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- PDB-6dkk: Structure of BoNT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dkk
タイトルStructure of BoNT
要素Botulinum neurotoxin type A
キーワードTOXIN / Protein translocation / Botulinum neurotoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell junction / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / ganglioside GT1b binding / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 ...host cell junction / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / ganglioside GT1b binding / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Botulinum neurotoxin type A / Botulinum neurotoxin type A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum A str. ATCC 19397 (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lam, K. / Jin, R.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI091823 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI125704 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI123920 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A viral-fusion-peptide-like molecular switch drives membrane insertion of botulinum neurotoxin A1.
著者: Lam, K.H. / Guo, Z. / Krez, N. / Matsui, T. / Perry, K. / Weisemann, J. / Rummel, A. / Bowen, M.E. / Jin, R.
履歴
登録2018年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type A
B: Botulinum neurotoxin type A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1023
ポリマ－75,0072
非ポリマー951
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area33150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.659, 167.659, 222.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX


分子量: 37503.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum A str. ATCC 19397 (ボツリヌス菌)
遺伝子: botA, atx, bna / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10845, UniProt: P0DPI0*PLUS, bontoxilysin
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 1.4 M sodium potassium phosphate and 0.1 M potassium sodium tartrate tetrahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→52.01 Å / Num. obs: 32915 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.609

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V0A

3v0a


解像度: 2.7→52.01 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 1662 5.05 %
Rwork0.2091 --
obs0.2098 32906 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→52.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5144 0 5 27 5176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1677110
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7751933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073820
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004899
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.77950.36171450.34062537X-RAY DIFFRACTION99
2.7795-2.86920.31151240.29682605X-RAY DIFFRACTION99
2.8692-2.97170.2641440.27162597X-RAY DIFFRACTION100
2.9717-3.09070.28451300.25592590X-RAY DIFFRACTION100
3.0907-3.23140.26671310.25622609X-RAY DIFFRACTION100
3.2314-3.40170.26181330.22932600X-RAY DIFFRACTION99
3.4017-3.61480.2141350.21722566X-RAY DIFFRACTION98
3.6148-3.89380.1951290.19972598X-RAY DIFFRACTION99
3.8938-4.28550.18471460.18492613X-RAY DIFFRACTION99
4.2855-4.90520.17911570.16632621X-RAY DIFFRACTION100
4.9052-6.17840.22781540.21352583X-RAY DIFFRACTION98
6.1784-52.02130.23331340.18822725X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.052-0.47710.97330.60880.98393.1595-0.0185-0.43750.01640.184-0.08330.1132-0.448-0.2938-00.8416-0.19890.14720.9055-0.13120.639729.467670.70628.3427
22.050.4552-0.97422.02850.28140.65480.188-0.4529-0.3688-0.3439-0.1878-0.562-0.17150.4224-0.00930.5570.00490.13910.69940.10970.707549.739553.9264-0.8075
31.1196-0.2405-1.46510.3129-0.59292.83360.0204-0.5691-0.3006-0.1034-0.0988-0.1989-0.33620.634-00.5412-0.26440.10920.9323-0.1010.913350.906161.437511.0778
42.0977-0.73420.91461.63420.28611.4977-0.2031-0.4054-0.14690.2443-0.0162-0.59690.80551.2224-0.00540.80930.44230.03471.41280.2140.942145.395135.595418.3585
51.5616-1.382-0.10072.56620.68931.1580.4958-0.59830.21850.2901-0.2398-0.0832-0.56710.392-00.5332-0.11110.06590.768-0.0520.45435.991661.434212.082
61.5553-0.7648-0.81721.55510.40761.50210.23380.0455-0.8234-0.0664-0.21690.55180.17850.0346-0.00760.4217-0.0018-0.02240.53740.03930.570512.784448.990511.5993
70.0364-0.0501-0.01780.0715-0.00820.0271-0.1989-1.5987-0.97230.78920.6660.5430.89041.1023-01.74960.4675-0.17941.80970.23111.095548.285319.975930.5318
85.9112-2.1751.90230.6765-0.66631.6845-0.5366-0.68350.23210.33380.3106-0.1901-0.1542-0.5191-00.5180.08710.0030.64270.02520.54565.231558.313315.5569
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 545 through 619 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 620 through 720 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 721 through 857 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 545 through 618 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 619 through 657 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 658 through 751 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 752 through 773 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 774 through 870 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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