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- PDB-6diy: YTFGQ segment from Human Immunoglobulin Light-Chain Variable Doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6diy
タイトルYTFGQ segment from Human Immunoglobulin Light-Chain Variable Domain, Residues 96-100, assembled as an amyloid fibril
要素YTFGQ segment Light-Chain Variable Domain Kappa AL09
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid fibril
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.9 Å
Model detailsamyloid fibril
データ登録者Brumshtein, B. / Esswein, S.R. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1R01AG048120-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Identification of two principal amyloid-driving segments in variable domains of Ig light chains in systemic light-chain amyloidosis.
著者: Brumshtein, B. / Esswein, S.R. / Sawaya, M.R. / Rosenberg, G. / Ly, A.T. / Landau, M. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2018年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YTFGQ segment Light-Chain Variable Domain Kappa AL09


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6151
ポリマ－6151
非ポリマー00
水362
1
A: YTFGQ segment Light-Chain Variable Domain Kappa AL09
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9178
ポリマ－4,9178
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_535x,y-2,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation4_565-x+1/2,y+3/2,-z1
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation4_535-x+1/2,y-3/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.780, 4.810, 18.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.950, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド YTFGQ segment Light-Chain Variable Domain Kappa AL09


分子量: 614.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 6.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, 2.8 M Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月6日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled-double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.89→18.27 Å / Num. obs: 2477 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 5.104 % / Biso Wilson estimate: 7.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 14.11 / Num. measured all: 12642
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
0.89-0.9230.2183.151030.9420.25849.8
0.92-0.943.750.2334.071200.9540.2763.5
0.94-0.974.9630.2475.591600.9690.27682.5
0.97-15.520.1757.151710.990.19399.4
1-1.035.4090.1639.111640.980.1898.2
1.03-1.075.3740.11511.491550.9910.12798.1
1.07-1.115.5550.1112.461640.9940.12197
1.11-1.155.2020.08814.191680.9960.098100
1.15-1.25.1960.08613.811530.9980.09595.6
1.2-1.265.4740.0814.651370.9970.08897.9
1.26-1.335.5110.07715.441350.9980.085100
1.33-1.415.0760.08115.861310.9930.0997.8
1.41-1.515.5570.06818.671220.9970.07597.6
1.51-1.635.2580.06120.211240.9970.06899.2
1.63-1.785.2670.06621.171050.9940.072100
1.78-1.995.0990.05423.26910.9980.05993.8
1.99-2.35.1390.0524.741010.9980.05597.1
2.3-2.824.8360.04224.69730.9990.047100
2.82-3.994.8420.04826.07570.9990.05387.7
3.99-18.274.4420.03926.15430.9990.04397.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING
開始モデル: NO Starting model, We used DIRECT METHODS

解像度: 0.9→18.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.991 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.987 / SU B: 0.429 / SU ML: 0.011 / SU R Cruickshank DPI: 0.0161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.018
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1198 248 10 %RANDOM
Rwork0.0971 ---
obs0.0993 2228 90.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 33.04 Å2 / Biso mean: 5.236 Å2 / Biso min: 2.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20.01 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.9→18.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44 0 13 2 59
Biso mean--7.43 23.32 -
残基数----5
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0250
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.89865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.684388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.45754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.69423.3333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg5.077155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.25
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0217
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.09389
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.013592
LS精密化 シェル解像度: 0.892→0.915 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.491 10 -
Rwork0.255 92 -
all-102 -
obs--48.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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