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- PDB-6dmd: ppGpp Riboswitch bound to ppGpp, manganese chloride structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dmd
タイトルppGpp Riboswitch bound to ppGpp, manganese chloride structure
要素ppGpp Riboswitch
キーワードRNA / riboswitch / non-coding / yKKC
機能・相同性GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Peselis, A. / Serganov, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM112940 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F31GM119357 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM88118 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: ykkC riboswitches employ an add-on helix to adjust specificity for polyanionic ligands.
著者: Peselis, A. / Serganov, A.
履歴
登録2018年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年4月27日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ppGpp Riboswitch
B: ppGpp Riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,80731
ポリマ－66,6332
非ポリマー2,17329
水77543
1
A: ppGpp Riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,54920
ポリマ－33,3171
非ポリマー1,23319
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ppGpp Riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,25711
ポリマ－33,3171
非ポリマー94010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.741, 49.595, 79.365
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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RNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 ppGpp Riboswitch


分子量: 33316.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)

-
非ポリマー , 6種, 72分子

#2: 化合物 ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.075 M MgCl2, 0.1 M Na-acetate pH 4.2, and 21% PEG400 (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 1.105 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→30 Å / Num. obs: 16626 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.876 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.455 / Rpim(I) all: 0.243

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 2.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 15.617 / SU ML: 0.309 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.734 / ESU R Free: 0.388 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27218 850 4.9 %RANDOM
Rwork0.21742 ---
obs0.21996 16626 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.081 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.3 Å20 Å20.62 Å2
2--3.65 Å2-0 Å2
3---0.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4414 99 43 4556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0115020
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2231.3277842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.59534864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021104
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.648→2.716 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.446 60 -
Rwork0.428 1044 -
obs--84.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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