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万見
- PDB-6dkc: Yeast Ddi2 Cyanamide Hydratase, T157V mutant, apo structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dkc
タイトルYeast Ddi2 Cyanamide Hydratase, T157V mutant, apo structure
要素DNA damage-inducible protein
キーワードLYASE / Zn-metalloprotein / HD-domain / hydratase / cyanamide / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性Cyanamide hydratase / HD domain profile. / HD domain / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / metal ion binding / DNA damage-inducible protein
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Moore, S.A. / Xiao, W. / Li, J.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2014-04580 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2011-262138 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-126155 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure of Ddi2, a highly inducible detoxifying metalloenzyme fromSaccharomyces cerevisiae.
著者: Li, J. / Jia, Y. / Lin, A. / Hanna, M. / Chelico, L. / Xiao, W. / Moore, S.A.
履歴
登録2018年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA damage-inducible protein
B: DNA damage-inducible protein
C: DNA damage-inducible protein
D: DNA damage-inducible protein
E: DNA damage-inducible protein
F: DNA damage-inducible protein
G: DNA damage-inducible protein
H: DNA damage-inducible protein
I: DNA damage-inducible protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,36050
ポリマ－234,6979
非ポリマー3,66341
水4,396244
1
A: DNA damage-inducible protein
ヘテロ分子

A: DNA damage-inducible protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,86210
ポリマ－52,1552
非ポリマー7078
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557y,x,-z+21
Buried area4120 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area17790 Å2
手法PISA
2
B: DNA damage-inducible protein
C: DNA damage-inducible protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,34215
ポリマ－52,1552
非ポリマー1,18813
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-262 kcal/mol
Surface area17690 Å2
手法PISA
3
D: DNA damage-inducible protein
E: DNA damage-inducible protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,53517
ポリマ－52,1552
非ポリマー1,38015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area18120 Å2
手法PISA
4
F: DNA damage-inducible protein
G: DNA damage-inducible protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7669
ポリマ－52,1552
非ポリマー6117
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area17980 Å2
手法PISA
5
H: DNA damage-inducible protein
I: DNA damage-inducible protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2864
ポリマ－52,1552
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area17750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)263.613, 263.613, 119.026
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質
DNA damage-inducible protein


分子量: 26077.482 Da / 分子数: 9 / 変異: T157V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789) (パン酵母)
株: YJM789 / 遺伝子: SCY_1694 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7A1Y4, cyanamide hydratase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 % / 解説: flattened discs
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 1.1-1.3 M Ammonium Sulfate 0.2 M arginine 0.1 M N-morpholino sulfonate, pH 5.8
PH範囲: 5.2-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.0246 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月20日 / 詳細: toroidal focusing mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0246 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→39.3 Å / Num. obs: 102026 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 53.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Num. unique obs: 5127 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6DK9

6dk9


解像度: 2.9→39.3 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.07
詳細: Iterative maximum likelihood refinement in PHENIX and model building with Coot. The authors state that although Chains H and I are included in the model structure, in general these chains are ...詳細: Iterative maximum likelihood refinement in PHENIX and model building with Coot. The authors state that although Chains H and I are included in the model structure, in general these chains are considered unreliable due to high B-factors and poor electron density. These chains should not be used for any structural analysis.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2154 2575 2.53 %
Rwork0.1926 --
obs0.1932 101864 96.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16148 0 169 244 16561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00616653
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85822764
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6789807
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492619
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062916
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.95580.25751380.23095554X-RAY DIFFRACTION99
2.9558-3.01610.26231230.22855585X-RAY DIFFRACTION98
3.0161-3.08160.24591540.2245551X-RAY DIFFRACTION98
3.0816-3.15330.25641580.23285478X-RAY DIFFRACTION98
3.1533-3.23210.28111400.22035552X-RAY DIFFRACTION98
3.2321-3.31950.27461270.22725566X-RAY DIFFRACTION98
3.3195-3.41710.26081500.21775516X-RAY DIFFRACTION98
3.4171-3.52730.27111700.2145505X-RAY DIFFRACTION98
3.5273-3.65330.20751710.19725484X-RAY DIFFRACTION98
3.6533-3.79940.21441250.19035517X-RAY DIFFRACTION97
3.7994-3.97220.17121250.17395529X-RAY DIFFRACTION97
3.9722-4.18140.18431420.16785510X-RAY DIFFRACTION97
4.1814-4.44310.16781360.15365469X-RAY DIFFRACTION96
4.4431-4.78560.14761590.15025473X-RAY DIFFRACTION96
4.7856-5.26610.19151200.16575532X-RAY DIFFRACTION96
5.2661-6.02580.21761620.19495458X-RAY DIFFRACTION96
6.0258-7.5830.22391230.21065507X-RAY DIFFRACTION95
7.583-39.32090.23391520.20085503X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6373-0.2940.3720.7403-0.4292.3308-0.0907-0.13660.04390.00130.00120.0463-0.2197-0.50630.08180.39710.2251-0.02610.7497-0.00570.389734.855485.208127.3827
20.7736-0.0903-0.24781.5546-0.05731.3712-0.0378-0.111-0.01290.18390.05680.1205-0.2854-0.3842-0.00460.34850.2247-0.01790.60470.03070.381320.7474104.812195.6159
30.84570.0286-0.11261.2864-0.42242.155-0.0031-0.0496-0.0508-0.0444-0.00110.00330.08190.01880.00420.24490.1139-0.03690.38930.0190.328739.12588.449678.4018
40.62820.0165-0.22941.50090.14631.64180.0091-0.10740.05850.13060.0340.0516-0.1293-0.1398-0.03260.30720.153-0.02080.38790.02580.410819.8238133.706467.8311
50.7786-0.2643-0.0731.5369-0.14981.61620.0245-0.0136-0.0019-0.0566-0.0206-0.0513-0.00140.0901-0.0130.2350.0979-0.02260.32270.02350.327933.7927114.858249.0252
61.21380.2611-0.2181.80380.22420.7277-0.0216-0.01880.033-0.1177-0.0546-0.028-0.08190.12880.05720.5130.0364-0.05880.28680.01010.403832.4785165.047646.6497
71.06270.08890.11331.91790.44591.3651-0.09890.1402-0.0895-0.72850.0336-0.1758-0.12340.16730.05840.71550.03080.09110.4270.00080.403841.4967146.084225.128
80.77920.0136-0.43740.8977-0.34460.8372-0.23490.20870.5423-0.77910.2216-0.0372-0.49330.24440.01451.405-0.2827-0.0590.71140.17571.001957.2897192.798833.7994
90.18580.1770.20460.15450.10580.5674-0.62820.80790.0658-1.25050.423-0.5405-0.38030.63130.22421.9305-0.59530.3411.48130.1691.054261.8684176.85898.823
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 225)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid -3 through 225)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid -3 through 225)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid -3 through 225)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid -3 through 225)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid -4 through 225)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid -3 through 225)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 0 through 225)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'I' and (resid 1 through 225)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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