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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dkn | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ARABIDOPSIS THALIANA DECAPPING NUCLEASE DXO1 | |||||||||
![]() | Decapping nuclease DXO homolog, chloroplastic | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Decapping / Nuclease | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / 5'-3' RNA exonuclease activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 3'-5'-RNA exonuclease activity / hydrolase activity / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tong, L. / Wang, V.Y.F. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Arabidopsis DXO1 links RNA turnover and chloroplast function independently of its enzymatic activity. 著者: Kwasnik, A. / Wang, V.Y. / Krzyszton, M. / Gozdek, A. / Zakrzewska-Placzek, M. / Stepniak, K. / Poznanski, J. / Tong, L. / Kufel, J. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019 タイトル: Arabidopsis DXO1 links RNA turnover and chloroplast function independently of its enzymatic activity. 著者: Kwasnik, A. / Wang, V.Y. / Krzyszton, M. / Gozdek, A. / Zakrzewska-Placzek, M. / Stepniak, K. / Poznanski, J. / Tong, L. / Kufel, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 158.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3fqgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 310 - 312 / Label seq-ID: 115 - 117
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40325.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: At4g17620, dl4845w, FCAALL.74 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8RY73, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NH4F and 18% (w/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 61925 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 20.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 8773 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3FQG 解像度: 1.8→48.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.896 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.629 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→48.52 Å
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拘束条件 |
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