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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dpb | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 8 mM Mn2+ and 200 mM K+ for 40 s at 21 C | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA/RNA / protein-RNA-DNA complex / double helix / RNA hydrolysis / in crystallo catalysis / metal dependent catalysis / monovalent cations / divalent cations / HYDROLASE-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus halodurans (バクテリア) synthetic (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.324 Å | ||||||
データ登録者 | Samara, N.L. / Yang, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018 タイトル: Cation trafficking propels RNA hydrolysis. 著者: Samara, N.L. / Yang, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dpb.cif.gz | 122.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dpb.ent.gz | 89.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dpb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/6dpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/6dpb | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1001001 (54エントリ) |
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タイトル | Cleavage of RNA by B. Halodurans Ribonuclease H1 |
タイプ | undefined |
解説 | The structures represent different time points in the divalent and monovalent metal-dependent hydrolysis reaction of RNA by Ribonuclease H1, which is bound to an RNA/DNA hybrid in the crystal. |
-関連構造データ
関連構造データ | 1zblS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 Bb
#2: RNA鎖 | 分子量: 1224.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物) |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 605.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物) |
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 15716.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125) (バクテリア) 株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125 遺伝子: rnhA, BH0863 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KEI9, ribonuclease H |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 1824.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物) |
-非ポリマー , 6種, 230分子
#5: 化合物 | ChemComp-MN / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-IOD / #8: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | The RNA chain B was split into 2 chains (B and b) |
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配列の詳細 | The RNA chain B was split into 2 chains (B and b) at the position 4-5, where the cleavage occurs |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.13 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.32→33.89 Å / Num. obs: 41029 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 18.36 Å2 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 41029 |
反射 シェル | 解像度: 1.32→1.35 Å / 冗長度: 1 % / Num. unique obs: 1746 / % possible all: 79.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ZBL 解像度: 1.324→33.89 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.2 詳細: Structures refined in Phenix and nucleic acid and protein residues built in Coot
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 112.2 Å2 / Biso mean: 27.6723 Å2 / Biso min: 11.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.324→33.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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