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万見
- PDB-6dmw: Calmodulin-bound full-length rbTRPV5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dmw
タイトルCalmodulin-bound full-length rbTRPV5
要素
  • Calmodulin-1
  • Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5
キーワードTRANSPORT PROTEIN / calmodulin / TRPV5 / full-length / calcium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


presynaptic endocytosis / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / regulation of urine volume / establishment of protein localization to membrane / presynaptic cytosol / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of synaptic vesicle exocytosis / organelle localization by membrane tethering / postsynaptic cytosol ...presynaptic endocytosis / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / regulation of urine volume / establishment of protein localization to membrane / presynaptic cytosol / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of synaptic vesicle exocytosis / organelle localization by membrane tethering / postsynaptic cytosol / autophagosome membrane docking / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / regulation of cardiac muscle cell action potential / nitric-oxide synthase binding / calcium ion import across plasma membrane / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / protein phosphatase activator activity / adenylate cyclase binding / calyx of Held / catalytic complex / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / calcium channel inhibitor activity / cellular response to interferon-beta / phosphatidylinositol 3-kinase binding / voltage-gated potassium channel complex / calcium ion homeostasis / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / : / titin binding / sperm midpiece / calcium channel complex / nitric-oxide synthase regulator activity / adenylate cyclase activator activity / response to amphetamine / regulation of heart rate / sarcomere / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of cytokinesis / spindle microtubule / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / cellular response to type II interferon / spindle pole / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / calcium ion transport / myelin sheath / growth cone / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / apical plasma membrane / protein domain specific binding / centrosome / calcium ion binding / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5/6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / : / Ankyrin repeat / EF-hand domain pair / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5/6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / : / Ankyrin repeat / EF-hand domain pair / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / EF-hand, calcium binding motif / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Hughes, T.E.T. / Pumroy, R.A. / Moiseenkova-Bell, V.Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM103899 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural insights on TRPV5 gating by endogenous modulators.
著者: Taylor E T Hughes / Ruth A Pumroy / Aysenur Torun Yazici / Marina A Kasimova / Edwin C Fluck / Kevin W Huynh / Amrita Samanta / Sudheer K Molugu / Z Hong Zhou / Vincenzo Carnevale / Tibor ...著者: Taylor E T Hughes / Ruth A Pumroy / Aysenur Torun Yazici / Marina A Kasimova / Edwin C Fluck / Kevin W Huynh / Amrita Samanta / Sudheer K Molugu / Z Hong Zhou / Vincenzo Carnevale / Tibor Rohacs / Vera Y Moiseenkova-Bell /
要旨: TRPV5 is a transient receptor potential channel involved in calcium reabsorption. Here we investigate the interaction of two endogenous modulators with TRPV5. Both phosphatidylinositol 4,5- ...TRPV5 is a transient receptor potential channel involved in calcium reabsorption. Here we investigate the interaction of two endogenous modulators with TRPV5. Both phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PI(4,5)P) and calmodulin (CaM) have been shown to directly bind to TRPV5 and activate or inactivate the channel, respectively. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we determined TRPV5 structures in the presence of dioctanoyl PI(4,5)P and CaM. The PI(4,5)P structure reveals a binding site between the N-linker, S4-S5 linker and S6 helix of TRPV5. These interactions with PI(4,5)P induce conformational rearrangements in the lower gate, opening the channel. The CaM structure reveals two TRPV5 C-terminal peptides anchoring a single CaM molecule and that calcium inhibition is mediated through a cation-π interaction between Lys116 on the C-lobe of calcium-activated CaM and Trp583 at the intracellular gate of TRPV5. Overall, this investigation provides insight into the endogenous modulation of TRPV5, which has the potential to guide drug discovery.
履歴
登録2018年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7967
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5
E: Calmodulin-1
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5
C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,5718
ポリマ－348,4515
非ポリマー1203
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5 / TrpV5 / Epithelial calcium channel 1 / ECaC1 / Osm-9-like TRP channel 3 / OTRPC3


分子量: 82899.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: Trpv5, Ecac1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9XSM3
#2: タンパク質 Calmodulin-1


分子量: 16852.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Calm1, Calm, Cam, Cam1, CaMI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DP29
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Calmodulin-bound rbTRPV5 tetramerCOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2rbTRPV5 tetramerCOMPLEX#11RECOMBINANT
3rat CalmodulinCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
23Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47484 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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