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万見
- PDB-6dmh: A multiconformer ligand model of acylenzyme intermediate of merop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dmh
タイトルA multiconformer ligand model of acylenzyme intermediate of meropenem bound to an SFC-1 E166A mutant
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Complex / multi conformer model / antibiotic / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MER / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia fonticola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Hudson, B.M. / van Zundert, G. / Keedy, D.A. / Fonseca, R. / Heliou, A. / Suresh, P. / Borrelli, K. / Day, T. / Fraser, J.S. / van den Bedem, H.
引用
ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: qFit-ligand Reveals Widespread Conformational Heterogeneity of Drug-Like Molecules in X-Ray Electron Density Maps.
著者: van Zundert, G.C.P. / Hudson, B.M. / de Oliveira, S.H.P. / Keedy, D.A. / Fonseca, R. / Heliou, A. / Suresh, P. / Borrelli, K. / Day, T. / Fraser, J.S. / van den Bedem, H.
#1: ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2012
タイトル: The basis for carbapenem hydrolysis by class A beta-lactamases: a combined investigation using crystallography and simulations.
著者: Fonseca, F. / Chudyk, E.I. / van der Kamp, M.W. / Correia, A. / Mulholland, A.J. / Spencer, J.
履歴
登録2018年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _audit_author.name / _chem_comp.name ..._audit_author.name / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
Remark 0THIS ENTRY 6DMH REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 4EV4, DETERMINED BY F. ...THIS ENTRY 6DMH REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 4EV4, DETERMINED BY F.FONSECA,E.I.CHUDYK,M.W.VAN DER KAMP,A.CORREIA,A.J.MULHOLLAND,J.SPENCER

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0516
ポリマ－29,4171
非ポリマー6345
水7,873437
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.185, 61.955, 79.127
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 29417.150 Da / 分子数: 1 / 変異: E166A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia fonticola (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6JP75, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MER / (4R,5S)-3-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-4,5-d ihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / Meropenem, bound form


分子量: 385.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 4EV4
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Na acetate, PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 68435 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 11.9 % / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.3→33.345 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1426 1999 2.92 %
Rwork0.116 --
obs0.1167 68360 94.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.78 Å2 / Biso mean: 12.5936 Å2 / Biso min: 4.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→33.345 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2067 0 144 436 2647
Biso mean--14.32 28 -
残基数----270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012386
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.373268
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.861915
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2997-1.33220.1867950.13913160325564
1.3322-1.36820.16651320.11973818395077
1.3682-1.40850.14491110.10574413452488
1.4085-1.45390.13381560.09764678483495
1.4539-1.50590.12891510.09324903505499
1.5059-1.56620.13081410.090949755116100
1.5662-1.63750.12961440.091649775121100
1.6375-1.72380.14011530.097349865139100
1.7238-1.83180.13211500.107550045154100
1.8318-1.97320.151530.112949905143100
1.9732-2.17170.15511470.115450185165100
2.1717-2.48590.11981540.110950565210100
2.4859-3.13160.14261480.127950985246100
3.1316-33.35560.15391640.136352855449100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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