PDB-6dr5: X-ray crystallographic structure of a covalent trimer derived fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dr5

タイトル

X-ray crystallographic structure of a covalent trimer derived from A-beta 17_36 containing the I31Chg point mutation

要素

ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Amyloid / Alzheimers Disease / Abeta / oligomer

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.079 Å

データ登録者

Salveson, P.J. / Nowick, J.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Repurposing Triphenylmethane Dyes to Bind to Trimers Derived from A beta.
著者: Salveson, P.J. / Haerianardakani, S. / Thuy-Boun, A. / Yoo, S. / Kreutzer, A.G. / Demeler, B. / Nowick, J.S.

履歴

登録	2018年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dr5.cif.gz	73.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dr5.ent.gz	61.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dr5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/6dr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/6dr5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dr4C 6dr6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1y6x-1 3dey-d 3klm-d 2lt7-d 1fdt-d 4u80-d 5bx0-d 1iol-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

B: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

C: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

D: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

E: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

F: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

ヘテロ分子

11.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

B: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

C: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

D: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

E: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

F: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

ヘテロ分子

A: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

B: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

C: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

D: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

E: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

F: ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.4 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.831, 57.831, 61.846
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質・ペプチド	ORT-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-CHG-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL 分子量: 1811.216 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris pH 5, 47% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 123 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.079→38.9 Å / Num. obs: 13934 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.8 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 78.3
反射シェル	解像度: 2.08→2.14 Å / 冗長度: 17.3 % / Mean I/σ(I) obs: 27.9 / Num. unique obs: 577 / CC_1/2: 0.998 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.079→28.916 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2147	745	9.81 %
R_work	0.1718	-	-
obs	0.176	13934	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.079→28.916 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	750	0	24	38	812

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	798
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.566	1060
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	30.282	543
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.23	125
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	121

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0792-2.1535	0.2911	141	0.1981	1260	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1535-2.2397	0.2468	136	0.1865	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2397-2.3416	0.227	140	0.1629	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3416-2.465	0.2524	138	0.1657	1243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.465-2.6193	0.2264	137	0.169	1269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6193-2.8214	0.2022	139	0.1838	1237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8214-3.1051	0.2297	135	0.1695	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1051-3.5537	0.2132	138	0.1647	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5537-4.4746	0.1676	147	0.1499	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4746-28.9183	0.2217	116	0.1891	1270	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5701	-4.5213	-2.6136	8.4153	4.1553	6.9656	-0.0355	-0.1203	-0.2113	0.5394	0.2979	-0.7242	0.4848	0.6299	-0.0831	0.236	0.0107	-0.0641	0.2152	-0.0398	0.3183	40.2246	2.248	30.5631
2	3.9431	2.7728	-4.1115	5.6826	-2.9395	4.9369	0.1851	-0.1741	0.309	0.0684	0.0561	0.0608	0.1166	0.2542	-0.2848	0.2039	-0.0319	-0.027	0.2304	-0.0073	0.1914	29.9382	11.5964	27.7735
3	5.3147	-3.1675	3.9529	8.5153	-1.1453	4.5733	0.2428	0.4267	-0.1694	-0.4826	-0.0537	-0.3307	-0.4927	0.5336	-0.0998	0.2048	-0.0285	0.0481	0.2782	-0.0163	0.2515	40.9462	9.2398	18.3264
4	4.8671	3.571	5.9593	4.0572	4.1452	7.4637	0.049	-0.377	-0.1253	0.0682	-0.2514	0.2778	-0.1844	-0.4098	0.1149	0.221	0.0194	-0.0052	0.2144	0.0154	0.2035	20.0912	9.5762	18.6688
5	4.2952	-2.2446	2.0844	4.5835	-3.7724	3.3721	-0.0797	-0.2923	0.1706	1.1816	0.1585	0.3371	-0.4192	-0.3828	0.1011	0.3397	-0.0252	0.0193	0.2333	0.0234	0.2798	20.5565	2.1199	30.3632
6	3.7803	2.9063	-3.8584	3.4385	-3.3127	6.3287	0.2267	0.4356	0.24	-0.0891	-0.2299	0.1856	-0.8402	0.2264	-0.0279	0.3713	-0.0698	-0.0475	0.2499	0.0286	0.2163	35.8781	22.8277	29.8447

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 16 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 1 through 16 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 1 through 16 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 1 through 16 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 1 through 16 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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