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- PDB-6dht: Bacteroides ovatus GH9 Bacova_02649 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dht
タイトルBacteroides ovatus GH9 Bacova_02649
要素Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase BoGH9A
キーワードHYDROLASE / GH9 / cellulase
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiotic process benefiting host / xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase / xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase activity / xyloglucan catabolic process / cellulase activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 1. / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily ...Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 1. / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase BoGH9A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Koropatkin, N.M. / Foley, M.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118475 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: A Cell-Surface GH9 Endo-Glucanase Coordinates with Surface Glycan-Binding Proteins to Mediate Xyloglucan Uptake in the Gut Symbiont Bacteroides ovatus.
著者: Foley, M.H. / Dejean, G. / Hemsworth, G.R. / Davies, G.J. / Brumer, H. / Koropatkin, N.M.
履歴
登録2018年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase BoGH9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,04624
ポリマ－63,6151
非ポリマー1,43223
水9,476526
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.646, 50.406, 95.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1135-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase BoGH9A / Glycosyl hydrolase family protein 9A / BoGH9A


分子量: 63614.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 株: ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153 / 遺伝子: BACOVA_02649 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A7LXT3, xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase

-
非ポリマー , 7種, 549分子

#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus screen condition A2 (0.06 M magnesium chloride, 0.06 M calcium chloride, 0.1 M imidazole-MES, pH 6.5, 30% mix of ethylene glycol and PEG8000)
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月12日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→44.74 Å / Num. obs: 109840 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 15.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08118 / Rrim(I) all: 0.0879 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.42→1.471 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 9432 / CC1/2: 0.956 / % possible all: 84.59

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.42→44.736 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1973 1898 1.82 %
Rwork0.1677 --
obs0.1682 104416 93.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.67 Å2 / Biso mean: 25.4728 Å2 / Biso min: 9.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.42→44.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4320 0 206 526 5052
Biso mean--37.9 33.35 -
残基数----547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2826142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007798
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0421630
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4195-1.4550.3114900.28365171526166
1.455-1.49430.27571110.25736328643981
1.4943-1.53830.28021280.246783691187
1.5383-1.5880.2291320.22337114724691
1.588-1.64470.25171360.21157256739294
1.6447-1.71060.24471420.20087490763296
1.7106-1.78840.20641400.20347583772397
1.7884-1.88270.2321440.19697668781298
1.8827-2.00070.26141440.19377745788999
2.0007-2.15520.22811430.182277517894100
2.1552-2.3720.18661460.167578257971100
2.372-2.71520.20771470.158178668013100
2.7152-3.42070.19461450.156478908035100
3.4207-44.75790.13911500.128380488198100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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