+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dnm | ||||||
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Title | The crystal structure of SatS c-terminal domain | ||||||
Components | Export chaperone SatS | ||||||
Keywords | CHAPERONE / SecA2 / protein export / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
Function / homology | : Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.397 Å | ||||||
Authors | Hughes, R.C. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2019 Title: Mycobacterium tuberculosisSatS is a chaperone for the SecA2 protein export pathway. Authors: Miller, B.K. / Hughes, R. / Ligon, L.S. / Rigel, N.W. / Malik, S. / Anjuwon-Foster, B.R. / Sacchettini, J.C. / Braunstein, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dnm.cif.gz | 88.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dnm.ent.gz | 66.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dnm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dnm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dnm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21175.488 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: LH57_18085 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: A0A089QXD1 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 3.5M ammonium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.4→99 Å / Num. obs: 35457 / % possible obs: 92.6 % / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 14.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.254 / Rsym value: 0.297 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.397→42.186 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 21.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.397→42.186 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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