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- PDB-6dln: Oligomeric Structure of the HIV gp41 MPER-TMD in Phospholipid Bilayers -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dln
タイトルOligomeric Structure of the HIV gp41 MPER-TMD in Phospholipid Bilayers
要素Transmembrane protein gp41
キーワードMEMBRANE PROTEIN / HIV / MPER-TMD
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法個体NMR / molecular dynamics
データ登録者Kwon, B. / Lee, M. / Waring, A.J. / Hong, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM066976 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Oligomeric Structure and Three-Dimensional Fold of the HIV gp41 Membrane-Proximal External Region and Transmembrane Domain in Phospholipid Bilayers.
著者: Kwon, B. / Lee, M. / Waring, A.J. / Hong, M.
履歴
登録2018年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane protein gp41
B: Transmembrane protein gp41
C: Transmembrane protein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0183
ポリマ－14,0183
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 19F Spin diffusion (CODEX) NMR Experiments
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1950 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10070 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Transmembrane protein gp41 / Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 4672.646 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 665-703 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
213isotropic32D 13C-13C DARR
223isotropic32D water Edited DARR
332isotropic113C-19F REDOR
242isotropic22D water Edited DARR
351isotropic119F CODEX
363isotropic119F CODEX
372isotropic119F CODEX

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
membrane133 % w/w 4-19F-F699 HIV gp41 MPER-TMD, reconstituted into the virus mimetic membrane (POPC:POPE:POPS:sphingomyelin: cholesterol = 30:15:15:10:30), 10 mM HEPES buffer pH 7.5Peptides were reconstituted into the virus mimetic membrane (POPC:POPE:POPS:sphingomyelin: cholesterol = 30:15:15:10:30), 10 mM HEPES buffer pH 7.519F-sample10 mM HEPES buffer pH 7.5
membrane333 % w/w [U-13C; U-15N]-L669,I686, A700, 13C'-G694, 19F-5F-W680 HIV gp41 MPER-TMD, reconstituted into the virus mimetic membrane (POPC:POPE:POPS:sphingomyelin: cholesterol = 30:15:15:10:30), 10 mM HEPES buffer pH 7.5Peptides were reconstituted into the virus mimetic membrane (POPC:POPE:POPS:sphingomyelin: cholesterol = 30:15:15:10:30), 10 mM HEPES buffer pH 7.513C, 15N, 19F_sample 110 mM HEPES buffer pH 7.5
membrane233 % w/w [U-13C; U-15N]-L684,I686, G694, 19F-5F-W678, 19F-4F-F699 HIV gp41 MPER-TMD, reconstituted into the virus mimetic membrane (POPC:POPE:POPS:sphingomyelin: cholesterol = 30:15:15:10:30), 10 mM HEPES buffer pH 7.5Peptides were reconstituted into the virus mimetic membrane (POPC:POPE:POPS:sphingomyelin: cholesterol = 30:15:15:10:30), 10 mM HEPES buffer pH 7.513C, 15N, 19F_sample 210 mM HEPES buffer pH 7.5
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
33 % w/wHIV gp41 MPER-TMD4-19F-F6991
33 % w/wHIV gp41 MPER-TMD[U-13C; U-15N]-L669,I686, A700, 13C'-G694, 19F-5F-W6803
33 % w/wHIV gp41 MPER-TMD[U-13C; U-15N]-L684,I686, G694, 19F-5F-W678, 19F-4F-F6992
10 mMHEPES buffernatural abundance1
10 mMHEPES buffernatural abundance2
10 mMHEPES buffernatural abundance3
試料状態
Conditions-ID詳細Ionic strength unitsLabelpH圧 (kPa)温度 (K)
29-10.5 KHz MASNot definedCondition 17.51 atm263 K
35 - 10 kHzNot definedCondition 27.51 atm233 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker BrukerBrukerBruker4001
Bruker BrukerBrukerBruker6002
Bruker BrukerBrukerBruker8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospinchemical shift assignment
MatlabMathworkデータ解析
GROMACSUniversity of GroningenRoyal Institute of TechnologyUppsala University精密化
CHARMM-GUILehigh University / Department of Biological Sciences / Department of Bioengineering/ Im Lab精密化
GROMACSUniversity of GroningenRoyal Institute of TechnologyUppsala Universitystructure calculation
CHARMM-GUILehigh University / Department of Biological Sciences / Department of Bioengineering/ Im Labstructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号
molecular dynamics3
molecular dynamics4
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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