PDB-6d7r: Crystal structure of an inactivate variant of the quorum-sensing ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d7r

タイトル

Crystal structure of an inactivate variant of the quorum-sensing master regulator HapR from protease-deficient non-O1, non-O139 Vibrio cholerae strain V2

要素

Hemagglutinin/protease regulatory protein

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

TetR /

quorum-sensing (クオラムセンシング)

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase activity /

タンパク質分解 /

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cruite, J.T. / Succo, P. / Raychaudhuri, S. / Kull, F.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of an inactive variant of the quorum-sensing master regulator HapR from the protease-deficient non-O1, non-O139 Vibrio cholerae strain V2.
著者: Cruite, J. / Succo, P. / Raychaudhuri, S. / Kull, F.J.

履歴

登録	2018年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2018年5月30日	ID: 5L0X
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d7r.cif.gz	178.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d7r.ent.gz	139.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d7r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/6d7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/6d7r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pbxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2pbx-d 1jus-1 1qvu-1 3btl-1 6waf-d 1qvt-1 3vox-2 1jty-1 2xdn-2 5hsz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hemagglutinin/protease regulatory protein

B: Hemagglutinin/protease regulatory protein

51.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.470, 85.710, 112.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hemagglutinin/protease regulatory protein / LuxR family transcriptional regulator 分子量: 25951.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: hapR, BTY66_11620, EN12_02415, ERS013138_01392, ERS013140_02369, ERS013173_01523, ERS013186_00946, ERS013193_02550, ERS013198_01284, ERS013202_02486 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2CKP3
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Hemagglutinin/protease regulatory protein / LuxR family transcriptional regulator

分子量: 25951.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: hapR, BTY66_11620, EN12_02415, ERS013138_01392, ERS013140_02369, ERS013173_01523, ERS013186_00946, ERS013193_02550, ERS013198_01284, ERS013202_02486
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2CKP3

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 15% PEG 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→19.428 Å / Num. obs: 182643 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.04
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 2496 / CC_1/2: 0.745 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	(1.12_2829)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PBX

2pbx

解像度: 2.1→19.428 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.4

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	3727	7.89 %
R_work	0.2025	-	-
obs	0.2077	47226	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.428 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3246	0	0	79	3325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3313
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.926	4478
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.991	1996
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	500
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	570

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1266	0.3968	139	0.3126	1590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1266-2.1545	0.3612	141	0.3163	1640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1545-2.184	0.3249	148	0.2959	1659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.184-2.2152	0.2648	132	0.2756	1544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2152-2.2482	0.3326	135	0.2999	1598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2482-2.2833	0.3471	140	0.2685	1638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2833-2.3206	0.2946	138	0.2588	1597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3206-2.3606	0.3405	137	0.2451	1610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3606-2.4034	0.3192	145	0.2581	1656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4034-2.4496	0.3044	135	0.2362	1564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4496-2.4995	0.3107	137	0.2274	1605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4995-2.5537	0.2703	148	0.2231	1667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5537-2.613	0.3235	135	0.2163	1561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.613-2.6782	0.3245	138	0.2203	1628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6782-2.7504	0.3152	139	0.2244	1604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7504-2.8311	0.332	136	0.2075	1594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8311-2.9222	0.3543	136	0.217	1625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9222-3.0262	0.2845	133	0.2186	1598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0262-3.1469	0.2769	147	0.2062	1619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1469-3.2895	0.3038	135	0.2095	1613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2895-3.462	0.2793	139	0.2007	1609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.462-3.6775	0.2952	133	0.1837	1609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6775-3.9593	0.2966	137	0.1797	1623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9593-4.3536	0.1735	137	0.1679	1629	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3536-4.9744	0.2213	133	0.1581	1592	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9744-6.2326	0.2253	139	0.1978	1618	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2326-19.428	0.1819	135	0.159	1609	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -10.5448 Å / Origin y: -1.0746 Å / Origin z: 17.2118 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1785 Å²	-0.0028 Å²	0.0179 Å²	-	0.2415 Å²	-0.0093 Å²	-	-	0.2187 Å²
L	0.4567 °²	-0.4313 °²	-0.0804 °²	-	1.4846 °²	0.2686 °²	-	-	0.507 °²
S	0.0235 Å °	-0.0648 Å °	0.0536 Å °	-0.0663 Å °	0.031 Å °	-0.0591 Å °	0.0379 Å °	0.0901 Å °	0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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