PDB-6dgc: Crystal structure of the C-terminal catalytic domain of ISC1926 T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dgc

タイトル

Crystal structure of the C-terminal catalytic domain of ISC1926 TnpA, an IS607-like serine recombinase

要素

ISC1926 TnpA C-terminal catalytic domain

キーワード

HYDROLASE / IS607-like serine recombinase

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus sp. L00 11 (好気性・好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Hancock, S.P. / Kumar, P. / Cascio, D. / Johnson, R.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Multiple serine transposase dimers assemble the transposon-end synaptic complex during IS607-family transposition.
著者: Chen, W. / Mandali, S. / Hancock, S.P. / Kumar, P. / Collazo, M. / Cascio, D. / Johnson, R.C.

履歴

登録	2018年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dgc.cif.gz	220 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dgc.ent.gz	176.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dgc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dgc_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dgc_full_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示
XML形式データ	6dgc_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	6dgc_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/6dgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/6dgc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dgbC 3lhkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lhk-1 3lhk-2 3ilx-d 7cfi-1 6yj7-d 3ddj-d 2fsk-1 3lqn-1 3fwr-d 3o3i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ISC1926 TnpA C-terminal catalytic domain

B: ISC1926 TnpA C-terminal catalytic domain

C: ISC1926 TnpA C-terminal catalytic domain

D: ISC1926 TnpA C-terminal catalytic domain

66.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ISC1926 TnpA C-terminal catalytic domain

B: ISC1926 TnpA C-terminal catalytic domain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ISC1926 TnpA C-terminal catalytic domain

D: ISC1926 TnpA C-terminal catalytic domain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.080, 212.320, 61.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 126.680, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	ISC1926 TnpA C-terminal catalytic domain 分子量: 16663.330 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus sp. L00 11 (好気性・好酸性) プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5MPE7

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: Tascimate, PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月23日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.91→19.72 Å / Num. obs: 19649 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 3.62 % / B_iso Wilson estimate: 84.22 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_rim(I) all: 0.058 / Χ²: 1.058 / Net I/σ(I): 12.85 / Num. measured all: 71134 / Scaling rejects: 106

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.91-2.98	1.898	0.511	1.3	1756	1629	925	0.761	0.673	56.8
2.98-3.06	3.391	0.387	2.33	4720	1608	1392	0.959	0.454	86.6
3.06-3.15	3.752	0.337	3.01	5497	1532	1465	0.97	0.389	95.6
3.15-3.25	3.733	0.233	4.04	5319	1522	1425	0.988	0.269	93.6
3.25-3.35	3.678	0.175	4.88	5039	1444	1370	0.994	0.202	94.9
3.35-3.47	3.677	0.152	6.16	4780	1400	1300	0.99	0.175	92.9
3.47-3.6	3.627	0.113	8.04	4512	1369	1244	0.994	0.13	90.9
3.6-3.75	3.504	0.092	10.04	4096	1308	1169	0.995	0.107	89.4
3.75-3.92	3.895	0.081	12.37	4592	1258	1179	0.996	0.093	93.7
3.92-4.11	3.838	0.063	15.15	4291	1208	1118	0.998	0.071	92.5
4.11-4.33	3.824	0.055	17.89	4115	1145	1076	0.998	0.062	94
4.33-4.59	3.748	0.047	20.23	3763	1073	1004	0.998	0.054	93.6
4.59-4.91	3.705	0.044	22.03	3479	1023	939	0.998	0.05	91.8
4.91-5.3	3.602	0.044	22.48	3033	959	842	0.998	0.05	87.8
5.3-5.81	3.672	0.047	22.31	2772	867	755	0.998	0.054	87.1
5.81-6.5	3.878	0.041	25.37	2839	799	732	0.998	0.046	91.6
6.5-7.5	3.811	0.036	29.05	2393	701	628	0.998	0.042	89.6
7.5-9.19	3.801	0.028	33.14	2026	594	533	0.999	0.032	89.7
9.19-12.99	3.704	0.026	34.68	1441	474	389	0.999	0.03	82.1
12.99-19.72	4.091	0.029	36.72	671	264	164	0.999	0.033	62.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.28 Å	54.11 Å
Translation	3.28 Å	54.11 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER		精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3lhk

3lhk

解像度: 2.92→19.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.86 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.845 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.45 / SU R_free Blow DPI: 0.38

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	1596	10.12 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.22	15775	73.1 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 221.48 Å² / B_iso mean: 76.39 Å² / B_iso min: 6.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.0692 Å²	0 Å²	-0.6834 Å²
2-	-	-14.2129 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.1437 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.47 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.92→19.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3996	0	0	0	3996
残基数	-	-	-	-	574

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1263	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	58	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	632	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	4037	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	600	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	4676	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	4037	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	5498	HARMONIC	2	1.15
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.34
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				20.13

LS精密化シェル

解像度: 2.92→3.12 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3427	57	9.79 %
R_work	0.2888	525	-
all	0.294	582	-
obs	-	-	14.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8037	0.3043	0.8104	5.5727	2.1843	3.953	-0.2441	0.5191	0.8272	-0.2733	-0.1212	-0.0461	-0.6958	0.0734	0.3653	-0.0965	0.1122	-0.0521	-0.2508	-0.024	-0.1082	39.4361	-9.9902	13.1255
2	10.1604	-0.0661	5.2385	3.0839	0.3393	7.5134	0.4402	0.1442	-0.7295	-0.0116	-0.1614	0.2299	0.7701	-0.2542	-0.2788	0.0175	0.0905	-0.2619	-0.4024	-0.1729	-0.2016	39.3589	-31.2086	11.968
3	2.0865	0.5885	-0.1712	6.1026	-1.7233	3.1753	-0.0618	0.2539	-0.2607	-1.5232	-0.4737	0.2227	0.2522	-0.1803	0.5355	0.4365	0.1921	-0.2304	-0.5178	0.0717	0.2232	21.5974	21.866	7.6686
4	0.3753	-1.1188	0.8326	5.0353	3.136	2.51	0.0778	0.1336	0.4278	-1.5232	-0.7885	0.2227	-1.3488	0.1804	0.7108	0.4848	0.2438	-0.3957	-0.6079	0.1816	0.0868	17.265	42.1755	4.9294

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	65 - 211
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	65 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	65 - 211
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	65 - 211

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)