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万見
- PDB-6dej: The structure of HcRed7, a brighter and red-shifted HcRed variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dej
タイトルThe structure of HcRed7, a brighter and red-shifted HcRed variant
要素GFP-like non-fluorescent chromoprotein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / HcRed / red / far-red
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / GFP-like non-fluorescent chromoprotein
機能・相同性情報
生物種Heteractis crispa (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6279 Å
データ登録者Wannier, T.M. / Mayo, S.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)R21EB018579 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Monomerization of far-red fluorescent proteins.
著者: Wannier, T.M. / Gillespie, S.K. / Hutchins, N. / McIsaac, R.S. / Wu, S.Y. / Shen, Y. / Campbell, R.E. / Brown, K.S. / Mayo, S.L.
履歴
登録2018年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
B: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
C: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
D: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1088
ポリマ－107,3344
非ポリマー7744
水16,952941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Analytical Ultracentrifugation and Size Exclusion Chromatography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10650 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area33200 Å2
2
A: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
B: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3104
ポリマ－53,6672
非ポリマー6432
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
3
C: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
D: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7984
ポリマ－53,6672
非ポリマー1322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.342, 122.057, 75.254
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質
GFP-like non-fluorescent chromoprotein / HcRed / hcCP


分子量: 26833.428 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Heteractis crispa (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95W85
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 941 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12 mg/ml protein 0.2 M ammonium sulfate 0.1 M bis-tris pH 6.5 25 w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6279→39.3 Å / Num. obs: 111329 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.628→1.72 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.554 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 13784 / % possible all: 79.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
Web-Iceデータ収集
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.6279→33.6822 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 5487 5 %
Rwork0.178 --
obs-111112 95.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 31.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6279→33.6822 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7167 0 42 941 8150
LS精密化 シェル解像度: 1.6279→1.6464 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4188 111 5 %
Rwork0.4073 1721 -
obs--47.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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