PDB-6dr4: X-ray crystallographic structure of a covalent trimer derived fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dr4

タイトル

X-ray crystallographic structure of a covalent trimer derived from A-beta 17_36 containing the I31V point mutation

要素

ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-VAL-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Amyloid / Alzheimers Disease / Abeta / oligomer

機能・相同性

HEXANE-1,6-DIOL

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.105 Å

データ登録者

Salveson, P.J. / Nowick, J.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Repurposing Triphenylmethane Dyes to Bind to Trimers Derived from A beta.
著者: Salveson, P.J. / Haerianardakani, S. / Thuy-Boun, A. / Yoo, S. / Kreutzer, A.G. / Demeler, B. / Nowick, J.S.

履歴

登録	2018年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2025年4月2日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dr4.cif.gz	53.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dr4.ent.gz	41.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dr4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/6dr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/6dr4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dr5C 6dr6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1v3o-1 1v3n-1 2jtk-d 2p4l-d 1q8d-d 4gig-d 2kxx-d 4yvo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-VAL-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL

C: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-VAL-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL

B: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-VAL-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL

D: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-VAL-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL

ヘテロ分子

7.44 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.685, 57.685, 94.683
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質・ペプチド	ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-VAL-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL 分子量: 1771.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.68 %
結晶化	温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M tirs pH 9.0, 0.2 M magnesium chloride, 2.7 M 1,6-hexanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 123 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→47.34 Å / Num. obs: 5880 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.6 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 35.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 461 / CC_1/2: 0.886 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.105→27.591 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.83

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2638	1038	10.13 %
R_work	0.2259	-	-
obs	0.2299	5880	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.105→27.591 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	488	0	24	20	532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.201	680
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.373	364
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.141	80
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	80

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1048-2.2157	0.3108	151	0.2922	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2157-2.3544	0.3378	140	0.2684	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3544-2.5361	0.4084	149	0.287	1322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5361-2.7911	0.3172	149	0.3041	1299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7911-3.1945	0.2708	146	0.2326	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1945-4.0227	0.2959	152	0.2133	1305	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0227-27.5931	0.1967	151	0.1925	1325	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8294	-3.9721	2.1744	5.861	-0.0614	2.2729	0.1348	-0.3408	-0.7244	0.4402	0.1386	0.0374	0.3847	-0.0573	-0.2362	0.6326	-0.0788	-0.0581	0.3638	0.0453	0.5196	3.9308	19.6745	40.7929
2	6.9146	4.8621	0.8918	9.8053	2.1619	3.2206	0.0868	0.2337	-0.8454	-0.4009	-0.6527	-0.0539	0.4323	0.1239	0.3485	0.4461	0.0351	-0.0774	0.3841	-0.014	0.5111	13.6365	29.6993	40.3148
3	3.4549	0.1565	-0.2064	9.2607	-1.1466	9.0789	-0.1461	-0.7964	0.7657	0.5376	0.3204	-0.0749	0.5569	-0.2868	-0.0091	0.3685	0.0015	-0.0939	0.4294	0.0132	0.3622	6.008	27.8039	52.0909
4	8.3777	-1.0333	-3.6703	7.7066	0.0985	7.9929	-0.461	-0.1626	-0.7516	-0.2771	0.1257	1.0012	1.0018	-0.4433	0.4095	0.5528	-0.0703	-0.0047	0.3921	0.0499	0.5113	-2.3772	25.4076	28.8479

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 16 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 1 through 16 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 1 through 16 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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