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万見
- PDB-6dlm: DHD127 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dlm
タイトルDHD127
要素
  • DHD127_A
  • DHD127_B
キーワードDE NOVO PROTEIN / Computational design / heterodimer / coiled-coil
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.753 Å
データ登録者Bick, M.J. / Chen, Z. / Baker, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Programmable design of orthogonal protein heterodimers.
著者: Chen, Z. / Boyken, S.E. / Jia, M. / Busch, F. / Flores-Solis, D. / Bick, M.J. / Lu, P. / VanAernum, Z.L. / Sahasrabuddhe, A. / Langan, R.A. / Bermeo, S. / Brunette, T.J. / Mulligan, V.K. / ...著者: Chen, Z. / Boyken, S.E. / Jia, M. / Busch, F. / Flores-Solis, D. / Bick, M.J. / Lu, P. / VanAernum, Z.L. / Sahasrabuddhe, A. / Langan, R.A. / Bermeo, S. / Brunette, T.J. / Mulligan, V.K. / Carter, L.P. / DiMaio, F. / Sgourakis, N.G. / Wysocki, V.H. / Baker, D.
履歴
登録2018年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DHD127_A
B: DHD127_B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3332
ポリマ－18,3332
非ポリマー00
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Theoretical and experimental curves match, and Radius of gyration agrees with the design model., mass spectrometry, Native mass spectrometry confirmed the presence of the heterodimer in ...根拠: SAXS, Theoretical and experimental curves match, and Radius of gyration agrees with the design model., mass spectrometry, Native mass spectrometry confirmed the presence of the heterodimer in solution., gel filtration, Protein eluted as a monodisperse peak at the expected volume.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.918, 48.755, 64.152
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DHD127_A


分子量: 9119.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 DHD127_B


分子量: 9213.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.8 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Molecular Dimensions Morpheus condition E9 - 0.12M Ethylene glycols (0.3M Diethylene glycol; 0.3M Triethylene glycol; 0.3M Tetraethylene glycol; 0.3M Pentaethylene glycol), 0.1M Buffer System ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus condition E9 - 0.12M Ethylene glycols (0.3M Diethylene glycol; 0.3M Triethylene glycol; 0.3M Tetraethylene glycol; 0.3M Pentaethylene glycol), 0.1M Buffer System 3 (1.0M Tris (base); BICINE, pH 8.5 at 20C), pH 8.5, 50% (v/v) Precipitant Mix 1 (40% v/v PEG 500* MME; 20% w/v PEG 20000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999995 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月28日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 14674 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 1.219 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 1189 / CC1/2: 0.848 / Rpim(I) all: 0.282 / Rrim(I) all: 0.787 / Χ2: 0.599 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3084: ???)精密化
HKL-2000715データ削減
HKL-2000715データスケーリング
PHASER2.8.0.位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Computational design model

解像度: 1.753→38.817 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.77
詳細: Iterative rounds of manual model building in Coot and refinement with Phenix.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2085 687 4.73 %
Rwork0.1968 --
obs0.1974 14512 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.753→38.817 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1241 0 0 149 1390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1571734
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.268846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7534-1.88880.32811340.26132708X-RAY DIFFRACTION99
1.8888-2.07890.31921150.27342667X-RAY DIFFRACTION97
2.0789-2.37970.2311190.19872772X-RAY DIFFRACTION99
2.3797-2.9980.20091610.18292774X-RAY DIFFRACTION100
2.998-38.82650.17131580.17522904X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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