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- PDB-6dio: Structure of class II HMG-CoA reductase from Delftia acidovorans ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dio
タイトルStructure of class II HMG-CoA reductase from Delftia acidovorans with NAD bound
要素3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mevalonate pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADH) activity / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / ergosterol biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / isoprenoid biosynthetic process / peroxisomal membrane / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, bacterial-type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily ...Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, bacterial-type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases family profile. / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / : / 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Delftia acidovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Ragwan, E.R. / Arai, E. / Kung, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116029 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: New Crystallographic Snapshots of Large Domain Movements in Bacterial 3-Hydroxy-3-methylglutaryl Coenzyme A Reductase.
著者: Ragwan, E.R. / Arai, E. / Kung, Y.
履歴
登録2018年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,83747
ポリマ－135,5723
非ポリマー5,26544
水16,574920
1
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,97832
ポリマ－90,3822
非ポリマー3,59730
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18480 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area26460 Å2
手法PISA
2
C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
ヘテロ分子

C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,71830
ポリマ－90,3822
非ポリマー3,33728
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
Buried area19650 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area28220 Å2
手法PISA
3
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
ヘテロ分子

C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
ヘテロ分子

C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,67594
ポリマ－271,1456
非ポリマー10,53088
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
crystal symmetry operation6_664x-y+1,x+1,z-1/61
crystal symmetry operation8_665x-y+1,-y+1,-z1
Buried area65460 Å2
ΔGint-292 kcal/mol
Surface area72280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.000, 113.000, 437.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-889-

HOH

21A-903-

HOH

31C-704-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase / HMG-CoA reductase


分子量: 45190.758 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Delftia acidovorans (バクテリア)
遺伝子: CHL79_09160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A291JGB7, UniProt: A9BQX8*PLUS, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

-
非ポリマー , 5種, 964分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 920 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium citrate, pH 5.0, 0.5 M ammonium sulfate, 0.6 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月30日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→98.86 Å / Num. obs: 92136 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 21.39 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.0976 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.14→2.22 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→97.861 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2389 4723 5.13 %
Rwork0.1905 --
obs0.193 92123 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→97.861 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9085 0 333 920 10338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90512921
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7146304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.16430.34411460.29732840X-RAY DIFFRACTION100
2.1643-2.18980.35451520.2952857X-RAY DIFFRACTION100
2.1898-2.21650.31571460.29212883X-RAY DIFFRACTION100
2.2165-2.24460.34111610.2842822X-RAY DIFFRACTION100
2.2446-2.27410.35381550.28332890X-RAY DIFFRACTION100
2.2741-2.30520.33221800.28362856X-RAY DIFFRACTION100
2.3052-2.33820.33181590.26252821X-RAY DIFFRACTION100
2.3382-2.37310.27561620.26412857X-RAY DIFFRACTION100
2.3731-2.41020.29121550.24662880X-RAY DIFFRACTION100
2.4102-2.44970.31521630.23912882X-RAY DIFFRACTION100
2.4497-2.49190.29941440.23442837X-RAY DIFFRACTION100
2.4919-2.53720.32191540.22482889X-RAY DIFFRACTION100
2.5372-2.58610.28331320.22592899X-RAY DIFFRACTION100
2.5861-2.63880.26791610.21422866X-RAY DIFFRACTION100
2.6388-2.69620.26961720.20722896X-RAY DIFFRACTION100
2.6962-2.75890.24961550.18772885X-RAY DIFFRACTION100
2.7589-2.8280.25821470.19042915X-RAY DIFFRACTION100
2.828-2.90440.27391560.17982873X-RAY DIFFRACTION100
2.9044-2.98990.24031470.18822917X-RAY DIFFRACTION100
2.9899-3.08640.25261490.19272889X-RAY DIFFRACTION100
3.0864-3.19670.23061660.20682917X-RAY DIFFRACTION100
3.1967-3.32470.23121700.17182924X-RAY DIFFRACTION100
3.3247-3.4760.19281440.15762923X-RAY DIFFRACTION100
3.476-3.65930.21091590.15042939X-RAY DIFFRACTION100
3.6593-3.88860.18861550.13992951X-RAY DIFFRACTION100
3.8886-4.18880.16291690.13112953X-RAY DIFFRACTION100
4.1888-4.61040.15951600.11732978X-RAY DIFFRACTION100
4.6104-5.27740.16971560.13243014X-RAY DIFFRACTION100
5.2774-6.64880.20031660.17473078X-RAY DIFFRACTION100
6.6488-97.96330.20591820.1793269X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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