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万見
- PDB-6df6: Crystal structure of estrogen receptor alpha in complex with rece... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6df6
タイトルCrystal structure of estrogen receptor alpha in complex with receptor degrader 16ab
要素Estrogen receptor
キーワードNUCLEAR PROTEIN / ERA / antagonist / inverse agonist / receptor / breast cancer / degrader / ligand / estrogen receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / epithelial cell development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / mammary gland branching involved in pregnancy / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / steroid hormone receptor signaling pathway / androgen metabolic process / cellular response to estrogen stimulus / mammary gland alveolus development / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / steroid binding / 14-3-3 protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / negative regulation of miRNA transcription / ESR-mediated signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coregulator binding / transcription corepressor binding / nuclear estrogen receptor binding / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / transcription coactivator binding / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / nuclear receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Ovarian tumor domain proteases / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / ATPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G8Y / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Vinogradova, M. / Liang, J. / Zhang, B. / Ortwine, D.F. / Nettles, K.W. / Nwachukwu, J.C.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2019
タイトル: Unexpected equivalent potency of a constrained chromene enantiomeric pair rationalized by co-crystal structures in complex with estrogen receptor alpha.
著者: Zhang, B. / Kiefer, J.R. / Blake, R.A. / Chang, J.H. / Hartman, S. / Ingalla, E.R. / Kleinheinz, T. / Mody, V. / Nannini, M. / Ortwine, D.F. / Ran, Y. / Sambrone, A. / Sampath, D. / ...著者: Zhang, B. / Kiefer, J.R. / Blake, R.A. / Chang, J.H. / Hartman, S. / Ingalla, E.R. / Kleinheinz, T. / Mody, V. / Nannini, M. / Ortwine, D.F. / Ran, Y. / Sambrone, A. / Sampath, D. / Vinogradova, M. / Zhong, Y. / Nwachukwu, J.C. / Nettles, K.W. / Lai, T. / Liao, J. / Zheng, X. / Chen, H. / Wang, X. / Liang, J.
履歴
登録2018年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,06410
ポリマ－127,9214
非ポリマー2,1426
水36020
1
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0325
ポリマ－63,9612
非ポリマー1,0713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
2
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0325
ポリマ－63,9612
非ポリマー1,0713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.386, 58.857, 94.046
Angle α, β, γ (deg.)79.750, 75.420, 63.100
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 31980.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物
ChemComp-G8Y / (8R)-8-(4-{2-[3-(fluoromethyl)azetidin-1-yl]ethoxy}phenyl)-1,8-dihydro-2H-[1]benzopyrano[4,3-d][1]benzoxepine-5,11-diol


分子量: 489.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H28FNO5
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.14 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: grid of PEG 3350 vs. MgCl2 with a buffer of Bis-TRIS at pH 6-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→35 Å / Num. obs: 27230 / % possible obs: 81.1 % / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.591.20.4648100.5220.4640.6560.38624.2
2.59-2.691.30.44416430.6620.4440.6270.53348.7
2.69-2.821.50.4125080.70.410.580.54474.1
2.82-2.961.60.31730850.790.3170.4480.5891.9
2.96-3.151.80.25531730.8360.2550.360.74995.5
3.15-3.391.80.16631970.9330.1660.2350.86795.1
3.39-3.731.80.11431810.9610.1140.1621.19595
3.73-4.271.80.07532080.9810.0750.1061.44595.5
4.27-5.381.80.05732230.9880.0570.081.33195.6
5.38-301.80.03932020.9950.0390.0551.09795.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 18.322 / SU ML: 0.365 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.399
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2727 1385 5.1 %RANDOM
Rwork0.2183 ---
obs0.221 25828 79.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.41 Å2 / Biso mean: 54.465 Å2 / Biso min: 17.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.86 Å20.13 Å2
2---2.23 Å20.64 Å2
3---3.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7145 0 156 20 7321
Biso mean--58.84 42.17 -
残基数----919
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0197481
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.112210135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86316482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3685911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.16724.247292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67151323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1131534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021596
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 21 -
Rwork0.341 459 -
all-480 -
obs--18.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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