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万見
- PDB-6d8z: Crystal Structure of the C-terminal Guanine Nucleotide Exchange F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d8z
タイトルCrystal Structure of the C-terminal Guanine Nucleotide Exchange Factor Module of Human Trio
要素Triple functional domain protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / RhoGEF / Dbl Family member / Dbl Homology / Pleckstrin Homology
機能・相同性
機能・相同性情報


cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / DCC mediated attractive signaling / regulation of small GTPase mediated signal transduction / presynaptic active zone / extrinsic component of membrane / NRAGE signals death through JNK / negative regulation of fat cell differentiation / RHOJ GTPase cycle / neuron projection morphogenesis / CDC42 GTPase cycle ...cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / DCC mediated attractive signaling / regulation of small GTPase mediated signal transduction / presynaptic active zone / extrinsic component of membrane / NRAGE signals death through JNK / negative regulation of fat cell differentiation / RHOJ GTPase cycle / neuron projection morphogenesis / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / RAC1 GTPase cycle / axon guidance / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell projection / G alpha (12/13) signalling events / G alpha (q) signalling events / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rho GDP/GTP exchange factor Kalirin/TRIO / : / : / SH3-RhoGEF linking unstructured region / Kalirin-like, spectrin repeats / Kalirin, SH3 / : / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Divergent CRAL/TRIO domain ...Rho GDP/GTP exchange factor Kalirin/TRIO / : / : / SH3-RhoGEF linking unstructured region / Kalirin-like, spectrin repeats / Kalirin, SH3 / : / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Roll / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Triple functional domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Bandekar, S. / Tesmer, J.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL122416-02z 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL071818 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA221289 米国
引用ジャーナル: Sci Signal / 年: 2019
タイトル: Structure of the C-terminal guanine nucleotide exchange factor module of Trio in an autoinhibited conformation reveals its oncogenic potential.
著者: Bandekar, S.J. / Arang, N. / Tully, E.S. / Tang, B.A. / Barton, B.L. / Li, S. / Gutkind, J.S. / Tesmer, J.J.G.
履歴
登録2018年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年5月25日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triple functional domain protein
B: Triple functional domain protein
C: Triple functional domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4473
ポリマ－112,4473
非ポリマー00
水46826
1
A: Triple functional domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4821
ポリマ－37,4821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Triple functional domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4821
ポリマ－37,4821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Triple functional domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4821
ポリマ－37,4821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.181, 95.787, 182.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Triple functional domain protein / PTPRF-interacting protein


分子量: 37482.273 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 1960-2275 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIO / プラスミド: PMALC2H10T / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / Variant (発現宿主): 1960-2275
参照: UniProt: O75962, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / GUANINE EXCHANGE FACTOR MODULE


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 14% PEG 3350, 100MM HEPES PH 7.5, HANGING DROP, 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 30692 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 18.94
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.238 / Num. unique all: 1371 / Rsym value: 0.746 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RGN

2rgn


解像度: 2.65→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 39.035 / SU ML: 0.356 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.369 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1504 5 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.227 28787 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 75.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å20 Å2
2---0.87 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7499 0 0 26 7525
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0197641
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2431.97110258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.075901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.27623.86386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.425151499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0691561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4613.3543622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8385.0284517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4033.3734019
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.50944.40110685
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 97 -
Rwork0.34 1862 -
obs--89.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6369-1.22811.94284.4936-0.916.35720.0512-0.1998-0.668-0.088-0.04670.08250.93370.3084-0.00450.15650.01630.040.4166-0.02320.1008-10.922-7.568-15.865
29.7619-1.09993.6564.4539-0.4318.16720.1393-1.0370.32120.2424-0.0107-0.2611-0.12570.185-0.12860.0283-0.03890.00810.6721-0.08320.05046.3585.3696.342
33.040.2827-0.73784.64782.73836.7288-0.04140.08130.2216-0.2001-0.09120.2164-0.18070.23530.13260.01590.0145-0.01460.43560.05140.0334-20.0819.83117.146
45.8704-0.3905-1.36124.38010.29649.2371-0.0262-0.4283-0.51980.08780.00190.54320.4181-0.50640.02430.1582-0.0497-0.00480.33220.08780.2795-35.566-10.30436.626
56.8416-3.2603-3.21545.01132.83625.97280.18570.35251.189-0.13030.1179-0.4817-0.814-0.6829-0.30360.13290.1228-0.00860.54430.04440.2216-21.10312.049-45.763
65.8659-1.9363-1.67893.85811.58449.03410.08370.0343-0.3072-0.06960.01070.2420.572-0.825-0.09440.0954-0.20020.00070.5582-0.04030.0407-36.209-2.66-23.369
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1967 - 2142
2X-RAY DIFFRACTION2A2143 - 2273
3X-RAY DIFFRACTION3B1959 - 2146
4X-RAY DIFFRACTION4B2147 - 2272
5X-RAY DIFFRACTION5C1969 - 2146
6X-RAY DIFFRACTION6C2147 - 2273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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