclohexylcarbamoyl)amino]ethyl}phenyl)sulfanyl]-2-methylpropanoic acid / GW-7647


分子量: 502.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H46N2O3S

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic23D 15N-resolved [1H,1H]-NOESY
141isotropic23D 13Cali resolved [1H,1H]-NOESY
151isotropic23D 13Caro resolved [1H,1H]-NOESY
161isotropic22D F1-edited, F2-13C,15N-filtered [1H,1H] NOESY
171isotropic23D F1-13C,15N-filtered, F2-13Cali edited [1H,1H] NOESY
182isotropic12D 1H-15N HSQC
192isotropic12D F1, F2-13C,15N-filtered [1H,1H] NOESY
1102isotropic12D F1-edited, F2-13C,15N-filtered [1H,1H] NOESY
1112isotropic13D F1-13C,15N-filtered, F2-15N edited [1H,1H] NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM [U-15N13C] hFABP1 wild type, 0.5 mM GW7647, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 % D6 DMSO, 90% H2O/10% D2O0.5 mM [U-15N13C]-labelled hFABP1 wild type; 20 mM sodium phosphate; 50 mM NaCl; pH 5.5;1 mM GW7647; 1% D6-DMSO[U-15N13C]-labelled hFABP190% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-2H,15N13C] hFABP1 wild type, 1 mM GW7647, 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 1 % D6 DMSO, 90% H2O/10% D2O1 mM [U-2H,15N13C]-labelled hFABP1 wild type; 20 mM sodium phosphate; 50 mM NaCl; pH 5.5; 1 mM GW7647; 1% D6-DMSO[U-2H,15N13C]-labelled hFABP190% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMhFABP1 wild type[U-15N13C]1
0.5 mMGW7647natural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
1 %DMSOD61
1 mMhFABP1 wild type[U-2H,15N13C]2
1 mMGW7647natural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
1 %DMSOD62
試料状態イオン強度: 20 mM sodium phosphate and 50 mM NaCl mM / Label: conditions_1 / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
PrimePrime, Schrodinger, LLC, New York, NY, 2018精密化
OPALpKoradi et al, 2000精密化
精密化手法: restraint energy minimization / ソフトェア番号: 7 / 詳細: OPALp
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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