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- PDB-6dkp: The complex among DMF5(alpha-D26Y, alpha-Y50A,beta-L98W) TCR, hum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dkp
タイトルThe complex among DMF5(alpha-D26Y, alpha-Y50A,beta-L98W) TCR, human Class I MHC HLA-A2 and MART-1(26-35)(A27L) peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • DMF5 T-cell Receptor Alpha Chain fusion
  • DMF5 T-cell Receptor Beta Chain fusion
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • Melanoma antigen recognized by T-cells 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Alpha-beta T-cell receptor / Class I MHC / HLA-A2 / Mart-1 peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


melanosome membrane / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / T cell receptor complex / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation ...melanosome membrane / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / T cell receptor complex / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / Generation of second messenger molecules / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / PD-1 signaling / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / response to bacterium / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / trans-Golgi network / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / melanosome / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / Downstream TCR signaling / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / antibacterial humoral response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / adaptive immune response / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response
類似検索 - 分子機能
Protein melan-A / Protein melan-A / : / : / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like ...Protein melan-A / Protein melan-A / : / : / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 12-2 / T cell receptor beta variable 6-4 / Human nkt tcr beta chain / T cell receptor alpha chain constant / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Melanoma antigen recognized by T-cells 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.966 Å
データ登録者Hellman, L.M. / Singh, N.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Mol. Ther. / 年: 2019
タイトル: Improving T Cell Receptor On-Target Specificity via Structure-Guided Design.
著者: Hellman, L.M. / Foley, K.C. / Singh, N.K. / Alonso, J.A. / Riley, T.P. / Devlin, J.R. / Ayres, C.M. / Keller, G.L.J. / Zhang, Y. / Vander Kooi, C.W. / Nishimura, M.I. / Baker, B.M.
履歴
登録2018年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Melanoma antigen recognized by T-cells 1
D: DMF5 T-cell Receptor Alpha Chain fusion
E: DMF5 T-cell Receptor Beta Chain fusion


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0775
ポリマ－94,0775
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11070 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area36520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)226.485, 49.063, 92.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31985.398 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Melanoma antigen recognized by T-cells 1 / MART-1 / Antigen LB39-AA / Antigen SK29-AA / Protein Melan-A


分子量: 985.176 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 26-35 / Mutation: A27L / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16655
#4: タンパク質 DMF5 T-cell Receptor Alpha Chain fusion


分子量: 22094.412 Da / 分子数: 1 / Mutation: D26Y, Y50A,D26Y, Y50A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV12-2, TRAC, TCRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075B6T6, UniProt: P01848
#5: タンパク質 DMF5 T-cell Receptor Beta Chain fusion


分子量: 27132.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRBV6-4, B2M, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B0GXE1, UniProt: K7N5M4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 12% Peg 3350, 250mM MgCl2, 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.966→47.943 Å / Num. obs: 20514 / % possible obs: 94.03 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.55
反射 シェル解像度: 2.966→3.072 Å / Num. unique obs: 5130 / CC1/2: 0.836

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L3E

4l3e


解像度: 2.966→47.943 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2864 1033 5.11 %
Rwork0.2286 --
obs0.2315 20214 94.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.966→47.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6539 0 0 0 6539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026713
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5249117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0453980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041958
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9662-3.12250.42081530.37412774X-RAY DIFFRACTION97
3.1225-3.31810.40121640.33132761X-RAY DIFFRACTION96
3.3181-3.57420.32391170.27892754X-RAY DIFFRACTION95
3.5742-3.93380.33431480.24592666X-RAY DIFFRACTION93
3.9338-4.50260.26031250.21062694X-RAY DIFFRACTION91
4.5026-5.67140.24671730.19782764X-RAY DIFFRACTION96
5.6714-47.94890.2551530.19692768X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2817-0.0311.06431.5940.52951.84570.0580.3490.2005-0.09560.1168-0.1180.040.7736-00.5257-0.00950.05490.5029-0.07370.5848-37.636-13.2114-5.0061
20.8993-0.0634-0.39840.5020.16490.30450.22070.83730.5376-0.1762-0.1479-0.0180.1351-0.2790.00350.7060.093-0.03580.6250.09480.6641-60.0128-14.896-19.7358
30.0096-0.00740.00350.00050.02170.0217-0.1396-0.13570.4348-0.0748-0.2548-0.38250.08620.4820.00080.77390.01770.04740.8773-0.11050.68-33.0491-14.52711.1604
40.98460.1240.09010.3087-0.21430.30810.54810.75580.6038-0.1145-0.5872-0.3099-0.05860.8644-0.04570.62490.15920.00691.5168-0.18020.6157-10.5214-21.99765.1054
51.0339-0.20380.07790.2934-0.30650.49140.5211-0.1498-0.1680.0392-0.05640.26510.11280.54470.04490.62020.0245-0.12620.5059-0.15810.553-27.6147-30.552717.2061
60.2546-0.16990.18130.99040.66212.0221-0.06510.32860.6767-0.23430.56250.6083-0.40880.0521.22110.91410.00430.10490.83720.58021.0373-52.22090.9265-33.9559
70.3946-0.28120.03870.41960.21660.0639-0.26490.02150.16190.09030.1046-0.2502-0.52990.4849-0.00010.83420.088-0.03622.1136-0.14191.037811.9935-37.215925.6307
80.287-0.23070.11690.77350.020.24290.1563-0.8099-0.00350.314-0.02270.30820.15590.4900.82570.0332-0.12531.52460.02460.7998-2.9538-36.445635.2423
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 180)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 99)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 10)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 110)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 4 through 116)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'A' and resid 181 through 275)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'D' and resid 111 through 199)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'E' and resid 117 through 245)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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