PDB-6dl2: BRD4 bromodomain 1 in complex with HYB157

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dl2

タイトル

BRD4 bromodomain 1 in complex with HYB157

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / Bromodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of QCA570 as an Exceptionally Potent and Efficacious Proteolysis Targeting Chimera (PROTAC) Degrader of the Bromodomain and Extra-Terminal (BET) Proteins Capable of Inducing ...
著者: Qin, C. / Hu, Y. / Zhou, B. / Fernandez-Salas, E. / Yang, C.Y. / Liu, L. / McEachern, D. / Przybranowski, S. / Wang, M. / Stuckey, J. / Meagher, J. / Bai, L. / Chen, Z. / Lin, M. / Yang, J. / ...

履歴

登録	2018年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dl2.cif.gz	73.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dl2.ent.gz	51.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dl2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dl2_validation.pdf.gz	802.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dl2_full_validation.pdf.gz	803.3 KB	表示
XML形式データ	6dl2_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	6dl2_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/6dl2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/6dl2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lyiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4hbv-d 4hxk-d 5ti5-d 6vuj-d 5igk-d 6v0u-d 3zyu-1 6prt-d 5nnc-2 5m39-2 4wiv-d 6psb-d 5dx4-d 4nue-d 6mh7-2 5xhy-d 4hbx-d 6q3y-2 4j0r-d 5i80-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.512, 43.130, 79.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15153.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-GUJ / 3-benzyl-2,9-dimethyl-4H,6H-thieno[2,3-e][1,2,4]triazolo[3,4-c][1,4]oxazepine 分子量: 311.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₇N₃OS
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 16% Peg 3350, 0.2 M Potassium Chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.47→50 Å / Num. obs: 22421 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 19.89 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.054 / Χ²: 1.227 / Net I/σ(I): 13.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.47-1.5	6.8	0.191	1111	0.981	0.078	0.207	0.907	99.6
1.5-1.52	7.1	0.174	1106	0.985	0.07	0.187	0.914	100
1.52-1.55	7.1	0.155	1123	0.989	0.063	0.168	0.927	100
1.55-1.58	7.1	0.144	1104	0.989	0.058	0.155	1.059	100
1.58-1.62	7.1	0.126	1110	0.992	0.051	0.136	1.046	100
1.62-1.66	7.1	0.113	1122	0.993	0.046	0.122	1.131	100
1.66-1.7	7.1	0.108	1098	0.994	0.044	0.117	1.153	100
1.7-1.74	7.1	0.096	1114	0.994	0.039	0.104	1.178	100
1.74-1.79	7.1	0.086	1136	0.995	0.035	0.093	1.244	99.9
1.79-1.85	7	0.08	1112	0.995	0.033	0.086	1.325	100
1.85-1.92	7	0.072	1129	0.994	0.029	0.077	1.322	100
1.92-2	7	0.068	1119	0.996	0.028	0.073	1.354	100
2-2.09	7	0.059	1138	0.997	0.024	0.064	1.353	100
2.09-2.2	7	0.058	1127	0.997	0.024	0.063	1.401	99.7
2.2-2.33	6.9	0.058	1124	0.997	0.023	0.062	1.467	100
2.33-2.51	6.8	0.06	1148	0.995	0.025	0.065	1.643	100
2.51-2.77	6.6	0.055	1133	0.997	0.023	0.059	1.643	99.8
2.77-3.17	6.6	0.053	1165	0.997	0.022	0.057	1.6	99.7
3.17-3.99	6.5	0.037	1148	0.998	0.016	0.041	1.085	98
3.99-50	5.6	0.028	1054	0.999	0.013	0.031	0.65	82.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LYI

4lyi

解像度: 1.47→33.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.083 / SU R_free Blow DPI: 0.079 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.074

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	1099	4.91 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.198	22368	98.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.81 Å² / B_iso mean: 25.26 Å² / B_iso min: 12.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.4673 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.0295 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.4378 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.47→33.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1037	0	26	147	1210
B_iso mean	-	-	21.21	33.15	-
残基数	-	-	-	-	128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	375	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	203	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1107	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	144	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1471	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1107	HARMONIC	2	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1513	HARMONIC	2	0.91
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.22
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				15.46

LS精密化シェル

解像度: 1.47→1.54 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2209	125	4.35 %
R_work	0.1827	2749	-
all	0.1843	2874	-
obs	-	-	97 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.5408 Å / Origin y: -3.0734 Å / Origin z: -9.06 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0398 Å²	-0.0057 Å²	0.0366 Å²	-	-0.0508 Å²	0.0013 Å²	-	-	-0.0131 Å²
L	0.7633 °²	-0.4799 °²	-0.4105 °²	-	1.3874 °²	0.5992 °²	-	-	2.4936 °²
S	-0.107 Å °	-0.0073 Å °	-0.0908 Å °	0.0522 Å °	-0.0491 Å °	0.1525 Å °	0.2083 Å °	-0.0566 Å °	0.156 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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