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- PDB-6dm8: Understanding the Species Selectivity of Myeloid cell leukemia-1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dm8
タイトルUnderstanding the Species Selectivity of Myeloid cell leukemia-1 (Mcl-1) inhibitors
要素Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
キーワードSIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / Apoptosis / cancer / Mcl-1 / drug discovery / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / BH3 domain binding / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / BH3 domain binding / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / negative regulation of anoikis / carbohydrate transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / negative regulation of autophagy / cell chemotaxis / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / periplasmic space / cell differentiation / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Chem-6AK / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhao, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)BOA 29XS129TO22 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Understanding the Species Selectivity of Myeloid Cell Leukemia-1 (Mcl-1) Inhibitors.
著者: Zhao, B. / Arnold, A.L. / Coronel, M.A. / Lee, J.H. / Lee, T. / Olejniczak, E.T. / Fesik, S.W.
履歴
登録2018年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
E: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
F: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
G: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
H: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)479,37140
ポリマ－459,5288
非ポリマー19,84232
水8,521473
1
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9215
ポリマ－57,4411
非ポリマー2,4804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2094
ポリマ－57,4411
非ポリマー1,7683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6346
ポリマ－57,4411
非ポリマー3,1935
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2094
ポリマ－57,4411
非ポリマー1,7683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2094
ポリマ－57,4411
非ポリマー1,7683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6346
ポリマ－57,4411
非ポリマー3,1935
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9215
ポリマ－57,4411
非ポリマー2,4804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6346
ポリマ－57,4411
非ポリマー3,1935
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.206, 104.153, 146.206
Angle α, β, γ (deg.)89.86, 89.80, 89.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog - MBP chimera / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Bcl-2-related protein EAT/mcl1


分子量: 57441.062 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, Mcl1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P97287
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物...
ChemComp-6AK / 4-{8-chloro-11-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-1-oxo-7-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-4,5-dihydro-1H-[1,4]diazepino[1,2-a]indol-2(3H)-yl}-1-methyl-1H-indole-6-carboxylic acid / 1-メチル-4-[1-オキソ-7-(1,3,5-トリメチル-1H-ピラゾ-ル-4-イル)-8-クロロ-11-[3-(3(以下略)


分子量: 712.664 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H39Cl2N5O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG6000, Bicine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 123206 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.115 / Rsym value: 0.089 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I): 8.83
反射 シェル解像度: 2.7→2.773 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Num. unique obs: 9265 / Rpim(I) all: 0.314 / Rrim(I) all: 0.488 / Rsym value: 0.657 / % possible all: 86.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.7→29.966 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2881 1765 1.43 %
Rwork0.2451 --
obs0.2458 123206 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.966 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30717 0 1384 473 32574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00333063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72145200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.69923764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0624858
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045720
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.7730.39761340.30999265X-RAY DIFFRACTION100
2.773-2.85450.39181410.3039362X-RAY DIFFRACTION100
2.8545-2.94650.33271330.29769362X-RAY DIFFRACTION100
2.9465-3.05180.33071400.2869383X-RAY DIFFRACTION100
3.0518-3.17380.31911340.28279295X-RAY DIFFRACTION100
3.1738-3.31810.34431370.27479379X-RAY DIFFRACTION100
3.3181-3.49280.33281390.2659325X-RAY DIFFRACTION100
3.4928-3.71120.30661320.25049298X-RAY DIFFRACTION100
3.7112-3.99720.2761220.23799398X-RAY DIFFRACTION100
3.9972-4.39830.24881320.22189318X-RAY DIFFRACTION100
4.3983-5.03220.24021420.20799391X-RAY DIFFRACTION100
5.0322-6.33010.29651350.23189359X-RAY DIFFRACTION100
6.3301-29.9680.21551440.20729306X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7164-0.63590.02823.24110.64740.79620.1599-0.1776-0.0024-0.1464-0.0616-0.0529-0.001-0.0538-0.10250.2541-0.0555-0.01990.27340.0070.1205-161.1949-1.981746.2384
22.03030.1687-0.06211.938-0.99362.2552-0.0729-0.1515-0.1405-0.0395-0.01590.3174-0.0473-0.27120.00240.22630.0667-0.04440.2567-0.03820.3697-197.663-2.476136.8129
30.9255-0.56060.20683.4185-0.16081.1412-0.0348-0.1856-0.12410.09290.10310.39620.0394-0.1582-0.06070.1913-0.0070.03350.2810.08880.2143-152.7259-21.2748-26.0974
43.26650.387-0.91711.44840.34960.1541-0.104-0.3097-0.26550.12820.0418-0.40060.14630.0833-0.06970.37280.0287-0.09180.24410.04590.2699-124.8045-32.2797-31.8894
52.46330.1587-0.26782.29320.62281.92050.3034-0.10790.3726-0.0018-0.0491-0.5056-0.16860.0412-0.17230.34910.0567-0.01930.24770.03830.3894-116.2347-22.4334-39.277
62.36660.73850.51712.14740.57081.55310.01840.0120.25720.03460.0902-0.206-0.06270.1303-0.01980.2150.04080.05910.2417-0.01910.2087-160.459439.171410.1554
70.89730.37340.07872.72080.08620.81610.06180.1528-0.1716-0.1040.0123-0.38090.08990.1196-0.06990.23010.02290.00440.3257-0.05850.2056-157.975623.982610.0126
82.3155-0.72120.63382.1081-0.24891.54450.14470.24060.3479-0.0085-0.03160.3311-0.0723-0.0574-0.07630.2566-0.0604-0.02970.323-0.00250.4871-195.118727.695220.1219
92.7325-0.32240.18471.4445-0.16992.0942-0.2948-0.5621-0.19710.38560.06180.0723-0.0359-0.03660.12330.27050.14490.04160.3395-0.01410.2728-194.133350.408451.2054
104.1041-1.22210.37151.65970.03190.6069-0.10430.05110.149-0.33140.0441-0.08660.0371-0.030.00560.31680.0079-0.03420.40590.0140.2119-158.30151.048744.5976
111.37880.6063-0.15572.6905-0.25231.04890.06290.0973-0.00160.19890.04510.1284-0.05340.015-0.09770.24070.1027-0.03420.32540.04550.1588-148.480250.247683.2741
122.3823-0.8862-0.00151.30940.66162.01840.0140.36140.0167-0.0052-0.1165-0.20670.01170.05660.090.2993-0.0252-0.04120.2490.05870.3931-112.241749.807192.834
130.5483-0.1466-1.08031.17780.04992.1677-0.0490.6215-0.2838-0.58890.3859-0.1897-0.212-0.2250.11120.4791-0.2424-0.03630.6198-0.17530.4486-120.3258-10.070865.0355
143.17370.06420.20411.6187-0.38332.0298-0.17960.5222-0.1064-0.3642-0.084-0.1363-0.0530.10470.11390.2092-0.12480.03860.26490.03960.2664-114.23350.382281.4935
152.46790.6415-0.38181.6741-0.73940.30870.2118-0.8075-0.23660.4874-0.3447-0.0413-0.0043-0.21880.10260.5104-0.00470.01310.4398-0.0230.3951-151.2988-1.031887.8485
164.00030.7849-0.26963.1231-1.40612.72980.0059-0.0545-0.11420.1332-0.0115-0.02460.08370.2102-0.03050.19780.0664-0.08860.2642-0.04310.2196-151.2651-0.557382.0953
172.18450.46630.54162.0480.00642.1292-0.03190.10980.1965-0.35180.03190.234-0.1821-0.09720.04210.2614-0.0054-0.03740.19070.03710.2295-196.6835-23.71714.7917
181.90390.2155-0.35680.5871-0.22011.0168-0.0958-0.1030.25410.24340.0816-0.10820.15150.393-0.05160.3061-0.0187-0.01690.4193-0.04740.3238-175.2447-27.335815.5094
193.23250.79940.04283.19560.8542.5713-0.0380.07840.20660.2381-0.026-0.68210.05980.46760.17130.24880.00010.01140.46940.07120.342-157.8681-23.32688.6185
201.9969-0.16550.63511.8017-0.00351.6985-0.1214-0.16250.13550.40960.0406-0.1653-0.06010.04450.05940.28040.0321-0.04310.177-0.020.1951-115.1527.1418-22.5482
211.89570.00660.43430.97240.01661.1444-0.04140.60380.3842-1.5693-0.10930.42940.0388-0.4658-0.10010.76990.16920.01610.63580.21230.5667-150.412429.9691-36.6611
222.6609-0.4684-0.04592.5522-1.27972.4673-0.1178-0.01990.16290.00960.08960.229-0.1501-0.1867-0.07060.27440.01060.00280.4241-0.03970.2295-151.809128.7111-25.3981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -215 through 154 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 155 through 301 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid -214 through 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 119 through 204 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 205 through 301 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid -214 through -83 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid -82 through 154 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 155 through 302 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid -214 through 141 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 142 through 301 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid -215 through 154 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 155 through 301 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid -214 through -143 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid -142 through 141 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 142 through 220 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 221 through 301 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid -214 through 99 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 100 through 200 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 201 through 301 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid -214 through 154 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 155 through 204 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 205 through 297 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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