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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dqw
タイトルFlavobacterium johnsoniae class Id ribonucleotide reductase alpha subuint
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide Reductase / alpha subunit / nucleotide metabolism
機能・相同性Ribonucleotide reductase alpha chain / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain
機能・相同性情報
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Maggiolo, A.O. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM119707 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structures of Class Id Ribonucleotide Reductase Catalytic Subunits Reveal a Minimal Architecture for Deoxynucleotide Biosynthesis.
著者: Rose, H.R. / Maggiolo, A.O. / McBride, M.J. / Palowitch, G.M. / Pandelia, M.E. / Davis, K.M. / Yennawar, N.H. / Boal, A.K.
履歴
登録2018年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,6154
ポリマ－263,6154
非ポリマー00
水2,414134
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,8082
ポリマ－131,8082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area38320 Å2
手法PISA
2
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,8082
ポリマ－131,8082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area34510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.031, 161.031, 187.733
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain


分子量: 65903.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101) (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 遺伝子: Fjoh_4065 / プラスミド: pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A5FCJ4, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.25 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 7.0, 10% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月12日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 85045 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.969 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.6-2.6411.60.90542600.8560.2760.9460.94
2.64-2.6911.60.76942600.8810.2350.8040.968
2.69-2.7411.70.68441950.9090.2090.7150.944
2.74-2.811.70.55542350.9360.1690.580.925
2.8-2.8611.70.46642450.9540.1420.4870.935
2.86-2.9311.70.38142510.9640.1160.3980.935
2.93-311.70.33642150.9710.1020.3510.936
3-3.0811.70.27742490.9810.0840.2890.922
3.08-3.1711.70.22342700.9860.0680.2330.92
3.17-3.2811.70.17542230.9910.0530.1830.917
3.28-3.3911.70.1442480.9940.0430.1460.917
3.39-3.5311.70.10842460.9960.0330.1130.928
3.53-3.6911.70.0842420.9970.0240.0830.911
3.69-3.8811.70.06542440.9980.020.0680.866
3.88-4.1311.70.05142650.9990.0160.0530.843
4.13-4.4511.70.04842490.9990.0150.0510.971
4.45-4.8911.60.05242640.9980.0160.0541.37
4.89-5.611.50.05642700.9980.0170.0581.538
5.6-7.0511.60.04742780.9980.0140.0491.034
7.05-5011.30.02643360.9990.0080.0270.655

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WGH

2wgh


解像度: 2.6→46.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 20.649 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.485 / ESU R Free: 0.289
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2508 4248 5 %RANDOM
Rwork0.2062 ---
obs0.2084 80627 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.2 Å2 / Biso mean: 45.607 Å2 / Biso min: 11.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→46.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15184 0 0 134 15318
Biso mean---30.43 -
残基数----1900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01415476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01714102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0371.64820811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7831.63533072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3951871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.51123.371798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.836152878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3431577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.21998
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022869
LS精密化 シェル解像度: 2.596→2.663 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 332 -
Rwork0.263 5923 -
all-6255 -
obs--99.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.267-0.04-0.04550.58370.03080.3665-0.02420.0001-0.04870.03550.01440.0194-0.0152-0.01140.00990.1010.0122-0.00670.06380.01390.031205.157111.32975.2759
20.44270.0348-0.13850.2652-0.10540.40710.01570.07250.024100.0297-0.02630.0468-0.0871-0.04540.07830.0346-0.00150.13850.03030.0152166.3445.5302-16.7766
31.28970.10780.13340.4725-0.16750.254-0.07390.05110.16510.0229-0.02230.04340.03760.0480.09620.0602-0.0456-0.00140.0840.05260.0809243.614454.2613-11.511
41.52060.0310.3020.6450.0030.6394-0.2116-0.24190.4064-0.00360.1545-0.0991-0.0024-0.04240.05710.03360.0424-0.07140.1263-0.16920.2522203.156483.41883.9925
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 547
2X-RAY DIFFRACTION2B19 - 546
3X-RAY DIFFRACTION3C20 - 545
4X-RAY DIFFRACTION4D22 - 543

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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