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- PDB-6d9z: Structure of CysZ, a sulfate permease from Pseudomonas Denitrificans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d9z
タイトルStructure of CysZ, a sulfate permease from Pseudomonas Denitrificans
要素Sulfate transporter CysZ
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / sulfate translocation / prokaryotic cysteine biosynthesis
機能・相同性Sulfate transporter CysZ / Sulfate transporter CysZ/Etoposide-induced protein 2.4 / sulfate transmembrane transporter activity / sulfate assimilation / cysteine biosynthetic process / plasma membrane => GO:0005886 / Sulfate transporter CysZ
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.40213179468 Å
データ登録者Sanghai, Z.A. / Clarke, O.B. / Liu, Q. / Banerjee, S. / Rajashankar, K.R. / Hendrickson, W.A. / Mancia, F.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM098617 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM107462 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM095315 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM116799 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structure-based analysis of CysZ-mediated cellular uptake of sulfate.
著者: Assur Sanghai, Z. / Liu, Q. / Clarke, O.B. / Belcher-Dufrisne, M. / Wiriyasermkul, P. / Giese, M.H. / Leal-Pinto, E. / Kloss, B. / Tabuso, S. / Love, J. / Punta, M. / Banerjee, S. / ...著者: Assur Sanghai, Z. / Liu, Q. / Clarke, O.B. / Belcher-Dufrisne, M. / Wiriyasermkul, P. / Giese, M.H. / Leal-Pinto, E. / Kloss, B. / Tabuso, S. / Love, J. / Punta, M. / Banerjee, S. / Rajashankar, K.R. / Rost, B. / Logothetis, D. / Quick, M. / Hendrickson, W.A. / Mancia, F.
履歴
登録2018年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Sulfate transporter CysZ
A: Sulfate transporter CysZ
B: Sulfate transporter CysZ
C: Sulfate transporter CysZ
D: Sulfate transporter CysZ
E: Sulfate transporter CysZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,24726
ポリマ－166,4006
非ポリマー5,84720
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21350 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area70820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.130, 225.130, 96.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 3 - 238 / Label seq-ID: 3 - 238

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain 'A' and (resid 3 through 60 or (resid 61...AB
2(chain 'B' and (resid 3 through 60 or (resid 61...BC
3(chain 'C' and (resid 3 through 60 or (resid 61...CD
4(chain 'D' and (resid 3 through 114 or (resid 115...DE
5(chain 'E' and (resid 3 through 60 or (resid 61...EF
6(chain 'F' and (resid 3 through 60 or (resid 61...FA

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要素

#1: タンパク質
Sulfate transporter CysZ


分子量: 27733.320 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas denitrificans (nomen rejiciendum) (バクテリア)
遺伝子: cysZ
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: M4XKU7
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 22-30% PEG550MME, 0.1 M Na-Hepes pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→86 Å / Num. obs: 37223 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 171.607658049 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 3.402→3.523 Å / Rmerge(I) obs: 2.89 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3708 / % possible all: 96.87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D79

6d79


解像度: 3.40213179468→19.9957631618 Å / SU ML: 0.555965948211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33018353199 / 位相誤差: 35.528327687
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288702881638 1937 5.20391166514 %
Rwork0.244775522503 35285 -
obs0.247196502171 37222 96.9802766994 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 195.946588017 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.40213179468→19.9957631618 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11415 0 400 0 11815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099000090445212184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.097244511316607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07325291263251945
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007260910750461949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.02217502796866
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4021-3.48680.4125761172951370.3712741062212481X-RAY DIFFRACTION96.3562753036
3.4868-3.58050.3258121652131190.3223110883052555X-RAY DIFFRACTION98.0564723139
3.5805-3.68530.3159997343511470.3139117189762517X-RAY DIFFRACTION98.2300884956
3.6853-3.80340.355395232891150.31795341662550X-RAY DIFFRACTION98.3757844223
3.8034-3.93840.3430093705321160.306647835292566X-RAY DIFFRACTION97.8118161926
3.9384-4.09480.375797103531190.312903174432553X-RAY DIFFRACTION97.8754578755
4.0948-4.27940.3419190626941550.2885524854432494X-RAY DIFFRACTION97.5690607735
4.2794-4.50260.3081452552371420.2710334097872534X-RAY DIFFRACTION97.1324863884
4.5026-4.78110.2637485638381420.2578745703222508X-RAY DIFFRACTION96.7859751644
4.7811-5.14440.333719062981660.245663010412455X-RAY DIFFRACTION96.3957337256
5.1444-5.65150.3143273578891290.2769904228412556X-RAY DIFFRACTION97.0715835141
5.6515-6.44520.3289428489491310.2885925789442524X-RAY DIFFRACTION95.9522949042
6.4452-8.03170.2842644461931610.2588618710652482X-RAY DIFFRACTION95.8303118202
8.0317-19.99610.2411263504631580.1775563419622510X-RAY DIFFRACTION94.4424778761
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.712491446509-0.7196231846750.2451762244180.981496785766-0.6124930399520.1418058885680.653319371894-0.757829194021-1.73860352160.490054516821-0.23124365858-1.334672205280.1740677070210.835894824709-0.001833766415911.94731755510.279022082464-0.5281830437792.12451697241-0.2184324942082.2844555086276.603585207658.393747776728.119270337
26.321706456630.737325922181-1.522994515031.662265833350.612270567146-0.0603394540659-0.2601445345760.6142187294850.8907899724390.5930060177050.323515794259-0.46109434968-0.216224788071-0.644668858007-0.0002417175234251.762557247170.184756318643-0.02597000411651.54869316112-0.03094134177891.4542717964748.044952532967.771101100318.0994285755
33.2261592482-1.001760790581.99795812473.04459368750.1813856203634.07374553820.455942983229-0.3394125391760.5919765335070.3675569261760.308885098248-1.07799574421-0.20454478320.5964429094220.000598482651171.715820175510.199584875158-0.1674833777371.55115067634-0.2248057253682.0487031814670.29635595770.786695737819.0191779898
42.04249064536-0.00960350732222-1.662591638020.553239956810.2314360268220.60536902004-0.9573276520971.302935793440.671327170677-0.98892049206-0.5133717880140.376288772601-0.9766039678720.424543560226-0.004328960362712.212944915910.33729768808-0.4272572200991.90275627556-0.2533719998171.5048660092531.964722783753.586957976823.1928599725
51.090109255080.3506898221781.136180247570.9307562195522.163537756170.8489480339280.603415223301-0.341365690953-0.5672028431330.0511491585274-0.349876923118-0.549633244887-0.3582426526190.765034400587-0.0004938552130362.274454528050.0683344719547-0.3860330838721.81105466892-0.02624220418271.6723504561967.821353459744.129032504822.0297569269
62.92161793493-1.773657147732.334853411782.81591562182.419000404411.01414619944-0.204507345052-0.274457258521-0.8132706661460.2414617561270.6904871600280.7637881514960.6111965356620.996146637638-0.0008588192653941.870841068830.352224873818-0.5251407972441.73466754640.1422878882281.5192436743157.172037908743.486587145219.4452859997
73.798248182530.5980296649581.636972913391.53692616118-4.544835885242.153912495250.419070600546-1.00364170514-1.70419812856-0.206970738442-0.9545838377750.4947245548390.6070756433731.17749822537-0.000687225892812.099251452350.146394456159-0.06410678430081.682462344960.1799660942051.9551870638243.346234207937.825618969622.6682464104
8-0.7965626073191.01673464104-1.723918255561.531634391541.50409587283-0.02964389660421.08702294720.6186215633230.138151199992-0.0805657865782-0.05262247300770.1186297443691.06436713569-0.303129946056-0.000869736687342.348512620060.395723718231-0.1134248465652.07186731684-0.08809524308191.6362412998543.141162236840.83191374018.46834400306
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 3 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 27 through 109 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 110 through 238 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 3 through 24 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 25 through 63 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 64 through 109 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 110 through 153 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 154 through 184 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 185 through 238 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 3 through 26 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 27 through 55 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 56 through 109 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 110 through 177 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 178 through 238 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 2 through 23 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 24 through 63 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 64 through 119 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 120 through 242 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 3 through 24 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 25 through 109 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 110 through 184 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 185 through 238 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 3 through 63 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 64 through 184 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 185 through 242 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る