PDB-6dmm: Crystal structure of the G23A mutant of human alpha defensin HNP4.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dmm

タイトル

Crystal structure of the G23A mutant of human alpha defensin HNP4.

要素

Neutrophil defensin 4

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) /

HUMAN ALPHA-DEFENSIN /

ANTIMICROBIAL PEPTIDE (抗微生物ペプチド)

機能・相同性

機能・相同性情報

ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / antifungal humoral response / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins /

アズール顆粒 / defense response to fungus /

小胞 /

innate immune response in mucosa / Golgi lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Biomembr / 年: 2019
タイトル: Systematic mutational analysis of human neutrophil alpha-defensin HNP4.
著者: Hu, H. / Di, B. / Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Yuan, W. / Gao, P. / Ma, B. / He, Q. / Pazgier, M. / Zhao, L. / Lu, W.

履歴

登録	2018年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dmm.cif.gz	169.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dmm.ent.gz	138.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dmm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/6dmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/6dmm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dmqC 1zmmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dmq-2 2xbd-d 3upa-2 6dmq-1 1heh-d 4yjx-3 5acm-2 1xbd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (10) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neutrophil defensin 4

B: Neutrophil defensin 4

C: Neutrophil defensin 4

D: Neutrophil defensin 4

E: Neutrophil defensin 4

F: Neutrophil defensin 4

G: Neutrophil defensin 4

H: Neutrophil defensin 4

I: Neutrophil defensin 4

J: Neutrophil defensin 4

K: Neutrophil defensin 4

L: Neutrophil defensin 4

ヘテロ分子

47.2 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neutrophil defensin 4

B: Neutrophil defensin 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
7.78 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Neutrophil defensin 4

D: Neutrophil defensin 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.66 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Neutrophil defensin 4

F: Neutrophil defensin 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.66 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Neutrophil defensin 4

H: Neutrophil defensin 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.95 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

I: Neutrophil defensin 4

J: Neutrophil defensin 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.97 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

K: Neutrophil defensin 4

L: Neutrophil defensin 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
8.14 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.629, 65.894, 124.064
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	Neutrophil defensin 4 / Defensin / alpha 4 / HNP-4 / HP-4 分子量: 3734.512 Da / 分子数: 12 / 変異: G23A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12838
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.21 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 30% isopropanol 10% PEG 1500 200 mM lithium sulfate 100 mM sodium acetate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月7日
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 40384 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 28.8
反射シェル	解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.966 / Num. unique all: 1991 / CC_1/2: 0.71 / R_pim(I) all: 0.521 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZMM

1zmm

解像度: 1.67→34.567 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.5 / 位相誤差: 28.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2531	2011	5.02 %
R_work	0.218	-	-
obs	0.2198	40053	98.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→34.567 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2964	0	126	284	3374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3148
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.32	4271
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.779	1971
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	502
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	498

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6699-1.7117	0.3759	142	0.3558	2600	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7117-1.758	0.3479	139	0.3175	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.758-1.8097	0.3065	162	0.285	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8097-1.8681	0.3136	130	0.2536	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8681-1.9349	0.2978	144	0.2407	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9349-2.0123	0.2752	118	0.2425	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0123-2.1039	0.2327	154	0.2208	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1039-2.2148	0.2485	133	0.2069	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2148-2.3535	0.2361	133	0.2138	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3535-2.5352	0.2801	143	0.2195	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5352-2.7902	0.2994	150	0.2218	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7902-3.1937	0.2314	163	0.201	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1937-4.0228	0.2173	151	0.1821	2761	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0228-34.5741	0.2352	149	0.215	2869	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3274	-0.7998	-2.625	4.8235	0.2213	4.0973	0.1207	0.279	-0.1557	-0.3619	-0.0343	0.4994	-0.0971	-0.1613	-0.0854	0.1601	0.0016	-0.0795	0.2009	0.0264	0.2137	-11.2776	6.7076	26.0965
2	1.961	2.0695	-0.3133	7.1155	2.8641	2.1441	0	0.0056	-0.109	0.0732	-0.0541	-0.1173	0.0644	0.043	0.0089	0.1797	0.0066	-0.0674	0.24	0.0317	0.235	-15.4579	-6.8418	31.6654
3	2.1355	-1.5717	3.3227	6.8637	-0.4499	6.0923	-0.0404	0.0134	0.0366	0.1213	0.0768	-0.324	0.0366	0.1398	0.0162	0.1112	0.0148	0.0307	0.1986	0.0013	0.2912	-9.2099	-6.8535	5.6059
4	4.5831	3.9354	-1.5537	4.2337	0.2407	5.172	-0.2584	0.0441	-0.0676	-0.358	0.1754	0.1492	-0.357	-0.2343	0.0942	0.2907	0.0987	0.0083	0.2512	0.0363	0.27	-4.9012	6.4235	11.492
5	7.7224	0.0552	3.8205	4.8752	-0.2116	6.1034	-0.0764	0.104	0.0965	-0.1983	0.0729	-0.0961	0.0361	0.0369	0.0288	0.1735	-0.001	0.0105	0.1553	0.0178	0.1162	-9.4665	-7.0289	46.2722
6	8.1438	4.2166	-2.8166	6.626	-2.8621	6.1489	0.1045	-0.3519	0.0706	0.0261	-0.0691	0.0888	-0.1091	-0.0389	-0.0024	0.2754	0.0276	-0.0433	0.2183	-0.0461	0.2341	-4.8038	6.3204	52.063
7	5.4618	1.9397	-0.1827	7.6844	1.5756	5.6621	-0.1458	0.3333	-0.0528	-1.1586	0.3322	-0.6025	-1.05	0.22	-0.1866	0.4124	-0.0503	0.0767	0.2259	-0.0381	0.1889	-31.471	6.6514	55.6365
8	6.027	-0.2266	-0.2531	3.1001	-1.5614	6.7554	-0.1368	-0.4518	-0.4383	0.7407	0.1786	0.1502	0.8757	-0.0142	-0.0399	0.5113	-0.0006	0.007	0.2283	0.0135	0.1727	-27.1765	-6.9636	51.8608
9	7.2459	2.2853	2.1191	9.7343	1.8916	6.7387	-0.1966	0.5568	-0.2688	-0.9211	0.4281	-0.7476	-0.854	0.5197	-0.2201	0.2662	-0.0196	0.0716	0.2368	-0.0371	0.1922	-30.9531	7.0033	14.0784
10	6.785	-1.6619	-0.1399	9.4266	-0.1898	7.5316	-0.0934	-0.4278	-0.3818	0.4617	0.2409	-0.0652	0.3308	-0.1225	-0.1325	0.1471	0.0298	0.0103	0.2686	0.0213	0.1526	-26.7854	-7.127	10.5622
11	8.9732	3.2308	0.8919	9.4749	-0.1767	4.458	0.1396	0.1513	-0.0037	0.3349	0.074	0.4388	0.2685	-0.1676	-0.146	0.1382	-0.0047	-0.0037	0.1673	0.0143	0.1006	-30.8392	-7.4907	34.636
12	5.8444	-1.6649	-0.2345	8.1666	1.064	5.7449	-0.1688	-0.4169	0.5516	0.6689	0.3296	-0.1563	-0.3904	-0.088	-0.1406	0.1755	0.0578	-0.0114	0.2336	0.0027	0.1965	-34.7117	6.6011	31.037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 1 through 33)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 1 through 31)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 1 through 33)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 1 through 31)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 1 through 33)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 1 through 31)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 1 through 31)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 1 through 32)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain 'I' and resid 1 through 32)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain 'J' and resid 1 through 33)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain 'K' and resid 1 through 32)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain 'L' and resid 1 through 32)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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