PDB-6dak: Discovery of Potent 2-Aryl-6,7-Dihydro-5HPyrrolo[ 1,2-a]imidazole...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dak

タイトル

Discovery of Potent 2-Aryl-6,7-Dihydro-5HPyrrolo[ 1,2-a]imidazoles as WDR5 WIN-site Inhibitors Using Fragment-Based Methods and Structure-Based Design

要素

WD repeat-containing protein 5

キーワード

dna binding protein/inhibitor / WDR5 / WIN-site / fragment screening / structure-based design / mixed-lineage leukemia / DNA BINDING PROTEIN / dna binding protein-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Phan, J. / Fesik, S.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of Potent 2-Aryl-6,7-dihydro-5 H-pyrrolo[1,2- a]imidazoles as WDR5-WIN-Site Inhibitors Using Fragment-Based Methods and Structure-Based Design.
著者: Wang, F. / Jeon, K.O. / Salovich, J.M. / Macdonald, J.D. / Alvarado, J. / Gogliotti, R.D. / Phan, J. / Olejniczak, E.T. / Sun, Q. / Wang, S. / Camper, D. / Yuh, J.P. / Shaw, J.G. / Sai, J. / ...

履歴

登録	2018年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dak.cif.gz	145 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dak.ent.gz	111.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dak.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dak_validation.pdf.gz	739.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dak_full_validation.pdf.gz	742.7 KB	表示
XML形式データ	6dak_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	6dak_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/6dak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/6dak	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6d9xC 6daiC 6darC 6dasC 4y7rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ofz-d 4qqe-d 6uhy-2 6dai-d 6pgf-d 6pg9-1 3psl-1 6uik-1 6das-1 6oi3-d 6u5y-2 6dar-d 6u8o-d 6pga-d 6ujj-d 6pg6-2 6pg9-2 6pgc-d 3ow8-3 5eal-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 5

ヘテロ分子

34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.969, 86.191, 40.528
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein 分子量: 34390.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: 化合物	ChemComp-G1Y / N-{[3-(6,7-dihydro-5H-pyrrolo[1,2-a]imidazol-2-yl)phenyl]methyl}benzamide 分子量: 317.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₉N₃O
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.2 M ammonium acetate, 28% to 32% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 38013 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.9 % / R_pim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 27.04
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7.8 % / Num. unique obs: 1897 / R_pim(I) all: 0.247 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1760	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Y7R

4y7r

解像度: 1.6→29.507 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1881	3661	9.66 %
R_work	0.1563	-	-
obs	0.1594	37893	98.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.507 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2357	0	28	331	2716

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2529
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.088	3445
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.391	913
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	381
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	437

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5979-1.6189	0.2546	136	0.2218	1270	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6189-1.6411	0.2397	144	0.1951	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6411-1.6645	0.2715	183	0.1993	1254	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6645-1.6894	0.2204	148	0.1953	1328	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6894-1.7158	0.2737	139	0.1876	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7158-1.7439	0.2047	139	0.1857	1303	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7439-1.774	0.2535	147	0.1785	1318	X-RAY DIFFRACTION	100
1.774-1.8062	0.2462	131	0.1763	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8062-1.841	0.2039	133	0.1673	1349	X-RAY DIFFRACTION	100
1.841-1.8785	0.2449	142	0.1903	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8785-1.9194	0.228	119	0.2094	1333	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9194-1.964	0.2385	136	0.1863	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
1.964-2.0131	0.1802	141	0.1711	1334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0131-2.0675	0.2258	156	0.1637	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0675-2.1283	0.2213	137	0.1629	1339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1283-2.197	0.1856	127	0.1613	1330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.197-2.2755	0.2269	124	0.1765	1358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2755-2.3666	0.2242	120	0.1684	1334	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3666-2.4742	0.211	147	0.1659	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4742-2.6046	0.2239	152	0.1655	1341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6046-2.7677	0.1926	109	0.1665	1361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7677-2.9812	0.1867	154	0.1583	1354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9812-3.2809	0.1727	161	0.1511	1337	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2809-3.7548	0.1556	148	0.1357	1265	X-RAY DIFFRACTION	93
3.7548-4.7275	0.1361	133	0.1151	1169	X-RAY DIFFRACTION	85
4.7275-29.5118	0.1567	155	0.1404	1454	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.295	-0.0201	-0.3381	1.209	-0.4095	1.4449	-0.0613	-0.0162	0.0545	-0.0463	0.0115	-0.1098	0.0372	0.1177	0.0383	0.1796	-0.0108	0.0042	0.1474	-0.0063	0.1542	-2.7557	28.5024	-11.1215
2	2.5294	0.3567	-0.489	1.1809	0.0651	0.883	0.0282	-0.051	0.3715	-0.0155	0.0788	0.1241	-0.1638	-0.1325	-0.0827	0.202	0.0085	0.0041	0.1935	0.0047	0.2332	-18.1525	37.111	-8.3287
3	2.464	0.2282	-0.2813	1.5297	-0.3508	1.6966	-0.0948	0.0026	-0.3263	-0.0723	0.1479	0.2029	0.2037	-0.2463	-0.0457	0.2022	-0.0459	0.0101	0.2792	0.0214	0.2427	-25.6252	20.8839	-6.999
4	2.4152	-0.2082	-0.4015	1.2227	-0.0069	1.5077	-0.1434	-0.1411	-0.5729	-0.0697	0.051	0.0693	0.3983	-0.0735	0.0889	0.2782	-0.0181	0.0474	0.1574	0.0345	0.2807	-9.3468	12.795	-7.5617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 106 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 107 through 167 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 168 through 233 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 234 through 334 )

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新型コロナ情報

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