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- PDB-6dlf: Crystal structure of NTRI homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dlf
タイトルCrystal structure of NTRI homodimer
要素Neurotrimin
キーワードCELL ADHESION / Ig / Complex / Homodimer / Cell Surface / Neuronal
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron recognition / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell adhesion / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.446 Å
データ登録者Ranaivoson, F.M. / Turk, L.S. / Ozkan, E. / Montelione, G.T. / Comoletti, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1450895 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structure of a heterodimer of neuronal cell surface proteins
著者: Ranaivoson, F.M. / Turk, L.S. / Ozkan, E. / Montelione, G.T. / Comoletti, D.
履歴
登録2018年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurotrimin
B: Neurotrimin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8477
ポリマ－67,5372
非ポリマー1,3095
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area26530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.517, 101.996, 134.025
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Neurotrimin / hNT / IgLON family member 2


分子量: 33768.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTM, IGLON2, NT, UNQ297/PRO337 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P121
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.23 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Na,K-Tartrate, Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.446→47.664 Å / Num. obs: 14368 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3.45→3.65 Å / Num. unique all: 2254 / CC1/2: 0.758 / Rsym value: 0.951

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DLD

6dld


解像度: 3.446→47.664 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.08
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3045 687 4.79 %Random
Rwork0.2735 ---
obs0.275 14353 99.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.446→47.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3384 0 84 0 3468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7584869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6932120
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4456-3.71150.37461270.31572649X-RAY DIFFRACTION99
3.7115-4.08480.33281470.28422691X-RAY DIFFRACTION100
4.0848-4.67550.28611250.23972717X-RAY DIFFRACTION100
4.6755-5.88890.25721520.25982739X-RAY DIFFRACTION100
5.8889-47.66850.32371360.28462870X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4880.1974-0.20968.23162.3012.8190.15640.3850.8637-0.3896-0.02460.9948-1.18520.16710.10831.0285-0.1456-0.12741.02410.13620.79442.583632.314-63.0102
23.4748-1.4057-3.54284.1658-1.76759.2528-1.1242-0.5032-1.11271.30890.79530.07280.30240.1610.35271.00090.26440.37021.37430.3341.118-7.24481.8821-34.227
31.91281.35551.13865.7547-1.63841.79680.3689-0.5395-0.36850.1629-1.3710.27371.5573-0.07070.74132.022-0.04340.8041.7337-0.10111.778-16.2917-25.1419-24.8133
41.89721.91252.66218.33471.32064.02280.77740.7583-1.08370.1512-0.85-2.8565-1.95881.5643-0.2361.2717-0.79220.52531.8886-0.51921.364225.782549.4435-53.1271
53.26641.84080.11274.16562.3287.3536-0.11540.3930.1531-1.69951.6328-0.8007-1.64651.34680.82132.0048-0.92460.73632.0613-0.71181.662719.527943.592-62.3456
60.56421.5392.16267.0565.10715.9184-0.26240.5009-0.3653-0.31380.9868-1.33340.36610.38520.28771.1024-0.46110.14730.9879-0.11610.970222.595369.031-24.7042
71.33940.2183-1.14980.0249-0.13980.91671.0032-0.61911.22912.6956-0.74070.4014-0.66350.6887-0.50872.8396-0.2129-0.28151.1309-0.60280.923226.895198.2472-3.1381
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 133 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 134 through 210 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 211 through 310 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 42 through 58 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 59 through 124 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 125 through 240 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 241 through 310 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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