PDB-6dnm: The crystal structure of SatS c-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dnm

タイトル

The crystal structure of SatS c-terminal domain

要素

Export chaperone SatS

キーワード

CHAPERONE (シャペロン) / SecA2 / protein export /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.397 Å

データ登録者

Hughes, R.C. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Mycobacterium tuberculosisSatS is a chaperone for the SecA2 protein export pathway.
著者: Miller, B.K. / Hughes, R. / Ligon, L.S. / Rigel, N.W. / Malik, S. / Anjuwon-Foster, B.R. / Sacchettini, J.C. / Braunstein, M.

履歴

登録	2018年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dnm.cif.gz	88.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dnm.ent.gz	66.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dnm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dnm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dnm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6drqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wpt-d 6iwn-1 3rem-d 3hgx-d 5xuo-2 2x5h-1 3iuv-d 2l7n-d 3fy5-d 1u2w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Export chaperone SatS

21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.867, 50.580, 76.465
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Export chaperone SatS 分子量: 21175.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: LH57_18085 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A089QXD1
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.5M ammonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→99 Å / Num. obs: 35457 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.081 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / R_merge(I) obs: 0.254 / R_sym value: 0.297

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.397→42.186 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2307	1702	4.85 %
R_work	0.1928	-	-
obs	0.1947	35079	91.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.397→42.186 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1467	0	0	110	1577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1494
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.736	2034
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.499	544
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	231
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	270

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3971-1.4382	0.2382	95	0.1775	2145	X-RAY DIFFRACTION	71
1.4382-1.4846	0.2174	130	0.1464	2616	X-RAY DIFFRACTION	88
1.4846-1.5377	0.1985	149	0.1412	2879	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5377-1.5993	0.2172	153	0.1498	2931	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5993-1.6721	0.2403	132	0.1556	2952	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6721-1.7602	0.2033	162	0.1683	2931	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7602-1.8705	0.2266	159	0.1681	2928	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8705-2.0149	0.2252	166	0.1788	2897	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0149-2.2177	0.2135	142	0.1879	2882	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2177-2.5385	0.2185	154	0.2021	2812	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5385-3.1981	0.2441	121	0.2322	2761	X-RAY DIFFRACTION	89
3.1981-42.2051	0.2503	139	0.2037	2643	X-RAY DIFFRACTION	82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6637	-0.2458	-0.2516	0.2434	-0.0093	0.1551	0.2132	-0.2498	0.2313	-0.1112	-0.0942	-0.263	-0.1528	0.1105	0.0043	0.1918	-0.0145	0.0338	0.138	-0.0069	0.2085	3.8859	42.799	8.2137
2	0.2306	-0.1037	-0.2962	0.4733	0.2726	0.3952	0.0618	0.0045	-0.0282	0.0339	-0.0362	0.0361	-0.0459	-0.0771	-0.0001	0.1443	0.0078	-0.0044	0.129	0.0151	0.1432	-4.9688	35.5301	21.7795
3	0.2374	0.057	-0.1262	0.2419	0.1352	0.6792	0.052	0.1262	0.0071	-0.0086	0.019	0.1385	-0.3376	-0.5504	0.0007	0.1907	0.0403	-0.0055	0.2297	-0.002	0.1537	-14.9631	36.803	14.4413
4	0.5566	0.1014	-0.2406	0.5444	-0.409	0.4082	-0.0286	0.1059	-0.1111	-0.1718	-0.0409	-0.0129	0.1352	0.0569	-0.0001	0.1774	0.007	-0.0199	0.1554	-0.0231	0.1475	-4.8501	30.0717	10.6435
5	0.0453	0.0137	0.0566	0.0198	0.0028	0.0676	-0.0403	0.2332	-0.0936	-0.5256	-0.0654	0.0798	0.1026	-0.1996	-0.0088	0.2274	0.0368	0.0276	0.1665	-0.0061	0.199	0.5357	33.5813	3.5375
6	0.3727	-0.0978	0.2641	0.3833	-0.0763	0.2613	0.0482	-0.0677	0.004	0.0385	-0.0361	-0.1026	-0.1895	0.1372	-0	0.1487	-0.0054	0.0058	0.1455	0.0057	0.1523	0.1804	38.2966	22.4641
7	0.0371	-0.0019	-0.0802	0.1066	0.0559	0.1508	0.0252	-0.1015	-0.0122	0.1294	0.0839	-0.2465	-0.0306	0.485	-0	0.1831	0.0189	0.006	0.2612	0.0055	0.1876	-9.6199	39.6595	43.2337
8	0.2807	-0.2047	-0.2883	0.1716	0.1611	0.2825	0.0486	0.1014	0.1233	-0.1603	-0.0048	-0.0628	-0.3942	-0.072	-0.0005	0.1502	0.0126	0.0265	0.1578	-0.0084	0.1716	-11.8604	42.1889	27.3242
9	0.0708	-0.1235	0.0639	0.163	-0.1048	0.0813	0.0632	0.2082	-0.045	0.0394	-0.1431	0.0052	-0.0586	-0.3673	-0.0002	0.1529	0.0076	0.0086	0.2429	-0.0035	0.1976	-23.9641	41.2656	30.0712
10	0.0198	0.0484	-0.0333	0.0848	-0.0434	0.0266	0.1192	-0.2091	-0.0581	-0.0692	-0.077	0.048	-0.2306	-0.1353	0.0005	0.1754	-0.0213	0.0268	0.1492	-0.006	0.1565	-16.6759	46.3248	39.7703
11	0.1131	0.0409	0.1422	0.0149	-0.0156	0.1598	0.0841	-0.065	0.1866	0.2372	0.077	0.0359	-0.1273	-0.0968	0.0143	0.2181	-0.0136	0.0724	0.175	-0.0222	0.176	-15.5568	49.4296	45.6871
12	0.4447	-0.1993	0.2685	0.3683	-0.1528	0.2228	-0.1179	0.1304	-0.1862	0.1081	-0.062	0.2069	0.244	-0.1445	-0.0058	0.1605	-0.0015	0.0161	0.188	-0.0017	0.1823	-16.495	31.0083	31.0431

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 234 through 248 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 249 through 267 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 268 through 279 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 280 through 306 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 307 through 316 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 317 through 333 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 334 through 346 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 347 through 364 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 365 through 377 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 378 through 387 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 388 through 399 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 400 through 420 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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