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- PDB-6dgb: Crystal structure of the C-terminal catalytic domain of IS1535 Tn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dgb
タイトルCrystal structure of the C-terminal catalytic domain of IS1535 TnpA, an IS607-like serine recombinase
要素IS607 family transposase IS1535
キーワードHYDROLASE / 607-like serine recombinase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
IS607-like transposase, catalytic domain / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IS607 family transposase IS1535 / Possible resolvase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Chen, W.Y. / Hancock, S.P. / Cascio, D. / Johnson, R.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM038509 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Multiple serine transposase dimers assemble the transposon-end synaptic complex during IS607-family transposition.
著者: Chen, W. / Mandali, S. / Hancock, S.P. / Kumar, P. / Collazo, M. / Cascio, D. / Johnson, R.C.
履歴
登録2018年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IS607 family transposase IS1535
B: IS607 family transposase IS1535


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4882
ポリマ－31,4882
非ポリマー00
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area12210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.560, 54.180, 104.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 IS607 family transposase IS1535 / Resolvase


分子量: 15744.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: IS1535 TnpA / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A045HV29, UniProt: I6WZS4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月8日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.08 Å / Num. obs: 10275 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.328 % / Biso Wilson estimate: 54.9 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 1.045 / Net I/σ(I): 6.48 / Num. measured all: 44467 / Scaling rejects: 73
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.573.9620.6481.57110.8460.74491.4
2.57-2.644.3640.5321.857420.9320.60597.8
2.64-2.714.5850.4482.177260.9570.50497.8
2.71-2.84.4370.4192.527160.9420.47497.8
2.8-2.894.4590.3552.956640.9610.40396.9
2.89-2.994.3660.2953.446590.9540.33597.2
2.99-3.14.2790.2114.126210.9870.23995.4
3.1-3.234.2270.1785.365980.9780.20294.5
3.23-3.374.490.146.765880.9950.15896.4
3.37-3.544.5120.1297.965700.9930.14697.3
3.54-3.734.3230.0989.35290.9940.11195.7
3.73-3.964.2610.08710.125100.9950.09895.9
3.96-4.234.150.07611.134520.9950.08690.6
4.23-4.574.4450.08612.254470.9940.09696.1
4.57-54.3980.0911.994150.9930.10195.4
5-5.594.2790.08812.233760.9930.09993.8
5.59-6.464.1640.08311.853110.9910.09388.9
6.46-7.914.3110.06313.022860.9990.0792.9
7.91-11.194.0410.06313.712220.9970.07191.4
11.19-48.083.7050.05812.351320.9980.06786.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.52→48.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.363
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 365 4.59 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.23 7951 75.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 132.86 Å2 / Biso mean: 49.97 Å2 / Biso min: 8.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.0946 Å20 Å20 Å2
2---19.2881 Å20 Å2
3---2.1935 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.52→48.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2002 0 0 24 2026
Biso mean---28.87 -
残基数----265
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d732SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes38HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes310HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2017HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion260SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2244SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2017HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2714HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.39
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 47 4.66 %
Rwork0.2593 962 -
all0.2604 1009 -
obs--34.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.62910.5470.45892.42812.95994.2322-0.0750.1078-0.19560.13960.0691-0.30990.31560.03080.00590.2839-0.0218-0.0589-0.32120.05070.004713.1566-9.802550.4951
22.61940.8646-0.5612.1523-2.90541.93020.05370.06770.32890.23460.03380.4309-0.39960.0881-0.08760.3108-0.04230.0414-0.3253-0.0663-0.010811.52669.90950.2351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A52 - 189
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B51 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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