PDB-6def: Vps1 GTPase-BSE fusion complexed with GMPPCP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6def

タイトル

Vps1 GTPase-BSE fusion complexed with GMPPCP

要素

Vps1 GTPase-BSE

キーワード

HYDROLASE / Vps1 / Vacuolar Protein Sorting 1 / Dynamin-Related Protein / DRP / GTPase / GMPPCP / Endosome / Vacuole

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxisome fission / mitochondrial fission / intracellular distribution of mitochondria / endocytosis / peroxisome / microtubule binding / microtubule / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Ford, M.G.J. / Varlakhanova, N.V. / Brady, T.M. / Chappie, J.S. / Hosford, C.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2018
タイトル: Structures of the fungal dynamin-related protein Vps1 reveal a unique, open helical architecture.
著者: Natalia V Varlakhanova / Frances J D Alvarez / Tyler M Brady / Bryan A Tornabene / Christopher J Hosford / Joshua S Chappie / Peijun Zhang / Marijn G J Ford /

要旨: Dynamin-related proteins (DRPs) are large multidomain GTPases required for diverse membrane-remodeling events. DRPs self-assemble into helical structures, but how these structures are tailored to ...

履歴

登録	2018年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6def.cif.gz	817.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6def.ent.gz	691.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6def.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6def_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6def_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6def_validation.xml.gz	54.8 KB	表示
CIF形式データ	6def_validation.cif.gz	75.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/6def ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/6def	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7874C 6di7C 6djqC 3zycS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cam-d 1qfk-d 1dx5-1 1dx5-4 2yl6-d 3gop-d 4jrv-d 1tiw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Vps1 GTPase-BSE

B: Vps1 GTPase-BSE

C: Vps1 GTPase-BSE

D: Vps1 GTPase-BSE

ヘテロ分子

174 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Vps1 GTPase-BSE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry, homology
43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Vps1 GTPase-BSE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Vps1 GTPase-BSE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Vps1 GTPase-BSE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.659, 118.740, 84.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Vps1 GTPase-BSE 分子量: 43002.074 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-354, 669-698 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0061810 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SFF0, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸分子量: 521.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₃P₃ コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 14% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-Cl, pH 8.7-9.0 PH範囲: 8.7-9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月29日詳細: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→40.79 Å / Num. obs: 69139 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.9 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.26→2.31 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4347 / CC_1/2: 0.86 / R_pim(I) all: 0.316 / R_rim(I) all: 0.59 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3ZYC

3zyc

解像度: 2.26→40.786 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2253	3324	4.81 %	Random
R_work	0.1931	-	-	-
obs	0.1947	69069	92.12 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→40.786 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10997	0	132	479	11608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	11326
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.527	15409
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.696	7045
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1822
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2065

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.26-2.2923	0.3093	146	0.2646	2686	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2923-2.3265	0.3034	127	0.2558	2596	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3265-2.3629	0.2769	109	0.2461	2280	X-RAY DIFFRACTION	77
2.3629-2.4016	0.3078	115	0.2486	2449	X-RAY DIFFRACTION	82
2.4016-2.443	0.3274	155	0.2407	2763	X-RAY DIFFRACTION	94
2.443-2.4874	0.2841	143	0.2316	2877	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4874-2.5352	0.2729	103	0.2255	2867	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5352-2.587	0.2828	157	0.2194	2905	X-RAY DIFFRACTION	97
2.587-2.6432	0.2574	142	0.223	2870	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6432-2.7047	0.2604	141	0.2218	2842	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7047-2.7723	0.3055	134	0.2284	2886	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7723-2.8473	0.2664	150	0.2379	2833	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8473-2.931	0.2795	153	0.2301	2837	X-RAY DIFFRACTION	96
2.931-3.0256	0.2856	173	0.2265	2814	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0256-3.1337	0.2772	129	0.2215	2738	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1337-3.2591	0.2581	139	0.2187	2666	X-RAY DIFFRACTION	90
3.2591-3.4074	0.2581	110	0.2135	2298	X-RAY DIFFRACTION	77
3.4074-3.5869	0.2208	139	0.2023	2552	X-RAY DIFFRACTION	86
3.5869-3.8115	0.1928	138	0.1774	2944	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8115-4.1055	0.212	133	0.1583	2901	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1055-4.5182	0.1845	129	0.1448	2921	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5182-5.1709	0.161	156	0.1377	2847	X-RAY DIFFRACTION	95
5.1709-6.5105	0.1993	126	0.1767	2569	X-RAY DIFFRACTION	86
6.5105-40.7929	0.1568	177	0.1707	2804	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2097	0.6793	0.0083	3.5908	-0.2972	2.4154	0.0605	0.0416	-0.3867	0.6282	0.4162	-0.3816	0.2657	0.6023	-0.6362	0.3918	-0.0608	-0.0086	0.637	-0.1092	0.4596	34.7477	5.2769	78.3743
2	4.2804	0.7054	0.5205	1.3534	0.0596	1.974	0.0726	-0.6748	-0.3523	0.3064	0.0893	-0.2215	0.09	0.0272	-0.1618	0.3311	0.029	-0.0276	0.4277	0.0304	0.3024	14.5615	-6.6649	76.7481
3	2.3519	0.9251	0.5026	1.7543	-0.4544	3.7774	-0.0291	0.0873	-0.0984	-0.139	0.1658	-0.2339	-0.1822	0.1897	-0.0976	0.2321	-0.0174	-0.021	0.2755	-0.044	0.3582	16.2417	1.505	57.2187
4	7.3215	7.8809	7.8471	7.8659	8.1477	7.6232	-0.7859	-0.1665	0.8367	-0.6292	-0.2386	0.7243	-1.1341	-0.1417	0.7711	0.6402	-0.0973	-0.1527	0.5779	-0.0406	0.6338	34.0032	18.947	80.1214
5	7.9494	6.1016	5.5314	8.3717	5.2696	4.2225	0.0654	0.4424	-0.518	0.1547	0.1428	-0.3092	0.251	0.9715	-0.1341	0.364	-0.1229	0.0563	0.6014	-0.071	0.581	47.7609	23.147	96.0419
6	3.9256	1.2984	0.6479	2.0154	0.7964	0.5645	-0.0479	0.3182	-0.0321	-0.213	0.0799	-0.0948	-0.0643	0.0135	-0.0005	0.3793	0.0251	-0.0254	0.2626	0.0486	0.2341	-17.9261	-3.0856	37.4715
7	4.4458	1.5161	3.564	6.3456	0.7905	8.4869	-0.1045	0.6638	0.0212	-0.7132	0.3368	-0.341	-0.295	0.3329	-0.2166	0.4406	0.0097	0.0655	0.364	0.0863	0.2258	-11.6271	6.8688	26.6371
8	4.1925	3.468	3.4269	5.3307	3.6695	4.7609	-0.1215	0.3772	0.2322	-0.4129	0.1182	0.0913	-0.5791	-0.1184	0.113	0.4012	0.0759	0.0055	0.2555	0.067	0.3217	-14.3508	5.9168	37.0888
9	8.4577	4.2597	1.4996	4.6995	2.2087	3.8453	0.0574	-0.3305	0.605	-0.0387	-0.0612	-0.1497	-0.4525	-0.0959	0.0059	0.4292	0.0587	-0.0031	0.228	0.0077	0.3836	-7.1625	11.2987	53.7228
10	6.2075	-1.3179	-1.3285	2.9855	1.3528	2.2877	-0.1166	-0.4933	-0.3034	0.246	0.1552	-0.0522	0.0887	-0.0583	-0.0345	0.3091	-0.005	-0.0103	0.2352	0.0499	0.2305	-7.5201	-7.3107	54.3098
11	4.7158	-0.8618	-1.3425	3.8132	0.952	5.0588	0.0576	0.1261	-0.5807	0.3587	-0.04	-0.2921	-0.0368	0.0459	-0.0822	0.2532	-0.0115	-0.0545	0.1342	-0.0362	0.2966	-2.4993	-9.4061	45.1556
12	6.6495	0.384	0.8138	1.4204	0.0326	0.8226	0.069	-0.0966	-0.2049	-0.1827	0.0565	0.1303	0.0174	-0.1054	-0.126	0.3384	-0.0224	-0.0324	0.2247	0.01	0.2354	-22.7847	-15.2515	41.0515
13	7.5911	-1.356	2.7937	3.387	0.5207	3.1953	0.2313	0.6661	0.0779	-1.4235	-0.4458	0.9877	-0.0081	-0.2348	0.2049	0.8369	-0.087	-0.2142	0.465	-0.0453	0.8457	-52.1718	-11.1691	27.7121
14	0.5233	-0.0503	1.517	2.1096	-1.392	7.9264	-0.0224	0.0839	-0.0969	-0.3845	0.0129	0.1788	-0.2062	-0.3534	0.0165	0.3744	0.0083	-0.091	0.447	-0.0853	0.3573	16.6498	25.7671	6.3619
15	3.2558	-0.7374	1.3067	2.3898	-0.9834	3.294	0.2161	0.0499	-0.3741	-0.3415	0.0067	0.4808	0.4284	-0.563	-0.2042	0.4038	-0.1093	-0.1168	0.4685	-0.0876	0.4238	13.3327	14.1216	14.8882
16	4.849	-2.2745	-2.4923	9.0635	0.4208	6.3705	-0.0206	0.3921	-0.4939	-0.7347	-0.2879	-0.3192	0.0574	0.4537	0.2984	0.2257	-0.0302	-0.0014	0.4109	0.0103	0.3727	33.9756	21.5999	14.8432
17	1.893	0.1795	1.0597	2.3313	0.0955	4.6514	-0.2013	0.0195	0.3436	0.0481	0.0251	-0.0023	-0.7405	-0.1807	0.1099	0.3162	0.0207	-0.0678	0.2901	0.0064	0.3388	25.0957	34.4542	24.4007
18	-0.4658	-0.3009	0.6124	-0.1034	-0.8563	2.6959	-0.1626	0.1	0.0333	-0.1587	-0.2219	0.1253	0.3617	0.9198	0.407	0.5076	-0.0211	-0.0853	0.6309	0.0796	0.3956	23.2987	31.0147	-12.555
19	4.2653	0.7667	4.2413	3.5488	-0.8416	7.3845	-0.0878	-0.5262	0.268	0.0329	-0.0298	0.2595	0.3974	-1.1804	0.0015	0.6212	0.0023	0.0156	0.4188	-0.0471	0.4688	13.2926	32.3169	-32.2602
20	0.5146	-0.9721	0.2344	3.1845	-2.284	3.7904	-0.2244	-0.1918	0.0945	0.3997	0.1472	-0.1991	-0.2327	0.0725	0.1413	0.2355	0.0091	-0.0649	0.3527	-0.0625	0.3595	48.9831	16.2584	51.8824
21	3.4893	0.382	-0.6413	2.0435	1.0319	8.3718	-0.0624	-0.4157	0.3154	0.4029	-0.0127	-0.4476	-0.6053	0.0197	0.1446	0.3555	-0.0281	-0.1664	0.3279	-0.0995	0.6094	58.6584	29.3423	50.0855
22	0.4738	0.0538	0.0468	1.9202	-0.9917	4.3913	-0.0149	-0.0739	0.0917	0.3674	0.1844	-0.5377	-0.3599	0.177	-0.1764	0.2598	-0.0091	-0.102	0.3568	-0.0956	0.4855	54.3863	20.0885	44.8759
23	4.3223	0.2505	-0.0139	5.5821	-4.6582	4.105	-0.1073	0.4991	-0.1687	0.0354	0.1512	-0.0666	0.2021	-0.1977	-0.036	0.2286	-0.0133	-0.0012	0.3317	-0.1049	0.4009	47.7516	15.8374	27.8316
24	1.9379	-0.9007	-0.2064	4.526	0.2866	2.2941	-0.0957	0.0144	-0.0527	0.1367	0.1531	-0.0388	0.12	-0.184	-0.0704	0.1463	-0.0305	-0.0195	0.2687	-0.019	0.2378	33.6146	16.3332	40.809
25	5.238	-3.327	3.3057	4.8506	-3.4579	3.9857	0.0051	-0.3721	-0.9257	0.395	0.1472	0.6319	-0.0639	-0.133	-0.1388	0.3629	-0.0186	0.0811	0.3775	-0.0172	0.3589	39.4607	10.1034	59.4772

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 198 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 199 through 307 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 308 through 348 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 349 through 697 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 9 through 87 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 88 through 143 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 144 through 170 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 171 through 198 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 199 through 254 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 255 through 281 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 282 through 347 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 348 through 697 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 10 through 74 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 75 through 198 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 199 through 233 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 234 through 307 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 308 through 348 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 349 through 697 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 9 through 87 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 88 through 143 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 144 through 170 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 171 through 198 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 199 through 281 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 282 through 695 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)