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- PDB-6d7f: Bacteroides uniformis beta-glucuronidase 1 bound to thiophenyl-be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d7f
タイトルBacteroides uniformis beta-glucuronidase 1 bound to thiophenyl-beta-D-glucuronide
要素Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
キーワードHYDROLASE / glycosyl hydrolase 2 / beta-glucuronidase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily ...: / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
phenyl 1-thio-beta-D-glucopyranosiduronic acid / Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides uniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Walton, W.G. / Pellock, S.J. / Redinbo, M.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA098468 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA207416 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Three structurally and functionally distinct beta-glucuronidases from the human gut microbeBacteroides uniformis.
著者: Pellock, S.J. / Walton, W.G. / Biernat, K.A. / Torres-Rivera, D. / Creekmore, B.C. / Xu, Y. / Liu, J. / Tripathy, A. / Stewart, L.J. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2018年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
B: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
C: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
D: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
E: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
F: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)424,23636
ポリマ－420,5916
非ポリマー3,64530
水28,1211561
1
A: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
D: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子

F: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子

C: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,87825
ポリマ－280,3944
非ポリマー2,48421
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_544-y,x-y-1,z-1/31
Buried area18600 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area76940 Å2
2
B: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
E: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子

B: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
E: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,71522
ポリマ－280,3944
非ポリマー2,32118
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area18000 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area77770 Å2
3
A: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
D: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,48513
ポリマ－140,1972
非ポリマー1,28811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area40680 Å2
手法PISA
4
B: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子

E: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,35811
ポリマ－140,1972
非ポリマー1,1619
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area6780 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area41110 Å2
手法PISA
5
C: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子

F: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,39312
ポリマ－140,1972
非ポリマー1,19610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+y+1,-x,z-2/31
Buried area6920 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area40720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)252.177, 252.177, 107.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1562-

HOH

21E-916-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Beta-galactosidase/beta-glucuronidase


分子量: 70098.500 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides uniformis (バクテリア)
遺伝子: uidA_4, ERS417307_01040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A174CQK8, beta-glucuronidase
#2: 糖
ChemComp-FYJ / phenyl 1-thio-beta-D-glucopyranosiduronic acid / phenyl 1-thio-beta-D-glucosiduronic acid / phenyl 1-thio-D-glucosiduronic acid / phenyl 1-thio-glucosiduronic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 286.301 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14O6S
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium Sulfate, 20% PEG 3350, 10mM Thiophenyl-beta-D-glucuronide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.3 Å / Num. obs: 152030 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.3 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→29.296 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 2001 1.32 %
Rwork0.1739 --
obs0.1749 151995 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.296 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28560 0 233 1561 30354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00729543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90940037
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.49617456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0534200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055130
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.30441410.222710563X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.52650.30651410.218510698X-RAY DIFFRACTION100
2.5265-2.60080.33121420.214310613X-RAY DIFFRACTION100
2.6008-2.68470.3381440.211710654X-RAY DIFFRACTION100
2.6847-2.78060.29991420.21110616X-RAY DIFFRACTION100
2.7806-2.89180.29841390.205810675X-RAY DIFFRACTION100
2.8918-3.02330.28181390.203610643X-RAY DIFFRACTION100
3.0233-3.18250.22561460.192710738X-RAY DIFFRACTION100
3.1825-3.38160.23431440.187610716X-RAY DIFFRACTION100
3.3816-3.64230.26181450.174210699X-RAY DIFFRACTION100
3.6423-4.0080.26541420.160610757X-RAY DIFFRACTION100
4.008-4.5860.19751430.140810774X-RAY DIFFRACTION100
4.586-5.77070.19861460.139410826X-RAY DIFFRACTION100
5.7707-29.29770.21470.14911022X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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