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- PDB-6dl2: BRD4 bromodomain 1 in complex with HYB157 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dl2
タイトルBRD4 bromodomain 1 in complex with HYB157
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain
機能・相同性Amanitin/phalloidin toxin / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / toxin activity / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Chem-GUJ / Alpha-amanitin proprotein 1
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of QCA570 as an Exceptionally Potent and Efficacious Proteolysis Targeting Chimera (PROTAC) Degrader of the Bromodomain and Extra-Terminal (BET) Proteins Capable of Inducing ...タイトル: Discovery of QCA570 as an Exceptionally Potent and Efficacious Proteolysis Targeting Chimera (PROTAC) Degrader of the Bromodomain and Extra-Terminal (BET) Proteins Capable of Inducing Complete and Durable Tumor Regression.
著者: Qin, C. / Hu, Y. / Zhou, B. / Fernandez-Salas, E. / Yang, C.Y. / Liu, L. / McEachern, D. / Przybranowski, S. / Wang, M. / Stuckey, J. / Meagher, J. / Bai, L. / Chen, Z. / Lin, M. / Yang, J. / ...著者: Qin, C. / Hu, Y. / Zhou, B. / Fernandez-Salas, E. / Yang, C.Y. / Liu, L. / McEachern, D. / Przybranowski, S. / Wang, M. / Stuckey, J. / Meagher, J. / Bai, L. / Chen, Z. / Lin, M. / Yang, J. / Ziazadeh, D.N. / Xu, F. / Hu, J. / Xiang, W. / Huang, L. / Li, S. / Wen, B. / Sun, D. / Wang, S.
履歴
登録2018年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5273
ポリマ－15,1531
非ポリマー3732
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.512, 43.130, 79.306
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15153.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-GUJ / 3-benzyl-2,9-dimethyl-4H,6H-thieno[2,3-e][1,2,4]triazolo[3,4-c][1,4]oxazepine


分子量: 311.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17N3OS
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 16% Peg 3350, 0.2 M Potassium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→50 Å / Num. obs: 22421 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 19.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 1.227 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.47-1.56.80.19111110.9810.0780.2070.90799.6
1.5-1.527.10.17411060.9850.070.1870.914100
1.52-1.557.10.15511230.9890.0630.1680.927100
1.55-1.587.10.14411040.9890.0580.1551.059100
1.58-1.627.10.12611100.9920.0510.1361.046100
1.62-1.667.10.11311220.9930.0460.1221.131100
1.66-1.77.10.10810980.9940.0440.1171.153100
1.7-1.747.10.09611140.9940.0390.1041.178100
1.74-1.797.10.08611360.9950.0350.0931.24499.9
1.79-1.8570.0811120.9950.0330.0861.325100
1.85-1.9270.07211290.9940.0290.0771.322100
1.92-270.06811190.9960.0280.0731.354100
2-2.0970.05911380.9970.0240.0641.353100
2.09-2.270.05811270.9970.0240.0631.40199.7
2.2-2.336.90.05811240.9970.0230.0621.467100
2.33-2.516.80.0611480.9950.0250.0651.643100
2.51-2.776.60.05511330.9970.0230.0591.64399.8
2.77-3.176.60.05311650.9970.0220.0571.699.7
3.17-3.996.50.03711480.9980.0160.0411.08598
3.99-505.60.02810540.9990.0130.0310.6582.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LYI

4lyi


解像度: 1.47→33.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.083 / SU Rfree Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.074
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1099 4.91 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.198 22368 98.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 103.81 Å2 / Biso mean: 25.26 Å2 / Biso min: 12.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4673 Å20 Å20 Å2
2--3.0295 Å20 Å2
3---2.4378 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→33.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1037 0 26 147 1210
Biso mean--21.21 33.15 -
残基数----128
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d375SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes203HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1107HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion144SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1471SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1107HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1513HARMONIC20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.46
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.54 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2209 125 4.35 %
Rwork0.1827 2749 -
all0.1843 2874 -
obs--97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.5408 Å / Origin y: -3.0734 Å / Origin z: -9.06 Å
111213212223313233
T-0.0398 Å2-0.0057 Å20.0366 Å2--0.0508 Å20.0013 Å2---0.0131 Å2
L0.7633 °2-0.4799 °2-0.4105 °2-1.3874 °20.5992 °2--2.4936 °2
S-0.107 Å °-0.0073 Å °-0.0908 Å °0.0522 Å °-0.0491 Å °0.1525 Å °0.2083 Å °-0.0566 Å °0.156 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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