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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6djz | |||||||||
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タイトル | Human sigma-1 receptor bound to haloperidol | |||||||||
![]() | Sigma non-opioid intracellular receptor 1 | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Receptor / sigma-1 receptor | |||||||||
機能・相同性 | ![]() G protein-coupled opioid receptor activity / ergosterol biosynthetic process / nuclear outer membrane / anchoring junction / lipid transport / nuclear inner membrane / protein homotrimerization / regulation of neuron apoptotic process / lipid droplet / postsynaptic density membrane ...G protein-coupled opioid receptor activity / ergosterol biosynthetic process / nuclear outer membrane / anchoring junction / lipid transport / nuclear inner membrane / protein homotrimerization / regulation of neuron apoptotic process / lipid droplet / postsynaptic density membrane / nuclear envelope / nervous system development / growth cone / cytoplasmic vesicle / Potential therapeutics for SARS / postsynaptic density / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Schmidt, H.R. / Kruse, A.C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for sigma1receptor ligand recognition. 著者: Schmidt, H.R. / Betz, R.M. / Dror, R.O. / Kruse, A.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 149.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 25447.879 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q99720 |
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-非ポリマー , 5種, 60分子 ![](data/chem/img/GMJ.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-OLC / ( #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.4 詳細: Protein was reconstituted in cubic phase by mixing with a 1:1.5 (w:w) protein:lipid ratio. Lipid used was a 10:1 (w:w) mix of monoolein with cholesterol. Crystals were grown in 500 mM lithium ...詳細: Protein was reconstituted in cubic phase by mixing with a 1:1.5 (w:w) protein:lipid ratio. Lipid used was a 10:1 (w:w) mix of monoolein with cholesterol. Crystals were grown in 500 mM lithium sulfate, 42% PEG 300, 1% hexanediol, 100 mM MES pH 6.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.08→50 Å / Num. obs: 22196 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.08→3.3 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / CC1/2: 0.164 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5HK1 解像度: 3.084→40.509 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.49
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.084→40.509 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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