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- PDB-6dch: Structure of isonitrile biosynthesis enzyme ScoE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dch
タイトルStructure of isonitrile biosynthesis enzyme ScoE
要素ScoE protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Isonitrile / non-heme iron / enzyme / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


(R)-3-[(carboxymethyl)amino]fatty acid dioxygenase/decarboxylase / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CHOLINE ION / (3R)-3-[(carboxymethyl)amino]fatty acid oxygenase/decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Born, D.A. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Isonitrile Formation by a Non-Heme Iron(II)-Dependent Oxidase/Decarboxylase.
著者: Harris, N.C. / Born, D.A. / Cai, W. / Huang, Y. / Martin, J. / Khalaf, R. / Drennan, C.L. / Zhang, W.
履歴
登録2018年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ScoE protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1465
ポリマ－36,8821
非ポリマー2644
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area13240 Å2
2
A: ScoE protein
ヘテロ分子

A: ScoE protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,29310
ポリマ－73,7652
非ポリマー5288
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_557y,x,-z+21
Buried area3430 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area24810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.100, 62.100, 167.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-831-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ScoE protein


分子量: 36882.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア)
遺伝子: ScoE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3B6UEU3*PLUS

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非ポリマー , 5種, 335分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン


分子量: 104.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM sodium acetate, 100 mM Tris pH 8.5, 30% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→58.242 Å / Num. obs: 31084 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 24.417 % / Biso Wilson estimate: 22.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.215 / Rrim(I) all: 0.22 / Χ2: 0.911 / Net I/σ(I): 14.22 / Num. measured all: 758976 / Scaling rejects: 78
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.8526.1621.662.5622710.7391.693100
1.85-1.926.1371.3923.0422200.7261.42100
1.9-1.9524.6781.3063.4421510.821.33499.9
1.95-2.0123.3871.034.3721040.8421.054100
2.01-2.0824.9250.8475.6320380.9360.865100
2.08-2.1525.0470.5967.7319720.9760.608100
2.15-2.2324.3440.4739.2119080.9820.484100
2.23-2.3223.5320.45310.1618330.9850.46399.9
2.32-2.4323.0780.36512.3317630.990.373100
2.43-2.5524.9390.31314.8816910.9940.319100
2.55-2.6825.4540.27517.2816280.9950.281100
2.68-2.8525.7850.2519.3315490.9960.255100
2.85-3.0425.2220.20122.3314410.9970.205100
3.04-3.2923.6570.15625.5913670.9970.16100
3.29-3.625.0960.12331.0312520.9980.12699.9
3.6-4.0221.9860.10232.548370.9980.10572.7
4.02-4.6521.4060.08635.410320.9970.089100
4.65-5.6923.2190.08537.28860.9980.087100
5.69-8.0522.5130.08336.217080.9980.08499.9
8.05-58.24218.7690.06138.354330.9990.06399.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PVJ

3pvj


解像度: 1.8→58.242 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2071 2000 6.44 %
Rwork0.1787 --
obs0.1805 31077 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 62.87 Å2 / Biso mean: 24.4133 Å2 / Biso min: 11.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→58.242 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2336 0 20 331 2687
Biso mean--22.14 34.52 -
残基数----296
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8001-1.84520.24231420.211920512193100
1.8452-1.8950.26791400.231120452185100
1.895-1.95080.32561420.278620742216100
1.9508-2.01380.25551410.224920482189100
2.0138-2.08580.27351410.233820462187100
2.0858-2.16930.25341430.229120722215100
2.1693-2.2680.27231410.231220662207100
2.268-2.38760.19981440.179520982242100
2.3876-2.53720.23151420.16920622204100
2.5372-2.73310.19231450.16520942239100
2.7331-3.00810.21081450.174121142259100
3.0081-3.44330.18831460.160621352281100
3.4433-4.3380.15431300.13881863199386
4.338-58.27220.16711580.15423092467100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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