[日本語] English
万見
- PDB-6dnw: Sequence Requirements of the Listeria innocua prophage attP site -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dnw
タイトルSequence Requirements of the Listeria innocua prophage attP site
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • Putative integrase [Bacteriophage A118]
キーワードDNA BINDING PROTEIN / site-specific recombination / phage integrase / serine integrase / attachment site / integration / specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Putative Large Serine Recombinase; Chain B, Domain 2 / Recombinase zinc beta ribbon domain / Recombinase / Recombinase zinc beta ribbon domain / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / Hect, E3 ligase catalytic domain fold / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. ...Putative Large Serine Recombinase; Chain B, Domain 2 / Recombinase zinc beta ribbon domain / Recombinase / Recombinase zinc beta ribbon domain / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / Hect, E3 ligase catalytic domain fold / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / : / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Integrase [Bacteriophage A118]
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria innocua serovar 6a
Listeria innocua Clip11262 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.849 Å
データ登録者Li, H. / Sharp, R. / Rutherford, K. / Gupta, K. / Van Duyne, G.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the Director5R01GM10875104 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Serine Integrase attP Binding and Specificity.
著者: Li, H. / Sharp, R. / Rutherford, K. / Gupta, K. / Van Duyne, G.D.
履歴
登録2018年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative integrase [Bacteriophage A118]
B: DNA (26-MER)
C: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9664
ポリマ－53,9013
非ポリマー651
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7930 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.291, 57.112, 167.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Putative integrase [Bacteriophage A118]


分子量: 37927.301 Da / 分子数: 1 / 変異: None / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 133-341,417-452 [342-416 deleted]
由来: (組換発現) Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / 遺伝子: int / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q928V6
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7908.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Listeria innocua Clip11262 (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8065.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Listeria innocua Clip11262 (バクテリア)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystals were obtained by hanging drop vapor diffusion at 21oC in 100 mM Tris HCL pH 7.5, 200 mM ammonium sulfate, and 25% (w:v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.849→39.971 Å / Num. obs: 11185 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 58.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1082 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KIS

4kis


解像度: 2.849→39.971 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 24.62
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 547 5.09 %Random
Rwork0.2194 ---
obs0.2213 10749 93.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.849→39.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1948 1060 1 9 3018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033178
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5634499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7371716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8488-3.13530.36371270.33092308X-RAY DIFFRACTION88
3.1353-3.58880.2971440.2522554X-RAY DIFFRACTION95
3.5888-4.52050.18641350.20152625X-RAY DIFFRACTION97
4.5205-39.9750.26241410.18732715X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56150.07430.08950.0377-0.02330.10230.40330.20030.8901-0.1211-0.1714-0.68860.18210.7169-0.07850.43130.06890.15440.41780.0190.6041-1.16419.4049-19.6502
21.9976-2.02080.22216.8949-1.53865.90490.42580.6511-0.9331-0.5992-0.56480.1927-0.47690.03610.09140.4121-0.05070.03480.4642-0.05680.3542-6.8549-5.4983-12.5449
33.2683-0.65630.08024.36160.79663.84520.09670.0441-0.19380.3570.0093-0.10630.3825-0.3495-0.11420.2105-0.0407-0.0510.3470.03040.3665-7.6527-6.56682.034
44.5149-1.8231-4.30358.1046-1.47427.82580.3566-0.10010.6475-0.03270.184-0.2894-0.9177-0.6798-0.55760.35960.0937-0.05170.4834-0.06080.367-9.39987.4196-6.3441
57.15682.04491.51350.62170.13824.1596-0.0919-0.07670.83660.77490.1238-0.0348-0.603-0.11020.20280.54160.0283-0.14490.3348-0.08430.3848-1.61074.549912.4809
64.07461.2870.44285.3646-1.16725.39350.0493-0.36680.09470.409-0.26910.0652-0.1677-0.01890.25310.38350.0369-0.15340.2911-0.05690.42789.32275.409932.6396
73.4992-1.25560.64340.99521.48885.8734-0.01220.141.1812-0.0131-0.71811.1878-0.7442-0.95860.63270.73730.1722-0.20120.4889-0.21520.747-1.614911.068427.4834
84.2548-1.5383-0.84095.5093-6.27348.8912-0.0519-0.8251-0.0291.34940.3006-0.65340.3794-0.55210.22141.0892-0.0039-0.31270.58020.04040.467916.5458-1.195944.6422
96.13753.96744.21543.37242.15293.50280.26180.8804-0.49660.52050.7624-0.9102-1.11781.8325-1.02640.95160.0548-0.07230.8623-0.16580.601423.7328-3.320226.854
107.9713-4.84791.05979.21751.7187.59110.65770.5296-1.05070.7162-0.3521-0.16660.23090.0043-0.52520.3375-0.0149-0.09650.31510.00020.4868.973-4.63113.3145
112.8695-2.6995-3.3085.76275.80337.57130.64280.2950.7717-1.37610.7941-1.1824-1.3431.1941-1.59690.5238-0.08210.12710.6574-0.05110.534413.9287-0.3373-4.0047
124.0784-1.54171.2594.2914-1.68743.18060.8990.56170.4232-1.3466-0.518-0.62070.25721.158-0.28010.6610.12680.15640.6399-0.00840.40392.9342-0.7677-21.6712
132.72490.6807-0.15482.54212.25145.66440.55710.30840.3356-1.047-0.446-0.84070.08950.7144-0.14090.55370.21060.14080.58870.14980.5426.6919-0.1813-17.2962
141.1473-0.14870.54730.0227-0.06830.2795-0.1827-0.1179-0.00840.42661.1871-1.05090.37731.0136-1.0410.25950.0628-0.07630.7347-0.17720.602715.1933-4.26494.7746
153.3035-0.9446-0.99244.6907-4.06734.6080.5828-0.4617-0.5804-0.3124-0.4527-0.28311.0851.4340.26420.67290.0428-0.2470.40230.0940.47213.1016-1.991122.9459
161.96170.31322.20021.10661.42484.13930.0858-0.9296-0.32290.28870.217-0.35850.23350.53860.1530.90240.1624-0.96361.0734-0.01520.988324.0563-6.248337.629
178.56680.75833.24845.49170.97125.20040.0853-0.42320.0208-0.17810.60050.60350.4755-0.7543-0.64580.9397-0.094-0.42211.19360.2441.224322.95243.332746.1739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 134 through 151 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 152 through 163 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 164 through 215 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 216 through 243 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 244 through 264 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 265 through 425 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 426 through 452 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 5 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 6 through 10 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 11 through 15 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 16 through 20 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 21 through 26 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1 through 10 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 11 through 15 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 16 through 20 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 21 through 25 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 26 through 26 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る